在义和团进入京津后，慈禧太后这才发现，不但京城已经失去了控制，就连朝政也已经失去了控制。西摩尔联军进军北京的消息在清廷内部和北京城内都引起了恐慌，这种气氛使得仇洋情绪急剧高涨，载漪等人也由此获得了朝政舆论的制高点，谁要是在这个时候轻言妥协，必然有“通敌卖国”的汉奸之嫌疑。在这种情绪之下，任何理性的声音都将被淹没。6月16日，义和团在正阳门纵火，大火“延及城阙，火光烛天，三日不灭”，周围几千家商铺和民房被毁于一旦。就在这天，慈禧太后在紫禁城仪銮殿东暖阁召开了第一次御前会议。这次是扩大会议，包括大学士、军机大臣、六部九卿，总共有100多名在京官员参加。会议的气氛是紧张而压抑的，慈禧太后看着外面弥漫半空的黑烟，阴沉着脸，抛出一句话：“今京城扰乱，洋人有调兵之说，你们说怎么办吧。”各大臣听后面面相觑，没人敢先发言。沉默了一阵后，曾任外交使臣的吏部侍郎许景澄说：“中国与外国结约数十年，每年都有民教相仇之事，但大都是赔钱了结。

现在如果义和团攻杀外国使臣，必然导致各国联合进攻，到时候怎么抵御？”这时，太常寺卿袁昶也站出来痛斥拳匪不可恃，外衅必不可开，杀戮使臣，有悖国际公法，其声音之大，声振殿瓦。慈禧太后听后十分不悦，她冷冷地说：“法术不足恃，难道人心也不足恃吗？现在中国积弱已极，所仗的也就是人心还在，要是连人心都没有了，何以立国？”侍郎长萃乘机跳出来说：“义和团都是些义民啊，我刚从通州回来，通州要是没有这些义民的话，恐怕早保不住了。”载漪、载濂听了大乐，赶紧连声附和说：“长萃说得对，人心不可失。”戊戌变法后一直不太吭声的光绪皇帝这时说话了：“人心顶什么用，不过是添乱罢了。士大夫们都喜欢谈兵，朝鲜一仗，朝中大臣都争着主战，结果是一败涂地。如今诸国之强，十倍于日本，若和他们全部开战，必败无疑。”载漪听后顶嘴说董福祥善战，剿回时立下大功，有他就不用怕洋人。光绪说：“董福祥骄横跋扈，列强船坚炮利，回部之乱根本不能比。”光绪自变法失败被幽闭后，每次见大臣一般都是只说个三言两语，绝不提及政事，独有这天说话峻切，显然知道这时的局势已经是非同小可。这时，侍讲朱祖谋也说董福祥是个无赖，万不可用。

慈禧太后听后厉声说：“你说董福祥不能用，那你就推荐个有用的！”朱祖谋说，如果一定要选将，那必须要用袁世凯。这些义和团拳匪乱民，必不可用。载漪听后，用极为粗暴难听的话大骂朱祖谋，各大臣见后，都不敢吭声了。对此，荣禄在后来写给其叔父四川总督奎俊的信件中也多次提到载漪等王公贝勒在会议中心怀鬼胎，在殿廷大呼小叫，犯浑不懂事理，实在不成体统；在这些人的威势下，负责总理衙门的庆亲王奕劻在会上居然连声都不敢吭。6月16日的会议，慈禧太后还是没有打算和洋人决裂，只是派那桐、许景澄去杨村面见联军，要求其不要进入北京。但那桐、许景澄在路上就碰到拳匪抢劫，根本就没见到联军。到了6月19日，慈禧太后再次召开御前会议，在这次会议上却是风云突变。据称，慈禧太后在会上拿出江苏粮道罗嘉杰辗转送来的一份密报，这是一份洋人的照会，其中提出4条要求：一是指明一地，令中国皇帝居住；二是代收各省钱粮；三是代掌天下兵权；四是勒令皇太后归政。慈禧太后将这个消息公布后，全场惊愕，据说端王以下的亲贵20余人，竟相拥哭成一片！激动之余，这些人发誓要效忠皇太后，不惜一切和洋人拼了。

慈禧太后也说，既然战亦亡，不战亦亡，那只有和洋人决一死战了！当然，真正让慈禧太后下决心与洋人决裂的不是洋人的假照会，而是直隶总督裕禄发自天津的报告。裕禄在6月17日上午6时接到洋人一份迟到的最后通牒，要求在17日凌晨2时将大沽口炮台交出。作为对洋人最后通牒的外交反应，慈禧太后令总理衙门照会各国公使：索占大沽“显系各国有意失和，首先开衅”，并要求各国公使和使馆人员在24小时内离开北京。这个照会总共有12份，分别由总理衙门在19日下午送交11国公使，另一份则是单独送给海关总税务司赫德的。这个照会实际上是要将外国公使和使馆人员全部驱逐出境，但考虑到洋人在天津的无理要求，清廷的反应也不算过分。6月20日，清廷发布上谕称朝廷已经陷入了洋兵和义和团的双重困境，要求各省督抚通盘筹划，联络一气，接济京师，共挽危局，这道上谕随后以六百里加急的速度发给各省。

6月21日，清廷正式发布“宣战诏书”，称列强“三十年来，欺凌我国家，侵犯我土地，蹂躏我人民，勒索我财物，日甚一日，无所不至”，“昨日复公然有杜士立照会，令我退出大沽口炮台，归彼看管，否则以力袭取”，在忍无可忍的情况下，清廷决定对“彼等”“大张挞伐、一决雌雄”。这个诏书颇耐人寻味。首先，诏书以洋人强行索要大沽口炮台为由进行宣战，殊不知此时大沽口炮台早在6月17日便已失陷，只不过直隶总督隐瞒未报而已。换句话说，联军在6月17日攻占大沽口炮台的行为，其实是构成了事实意义上的宣战，6月21日清廷的宣战反落在了后面。

其次，诏书的宣战并没有具体对象，而只是使用了一个带有藐视的代称“彼等”，因此，这在国际公法上能不能算是对外宣战恐怕还是个问题（事实上，后来没有任何国家宣布正式应战）。再者，这个诏书向国民解释了朝廷为何要作出如此决策并呼吁共同御敌，这似乎更像是一个对内的战争动员令而不是什么宣战书。由此，说慈禧太后对11国“悍然”宣战显然是重大误解，在法理上和逻辑上都是站不住脚的。但令人意想不到的是，6月20日上午，德国公使克林德单独前往总理衙门，路上被清军小队长恩海所杀；而在此之前，日本使馆书记生杉山彬也早在6月11日被董福祥的甘军所杀。外交人员特别是德国公使克林德的被杀，使得外国公使们彻底失去了对清廷的信任，在清廷已经失去了对局势的控制的情况下，他们当时唯一能做的便是在使馆中坚守待援。由此，清军对使馆长达一个多月的围攻开始了。