杨涟、左光斗等人被捕受审，最初都否认受赃，但不屈则必用苛刑逼供。也许是他们自己的主意，也许是狱外的设谋，姑且先承认下来，可以不吃眼前亏，也可以说保住了一条命，这样全案就会移送刑部，那时再来翻供洗刷。谁知承认了正好，许显纯改篡口供，加重罪名，一奏报上去，魏忠贤矫旨仍由镇抚司追赃，五天一追比，追不出来就打，不但诬服，而且苦头吃得更多，此时大悔失计，可是已来不及了。

这时又有个奇士叫孙奇逢，也就是清初的理学大儒夏峰先生，他与参赞孙承宗军事的鹿善继是好朋友，孙承宗在上年十一月间准备入觐面攻魏忠贤，即由于间接受了孙奇逢的影响。此时见镇抚司“追赃”，孙奇逢便联络鹿善继的父亲鹿正，还有一个新城人张果中，发起募捐，为左光斗缴纳“赃款”。左光斗当过巡城御史，曾捕治吏部鱼肉乡民的不法书吏，破获过一桩伪造假印案，被捕的假官有一百余人之多，同时又曾有效地改善畿辅水利，第一次让河北人知道如何种稻子。老百姓对左光斗有极深的感情，所以“范阳三烈士”登高一呼，很快地就募集了数千两银子。

阉党一看这情形不妙，“赃款”一缴足，必须把左光斗放出去，但已打得不成人形，在如此激昂的民气之下，看见那种惨状，一定激出民变，后果不堪设想，至少限度要杀几个阉党才能平息民愤，也说不定孙承宗真的会带兵入清君侧。这就是所谓“擒虎容易纵虎难”，索性一不做二不休，指使狱卒，把杨涟、左光斗、魏大中在狱中秘密处决。其时为天启五年七月二十六深夜。

同案被害的还有周朝瑞和袁化中，但不知是与杨、左、魏同夕毕命，还是前后有参差。只知道魏大中与杨、左虽同时就义，而狱卒故迟数日呈报“病毙”，天气太热，以致魏大中的尸体腐烂，不可辨识。

这时未死的还有一个顾大章。阉党自己也知道“潜毙五人于狱”这件事无以向天下交代，为遮人耳目计，把未死的顾大章，移送刑部讯办。杨涟等人在镇抚司监狱如何受刑、如何被害，就是由顾大章透露了，始为外人所知。