顾大章移送刑部后，重新开审，但并不能替他带来昭雪的机会。刑部尚书李养正，就镇抚司的原案，将已死的五烈和顾大章都判成死罪；魏忠贤则根据刑部的判决，矫诏布告四方，杨涟等人的死变成“罪有应得”。顾大章则仍移镇抚司，他不肯再回此“秘狱”，与他孪生的弟弟大韶诀别，饮药酒不死，投缳而卒。

当杨涟等被捕时，镇抚司监狱忽现祥瑞，生黄芝一朵，光彩辉映，等他们六个人入狱，黄芝亦正好生成六瓣。芝为瑞物，而生于暗无天日的“秘狱”，顾大章认为这是他们六个人终将不免的征兆，结果不幸而言中。

人死官司没有完，魏忠贤令地方官在各人原籍“追赃”，杨涟家产入官，不到一千两银子，母亲和妻子无处容身，住在鼓楼上，两个儿子沦为乞儿，而“赃”犹不能不完，由地方上募捐代纳，“下至卖菜佣亦为输助”。

左光斗家属的境遇亦很惨，长兄光霁被累，忧急而死；老母哭子，不久亦弃世；仆从十四人被逮。后来由于孙奇逢在京师募捐代缴，左光斗的灵柩，始得运回桐城。

魏大中有两个儿子，长子学洢是个秀才，当魏大中在家乡浙江嘉善被捕时，魏学洢就要跟着父亲一起入狱，魏大中不许，认为“父子俱碎无为也”。于是魏学洢易装秘密随行，暗中留心父亲的起居。到了京城里，阉党为防忠义之士有所活动，搜查极严，魏学洢化名住在旅馆里，昼伏夜出，四处告贷，为父“完赃”。及至魏大中被害，魏学洢扶柩还乡，晨夕号哭，以致神经有些失常，结果竟致哭死。

至于汪文言，早在杨涟等被捕之先就已死于狱中。此人是一条硬汉，至死不肯诬攀杨涟等。《明史》叙此案还有段微近因果报应之说的文字，赘于《魏大中传》后，不可不读：

始，熊廷弼论死久，帝以孙承宗请，有诏待以不死。刑部尚书乔允升等遂欲因朝审宽其罪，大中力持不可。及忠贤杀大中，乃坐以纳廷弼贿云。

此有微责魏大中过苛之意，衡情度法，熊廷弼的死是有点冤枉的。