是年七月十七日癸卯，文宗崩于热河，穆宗立。八月初一日丁巳，国荃克安庆，是为肃清东南之基。时林翼久病咯血，力疾成此胜算，至二十六日，卒于武昌军次，盖犹及见安庆之捷也。至九月，国荃军连克安庆以下沿江诸隘，骎骎直指金陵。十月十八日，朝命国藩统辖江、皖、赣三省，并浙江全省军务。所有四省巡抚、提、镇以下，悉归节制。宗棠赴浙援剿，浙省提、镇以下归宗棠调遣。又谕江北军将军都兴阿、皖北军钦差漕督袁甲三，遇紧要军务，均会商国藩办理。国藩力辞，并请明降谕旨，令宗棠督办浙江军务，谓宗棠前在湖南，赞助军谋，兼顾数省，实应独当一面。奉谕不允辞，唯宗棠准自行奏事。

十一月，太平军陷杭州，将军瑞昌、巡抚王有龄皆殉。先是，浙江军务犹命瑞昌为帮办，至是，专待湘军入浙，亦宗棠所谓洗荡而后可以措手者也。十二月，诏授宗棠浙抚，李续宜皖抚。时江、浙沦陷，江苏则江北仅保扬州以东里下河，江南仅保镇江及上海。镇江依水师而存，上海依洋商开埠而太平军不愿扰。浙江则浙西仅有湖州，为籍绅赵景贤所固守，而四面皆太平军，孤悬隔绝。浙东则衢州一线为官军由赣进浙之路。宗棠先平江西，进趋衢州，为绰有后路之军。苏则大军尚在皖境。朝廷原意以国荃下援镇、沪，规复苏、常。国荃意金陵指日可达，攻彼都城，足致敌救，攻金陵正所以分苏、常敌势，使之易取。国藩壮之。其时上海为退守之官、避难之绅麋聚栖托之地，群推代表举人钱鼎铭等，携公函，筹雇洋商输船，乞师于安庆大营，即以轮船迎载。又有苏籍大学士翁心存奏言：“苏、常绅民，结团自保，盼曾国藩如慈父母，请饬该大臣派援。”奉旨询国藩，并询国荃：“安庆克后，回湘募勇，曾否回营？着速东下。”国藩乃定留国荃攻金陵，而荐幕下延邵建道李鸿章堪膺封疆重寄，请明诏令署苏抚，赴沪图进取。

鸿章以道光二十八年丁未进士，入翰林。父文安，以刑部郎中记名御史，其通籍与国藩同岁，故鸿章早以年家子师事国藩，国藩赏之。太平军既陷金陵，各省纷起办团练，安徽以旌德籍侍郎吕贤基为团练大臣，奉命择人自助。鸿章方在籍，贤基奏留之，鸿章始从戎。未几，陈玉成攻陷皖北各郡县，贤基在舒城殉，朝命江忠源抚皖，国藩以鸿章可任事告忠源，而忠源又殉于庐州，遂从新巡抚福济，建议欲复庐州先取含山、巢县，福济授以兵，遂复二县，时咸丰四年十二月。福济将以道员疏荐，而左右忌者争挤之，遂辗转无所就。八年，国藩以夺情起，督军江西，鸿章遂入军幕，多所赞助。十一年，安庆既下，议攻金陵、援浙、援苏三大任。国荃愿任金陵，宗棠已由赣渐向浙，苏为财赋重地，亦急于收复，遂委之鸿章。疏保鸿章才大心细，可独当一面，令招淮勇七千，以淮甸人健锐，且久为太平军出入地，习攻守击刺者多。遂选乡里带勇之刘铭传等数人，并编修刘秉璋、举人潘鼎新等为将领，并综营务。弟鹤章亦从军。又于湘军中选程学启、郭松林等，用曾军编制法成军，是为淮军与湘军代兴之始。自此以国藩一身，总戡乱之成，而大功告蒇之基，悉定于是。

同治元年正月一日，诏授国藩以江督、协办大学士。初四日，又授国荃浙江按察使。倚畀之殷，加于往日。旋以军中奏报较简，谕询其故，并列款问当时要务，敕国藩及浙抚左宗棠、皖抚李续宜速奏。国藩奏言：（一）国荃募勇，二月底可抵安庆，拟令进攻巢、和、含以达金陵。杨载福回湘，因辰、沅有警，留湘防守，已催令先于二月回营。（二）鸿章新募淮勇立营，另拨湘勇数营，二月可成军，拟由陆路赴镇江。（三）攻金陵必脚根先稳。（四）颍州被围，续宜派兵赴援。（五）谋浙从衢、严入，现左宗棠屡获大胜。（六）松、沪告急，拟借洋兵防守。并陈奏报甚少之故：凡谣传之言，未定之事，预计之说，皆不轻奏。嗣后拟十日奏事一次，急则加班。

谕又以“各路军营，往往以游移无据之词驰奏，本属陋习，拟定十日一奏，有警加班，转觉拘滞，仍当毋失常度，力求实济”。二月，国荃抵安庆，诏授江苏布政使，并谕兄弟无庸回避。淮勇成军，本拟由巢、含绕越金陵，从扬州达镇江，而江苏绅民备银十八万两，雇输船八艘来迎，遂以三月初八日由安庆分起开行，径抵上海。旋奉命署江苏巡抚。是月，国荃与弟贞干，尽克皖境江北岸各隘，直破西梁山坚垒。四月，复南渡会彭玉麟水师，克太平府、金柱关、东梁山、芜湖县，于是金陵上游门户尽辟。会皖北军将军多隆阿克庐州，陈玉成走寿州投苗练沛霖，沛霖献胜保军前斩之。玉成号“四眼狗”，久踞皖北，屡突上游，为安庆解围，卒不可得。至是，为苗练所卖。苗练者，苗沛霖以练起，既拥众，反侧于官军与太平军之间。本诸生，自称“老先生”，诸练目皆称“先生”。久与玉成往来。玉成事急往投，遂为献，因以为胜保功，而师事胜保，胜保之。为攻金陵之师去一后路患，未始非当时一功也。

五月初一日，国荃攻秣陵关，收降其守将，遂进逼大胜关。初三日，又夺大胜关，平三汊河垒。彭玉麟以水师助攻江心洲坚垒，又夺之，遂泊金陵之护城河口。国荃由陆路逼扎雨花台。是为规取金陵之始。与向荣、张国梁时故垒略同；而上游稳固，各军帅取远势相应合，则迥不侔矣。时廷旨尚盼鸿章至镇江，会江北都兴阿之军并攻金陵，命国藩量其缓急。鸿章方以太平军逼上海，军初至，装械皆远逊洋兵。洋兵守御租界者，称常胜军，颇笑淮军之陋。鸿章思以战状雪之。五月初，乘洋兵小挫之后，鸿章、学启以数千人战太平军听王陈炳文、纳王郜云官之众数万，斩馘一二千，解胁从数千，夺获器械无算。洋兵大服，翕然听命。鸿章因陈洋兵助防之难恃，舍沪赴镇之非便，乃不复移师镇江。国荃独攻金陵，以雨花台为最得形势。山高，可俯视城内，而中洼，且平坦，可藏兵。太平军竭全力守雨花台城，国荃累攻未克。

皖南鲍超等军，累克宁国、广德等郡县，削金陵旁郡滋蔓之势。宗棠渐收衢、处、严各郡邑，将向杭州。会江南大疫，攻坚力战之兵皆病，国藩疏陈危惧，乞派在京亲信大臣来会办。奉旨温慰，且言“恐朝政多阙，上干天和，非该大臣一人之咎”。其简派大臣一节，则谕以“环顾中外，才力气量，无如国藩，非特在京无可简派而已”。盖倚任专之至矣。是时，士卒方多死亡，而太平军忠王李秀成率苏、常之众二十余万至，堵御历十五昼夜，不得休息。侍王李世贤率浙江数十万众继至。雨花台营被围四十六日，穴地轰发数次，国荃左颊中枪，将士狞目猱面，皮肉几尽。军兴以来，无此苦战。不得逞而退，遂分掠皖南、北新复之地。国荃又分兵守东、西梁山以御之。苏、浙两军迭有进取。十月，洋将美国人白齐文闭松江城索饷，遂至上海大哗，鸿章夺其兵，捕治之，裁常胜军为三千人，以戈登、李恒嵩同领，而白齐文遂投太平军。久之，被获于闽，解上海讯治，覆舟，毙于水。

二年正月，宗棠肃清浙东各县，并分军会鲍超军攻剿皖南，谓不难攻取杭州，而难于杜其分窜，故先清旁邑，不急图省城。鸿章自二年克常熟，太平军力争之，累战至二月乃却。三月，诏授国荃浙抚，以宗棠为闽浙总督，兼署浙抚。四月，太平军欲解金陵围，分股一由徽、宁窥赣，一由和、含围鄂。鄂中有捻匪回窜，皖北苗沛霖亦复叛，与太平相结，气焰顿张，将围裹安庆以救金陵。赖鲍超援剿却蔽。鸿章亦克崑山，逼苏州。国荃以是月克雨花台城，及聚宝门外九石垒。五月，会水师克下关、草鞋夹、燕子矶，并破九洑洲垒，长江肃清。太平军忠王李秀成率水陆号数十万，援江阴，犯常熟，鸿章军大败之。六月，鲍超军逼扎金陵北面诸门。八月，鸿章克江阴，又大捷于无锡，秀成痛哭去。失两王，船百余艘，死者万众。十月，鸿章克苏州。太平军纳王郜云官等约誓于程学启，斩慕王谭绍洸首来降。

旋以云官等拥众要挟，诛之。事仍为学启所主张。洋将戈登服学启勇略，交最密，至是以其杀降背誓，且设誓时己为证人，乃云官辈所取信，愤极，将与学启哄，鸿章力解之乃已。论者则以为苏城乃李秀成份地，秀成全力在焉，云官约降，学启本令图秀成、绍洸自效，云官辈不忍于秀成，会秀成亦知苏不可守，与绍洸泣别他去，云官等四王、四天将刺死绍洸，拥精壮二十四万而降。其众自歃血誓生死不相离弃。八人者，要总兵、副将官，部署其众，仍屯阊、胥、盘、齐四门，云官且未薙发。学启密白鸿章，设宴邀八人，即坐伏甲骈杀之。副将郑国魁乃云官所由以通学启，先与云官誓不相负者，亦怨学启相卖，愤不食，卧三日，鸿章亦咎学启太忍。学启大怒，将引军去，鸿章慰谢之。又欲慰国魁、戈登辈，令国魁为云官设佛事，亲诣祭吊，泣数行下，众乃辑服。

学启固为地方弭变，为鸿章任怨，使鸿章得以情感转旋其间，皆预定之机密也。未几，学启以苏州军收嘉兴各属邑。明年二月，攻嘉兴府城，先登，中炮伤而殒，人犹有谓其应誓致殃及者。学启，桐城农家子，始从太平军，为陈玉成部。玉成奇其勇，极笼络。学启雅不愿终事太平军，国荃围安庆，知其情而爱其材，地近学启故乡，求得其族媪往劝降，学启诺之而事泄，率三百人逾城出，扣国荃弟贞干壁门，大呼：“某来投诚，有追贼在后。信我纳之，不信急击我，无两败。”贞干大惊，遽纳之。太平军杀学启妻子，悬首城上。安庆之克，学启在国荃军中功最，故鸿章援苏，国藩选良将为助，商国荃遣学启，强而后可。迨围江宁事亟，国荃又欲索学启回军，鸿章以淮勇成军，最良者推学启，不肯还国荃，彼此且有相尤相靳语。克苏州后半年，学启以伤卒。戈登自杀降后，不与相见，至其殁，乃乞得其战时大旗二，携归英国，诧示彼中人而述其战迹云。

当国荃克雨花台、鸿章规取苏州时，太平军翼王石达开为川督骆秉章所擒斩，于是太平始起之五王皆尽。达开蓄大志，能笼络其下，自离金陵，颇欲独树一帜。由皖而赣，官军苦之。达开亦转战无所就。咸丰八年，国藩夺情起，入江西督师，达开图窜浙、闽，既而变计西向，盘旋湘、桂、粤、蜀、滇、黔诸省，皆不得志。以蜀为古来据地自王之国，尤出入不舍。自咸丰十一年四月，始由黔窜蜀。时骆秉章督蜀，剿蜀匪蓝朝柱、李永和等，蜀中守备严，达开连犯不得逞。蜀匪未几悉平，达开退走黔走滇，辄复入，官军御却至五六次。至二年正月，复歼其犯宁远之中旗将赖裕新；达开犹以图蜀为志。四月，复渡金沙江走土司境，计避实而蹈其虚。秉章已策其必至，预悬重赏示土司，使抄其后；檄总兵唐友耕迎击其前。达开将渡大渡河，河水暴涨，官军复击其半渡，死亡多。达开凫涉松林小河，冀遁泸定桥入天全，复为土练所遏。土司自后偃古木塞路，粮罄路穷，奔老鸦漩，官军诱擒送成都斩之。

太平军之别部，本可不与金陵同尽，乃反自趋绝地而先亡，则疆臣能事之效也。鸿章军既克嘉兴，已由苏入浙，时在三年二月。先是，宗棠亦自肃清浙东后，师入浙西，由严州进克富阳，遂薄杭州，海宁自以城降，进复桐乡，与由苏来克嘉兴之军会。杭州太平守将听王陈炳文知不能守，官军急攻之，遂与出援余杭之康王汪广洋皆弃城走德清，时为二月二十四日。三月初四、五日，又克武康、德清、石门三县。同时，鲍超军由东坝进克句容，旋收金坛。鸿章军由苏州进攻常州，四月六日未时克其城，与咸丰十年失陷常州为同日同时，时以为异。自是苏、浙之间无坚城，江宁旁近诸邑迭下。国荃军苦战江宁城下，自正月二十一日克钟山石垒，即太平军所谓天保城者，城围遂合。盖天保城既克，于太平门外筑二营，与原扎洪山、北固山两路相应，堵神策门大路，城内外援应始绝。苏、浙、皖南及江南、北军复层递进逼，秀全遂以四月二十七日仰药死，埋尸宫中，秘不发丧。