何云妮一次深夜看到自己身边的丈夫，不是自己深深思念着的李红兵时，精神病再一次发作，狂奔出家门，从此活不见人，死不见尸。这让伤心不已的“我”奶奶常常念叨着：云妮呀，她只不过是去了一个无人知道的地方。

知青李红兵已经?恢复了从前的名字李时雨，时过境迁，何子建要把“七窍还魂散”的秘方，出售给南方一家制药公司。就在签订合同的那天，何子建终于发现购买自己秘方的制药公司总经理，就是从前的李红兵，现在的李时雨。

何子建想起自己姑姑的死，不愿意在合同书上签字。李时雨告诉他，何三爷的神奇秘方，早已被他开发成药，现在要购买的只不过是一个具有广告效应的神奇名声。这就是说何三爷的“七窍还魂散”秘方，现在只不过是一张徒有虚名的废纸而已。

何三爷的“七窍还魂散”药效神奇，曾经?救过无数人的性命，同样神医何三爷的针灸医术，也非常了得，第十六章“我曾祖父的飞针穿蝇”一节中，曾有这样的描述：

也真凑巧，当时天空中正好有一只老鸦飞过。便见兰三眼听鸟鸣，也没抬眼，只是手一举，顿听“砰”一声枪响，那高高飞翔的老鸦，便直直地摔下来，砸到了我曾祖父的身前。

我曾祖父一愣，见兰三眼“嘿嘿”冷笑着，一面用嘴吹冒着蓝色青烟的枪口，一面用眼睛斜视着自己，似乎在说：你小子这下服气了吧。然而，让兰三眼没想到的是，不屑一顾的我曾祖父，却说出这样一番话来：“雕虫小技，你不闻古有一将军，善射，有百步穿杨之功，且四处炫耀。一日，遇一卖油老者，以线状油线穿钱孔，与之比试。将军愧，自叹不如。此乃熟能生巧也。”

兰三眼怒?，持枪指着我曾祖父喊：“你有何手段，敢与我神枪相比？”

我曾祖父“嘿嘿”一笑。手撩起长袍，从下摆内拔出一根银针，观身旁一只飞来飞去的饭蝇，手扬，针飞，穿蝇，落至地下。

兰三眼大惊，欲退，又恐遭乡邻们嗤笑，顿时脸露泼皮相，非要去捆绑我曾祖父。而我曾祖父迅速拔出三根银针，手指兰三眼道：“尔等若动武，我两针取你双眼，一针取你咽喉。”

手捏银针，满脸盛怒的我曾祖父，观兰三眼手挡咽喉，愣了又愣，呆了又呆，丢下一句：“这事与你没完。”便灰溜溜带一帮人走了。

中的这位兰三眼，解放后开公审大会时给枪毙了，可当时由于民兵执法，枪没有打准，还给兰三眼留下了一口气。兰三眼的媳妇也是何三爷的妹妹，她又跪求何三爷，救活了兰三眼。由此制造了鲁西南地区有史以来最奇特的一桩公案。

这件公案在“文革”期间，被大队长何云章揭发，由此也让八十多岁的何三爷冤死在县大狱。

何三爷去世以后，留下“七窍还魂散”配方不外传的遗嘱，交由长子长孙何云生，偷偷带出故乡鲁西南，来到北京。

就在中的我——何子建，以造福社会，弘扬光大何氏家族为虚，实为赚取钱财为目的，要把“七窍还魂散”的秘方出售之际，他在李时雨的话语中，才发现自己的努力，已是竹篮打水一场空。

此时的何子建，已经辞去了铁路上的工作，恋人费明洁也已委婉地离他而去。他准备自费出版的一册诗集，也被人家骗走了两万元钱。《大国医魂》中，这样描写当时何子建的生活困境：

天黑了，我一天都没有吃饭，但我却一点都感觉不到饿。在这个世界上，独对孤单单的黑夜，我没有了工作，也没有了诗歌，我失去了心爱的女人，也失去了我曾祖父的“七窍还魂散”。

天地之大，我已经是无牵无挂。我开始点燃我所有的诗稿，连同那册已是徒有虚名的，含有“七窍还魂散”配方的秘谱。

忽闪、忽闪的火苗下，我似乎听到寒夜的窗外，有风声吹过来，有歌声飘过来，在我的大脑里，也有一阵细微的声音，在轻轻地吟唱着……

书中主人公何子建的人生经历，警醒世人在这个物欲横流的拜金社会里，要树立正确的人生观价值观，要以他的父辈人物何云生为榜样，靠劳动致富，把自己的生命融合到社会的建设中去，才会收获人生最大的幸福。

因为我们活在这个世界上，不是以物质的追求和金钱的贪婪为最终的生活目的。神圣的爱情，美妙的情感，复杂的思想，火热的生活，人生一切一切的努力，其最终的意义还在于快快乐乐地生活。

的结尾是这样的：

我再也无法止住涌流的眼泪，模糊了我的视线和脸庞。阵阵有节奏的火车运行震荡中，多日来一直没有休息好的我，感觉到了疲惫，感觉到了困倦，迷迷糊糊的状态下，脑海中闪现出我那进京求学路上的曾祖父，那吹着唢呐的百鸟丁，那恩恩爱爱的李二牛角和白二姐，还有那吴绵羊、我爷爷、我奶奶、兰三眼、兰采禾、我二姑、我云姑等等一位位我熟悉，而又陌生的故乡亲人。