由于连年的战祸，湖南方面无论是当局还是人民久已厌战，所以宣布保境息民，公开拒绝北伐军假道。入湘计划于是告吹。

3月26日，孙中山在桂林召开会议，决定班师回粤，改道江西北伐。不料，3月21日，陈炯明的亲信、负责为北伐军后方筹划的粤军参谋长邓铿突然遇刺。邓铿的被刺，有人说是陈炯明所为，有人则认为，因为陈炯明不支援孙中山的北伐，孙为解兵马粮饷之忧，必欲除之而后快，是以杀陈手下的第一大将，以收杀鸡骇猴之效。

4月9日，孙中山决意变更计划，令在桂各军一律返粤，潜师而行，到了梧州，陈炯明才知道。孙中山让廖仲恺转告陈炯明：他必须参加北伐；还要他筹措500万元的军费。陈炯明无法接受孙的条件，遂被解除了内务总长、广东总司令、广东省长等职务，只保留陆军总长一职。驻守在广西的粤军，在听到陈炯明下野的消息后，顿时沸反盈天。5月8日，孙中山委任陈炯明的部下叶举为粤桂边督办，以示安抚和表示对粤军的信任。

4月23日下午，孙中山在越秀山总统府召开全体幕僚会议，决定行止。大本营内，有两种意见，一是主张暂缓北伐，先清内患，解决陈炯明的军队；二是立即转道北伐，避免与陈炯明直接冲突，双方仍留转圜余地。孙中山采纳了第二种意见，“竞存叛迹未彰，在桂粤军数年奋斗，犹欲保存”，因此，他决定亲自督师北伐，“两广仍交竞存办理，给以殊恩，当能感奋”。

蒋介石劝告孙中山，先稳住广东局势，再图北伐。孙仍想要劝说陈炯明襄助北伐。但是理念的不同是不容易苟同的，陈回答孙的电报中有“放刀成佛，卖剑买牛”之语，劝告孙不要穷兵黩武，轻言北伐。其实，证诸段祺瑞、吴佩孚、张作霖以及孙中山等人的言行，都是主张武力统一中国的，只不过一个在北一个在南而已。段祺瑞昨天才刚刚“再造共和”，孙中山今日又要“再造民国”，造来造去，用陈独秀的话说，“什么护法，什么统一，都是一班没有饭吃的无聊政客在那里造谣生事，和人民生活，政治理想都无关系，不过是各派的政客拥着各派的军人争权夺利，好像狗争骨头一般了。”“护法”纯粹是“狗的运动”。

孙中山急图北伐，与北方形势的发展，不无关系。4月下旬，第一次直奉战争爆发。孙中山深感这是联合奉、皖军阀，夹击直系的千载良机，必须立即出兵策应，他已无暇顾及与陈炯明交换意见，讨论建国大计了。

5月4日，孙中山、胡汉民、许崇智等率领滇、桂军开赴韶关，8日下达总攻击令。正当北伐军与江西的北洋军发生接触时，北方传来了奉军败北的消息；南方则传来陈炯明的粤军发生变故。直奉开战，仅及一周，奉军便被吴佩孚击败，狼狈退回关外，南北夹击直系的计划，化为泡影。

驻守粤、桂边界的粤军在叶举的带领下，于5月18日回师广州要求“清君侧”，目标对准了国民党内的胡汉民、廖仲恺、许崇智等人；变兵还要求恢复陈炯明广东总司令的职位。这时陈炯明正在惠州赋闲。各界吁请陈炯明回省的函电，铺天盖地；前往劝驾的使者也是络绎不绝。甚至连陈独秀也到了惠州，劝陈炯明不如加入共产党，领导华南地区的革命。此时，粤军内部出现了分歧，有人主张请陈炯明主持广东大局，有人则认为陈炯明对孙中山过于软弱，提出由叶举领导粤军，与孙彻底决裂。粤军回到广州，桂军又死灰复燃，将被粤军夺去的地方又夺了回来。孙中山见南北皆不利，决定撤回广州，先稳住大本营再论其他。

6月1日，孙中山回到广州，在总统府设宴招待粤军将领，出乎意料的是竟没有一个高级军官应邀出席，只来了几个中下级军官。孙恼羞成怒地对那几个小军官说：“告诉你们的长官，不要以为据守白云山，便可胡作非为，我立刻上永丰舰，升火驶入东江射击你们，连你们的根据地也一并铲除！现在东江水涨，永丰炮舰可以直行驶入陈炯明的老巢！”幸亏，孙的鲁莽被左右劝住。

6月2日，北洋总统徐世昌在巨大的压力之下，宣布辞职。旧国会恢复，所谓护法的目的已经达到。由于孙中山曾一再发表政治宣言，承诺只要徐世昌下台，他亦将同时下野。因此，舆论普遍认为，徐世昌下台后，停止内战，和平统一，终现一线曙光。6月3日，蔡元培、胡适、高一涵等两百多位全国各界名流，联名致电孙中山和广州非常国会，呼吁孙中山实践与徐世昌同时下野的宣言，可见这个要求在当时是颇得人心的。

2孙中山拒绝下野

可是孙中山并没有下台的打算，他一连拍了三封电报，要求陈炯明立即到广州面商一切，又派人到惠州催驾。但陈炯明拒绝在这个时候到广州。文人出身的陈炯明不愿意承担叛孙的恶名，他表示，在省城军队撤出之前，他绝不打算到广州。显然，陈炯明不希望被人误解。他曾经说过，一旦粤军叛孙，则“天下之恶皆归焉”，这是他所不愿意看见的。

1922年6月12日，孙中山举行记者招待会，向各界宣称：“我下令要粤军全数退出省城30里之外，他若不服命令，我就以武力压服他。人家说我孙文是扯大炮（讲大话），但这回大炮更是厉害，不是用实心弹，而是用开花弹，或用八英寸口径的大炮的毒气弹，不难于三小时内把他六十余营陈家军变为泥粉。但残害六十余营的军人，且惊动全城的居民，不免过于暴烈，但我不如此做去，他们终不罢休。我只望报界诸君，主持正义，十天之内，做足功夫，对于陈家军，加以纠正。陈家军若改变态度，即不啻如天之福，万一无效，就不能不执行我海陆军大元帅的职权，制裁他们了。”

孙中山放出狠话，粤军将领也在商量应对办法。15日，粤军将领开会准备发动军事政变，驱逐孙中山下台，但被陈炯明制止。但叛乱终于发生了。6月16日凌晨，粤军围攻总统府，孙中山登上军舰，海军宣布和叛军开战。叶举等人并不想置孙中山于死地，只想将孙赶出广东，所以他们在开炮前让人打电话给孙透露了消息，让他赶快逃跑。叶举通电请孙中山履行当初“与徐世昌同时下野”的宣言。叶举在广州各处张贴布告：“国会恢复，护法告终；粤军将士，一致赞同。请孙下野，表示大众。诸色人等，安居勿恐。”

6月17日，孙率领军舰炮轰叶举军总部与观音山粤军司令部，然后乘坐军舰离开。在事件中陈炯明到底起何作用，各家多有不同解读。日后国民党篡改史实，以这事件为陈对党领袖个人的“叛逆”，加上“叛党叛国”的帽子，而把这事件的前因后果，完全掩盖起来。从此中国人只知道所谓“陈炯明背叛孙中山”，却不知道陈炯明曾倡导“联省自治”，建设广东为模范省的一回事！

19日，孙中山命令北伐军回广州平定陈军的“叛乱”。孙、陈已经撕破脸皮，于是，北伐军回师途中，攻打韶关等地，陈炯明与福建督军李厚基联合派兵堵截，以防乱兵扰民。北伐军分别退到湖南与福建，这次北伐劳民伤财，无功而返。

广东省议会和各团体举行联席会议，决定赞成全国统一，欢送孙中山下台，迎接陈炯明回省。

6月26日，北伐军后撤。8月9日，孙中山绕道香港，转往上海。

8月15日，陈炯明回到广州，9月16日，复任广东总司令。

3孙中山改称大元帅

再说皖系的徐树铮在直皖战争失败后，秘密来到福建，图谋借助李厚基的力量再起。李怕他兴风作浪危及自己的地位，不予理睬。1922年10月，徐树铮联络老部下王永泉，以及北伐军残部许崇智打跑了李厚基，建立军政府。

张作霖不甘心失败，派人联系孙中山，请他出兵江西、湖南，卢永祥出兵江苏，奉军则再次入关，与直系决一胜负。国民党人也劝孙到福建组织政府。但是孙中山此时唯一的想法就是讨伐陈炯明。汪精卫曾试图调停孙、陈之争，但是孙坚持要陈写“悔过书”，被陈拒绝而没有成功。于是，孙在上海呼风唤雨，联络各方力量，四面夹击粤军。

1923年2月21日，孙中山偕同谭延闿到达广州，自称大元帅。这次他不再使用“护法”的旗帜，而将其能够控制的军力改称“讨贼军”。

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