正式介入案情之后，曾国藩印证了当初自己的猜测这件案子果然扑朔迷离同治九年七月二十六日（1870年8月22日）卯时，两江总督马新贻光临校场检阅武员操练。马新贻饶有兴致地观看武员们的骑射，三个时辰之后，马新贻自箭道回署，护卫紧紧追随左右。这时，突见一短衣清兵模样的人快步走到总督面前，躬身请安。护卫未及拦问，短衣人已从靴筒中拔出短刀，接连向马新贻猛刺。护卫一下子怔住了，刺客本可以乘乱逃走，但见马新贻奄奄一息，丢下刀束手就擒。马新贻由于伤情太重，次日身亡。刺客自称，他名叫张汶祥，四十六岁，河南汝阳人，曾经是太平军将领李侍贤的随从，之所以要杀马新贻，动机有三点：

一是马新贻在浙江当巡抚时执法不公，导致张汶祥老婆自杀身亡。据张汶祥自己说，他从太平军回到宁波老家后，发现一个叫吴炳燮的人姘居了自己的老婆，也霸占了自己的钱财。人财两空的张汶祥找到时任浙江巡抚的马新贻，想请他公正断案，但马新贻置之不理。张汶祥只好到宁波府告状，后来，虽然妻子重归自己，但钱财却分给了吴炳燮。张汶祥气急之下，狠狠地打了老婆一顿，老婆一气之下吞烟自尽。在家破人亡的张汶祥看来，所有的悲剧都是马新贻造成的。二是张汶祥曾经有一些海盗朋友被马新贻捕杀。这件事也导致了张汶祥决意杀马新贻复仇。三是马新贻明令禁止张汶祥私自开“小押”（重利盘剥的典当行）生意，绝了张汶祥的生路，加深了张汶祥对马新贻的愤恨。新仇旧恨累积在一起，使得张汶祥动了杀心。张汶祥化装成一名清兵，完成了对马新贻的刺杀。

自此，似乎案件可以下结论马新贻是被寻仇遭杀的，马新贻在任两江总督的位置上，得罪了不少人，因此遭到了袭击。曾国藩和郑敦谨将此事的前因后果以及处理方案向朝廷进行了报告，但朝廷一直拖延着没有表明态度，反而一再要求曾国藩与郑敦谨再细细盘查。因为案件结果迟迟不公布，民间的传闻越来越多，甚至有很多传言把马新贻的死与桃色事件联系起来，说马新贻跟张汶祥曾经是结拜兄弟，因为马新贻强占了张汶祥的妻子，所以导致了情杀。对这一类传说，曾国藩一开始并没有在意，中国市井文化就是这样，总习惯于把一些寻常之事引向传奇，民间的创造力往往在这些地方得到充分释放。但不久，曾国藩发现传闻变得越来越政治化了，马新贻的死竟然跟湘军联系上了有一种说法是马新贻因审理江苏巡抚丁日昌之子丁慧衡的随从丁炳殴人致死一案，造成督抚不和，从而招致杀身之祸的。也就是说，是湘军杀了马新贻。

传言到了如此地步，曾国藩变得忐忑不安了，他很担心传闻背后暗藏某种阴谋，甚至，有某种人在背后操纵……终于，朝廷的批复下来了，认定张汶祥“听受海盗指使并挟私怨行刺”，“实无另有主使及知情同谋之人”。有了这样的定论，曾国藩的一颗心才落了下来。1871年4月，张汶祥被凌迟处决，以祭奠马新贻。

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