朱棣暴怒，令人用刀把方孝孺的嘴从嘴角一直割到耳朵，再次关到大牢中。

为了打击方孝孺，朱棣下令把方孝孺的朋友、门生一一捉来，每捉来一人就押到方孝孺面前杀掉，方孝孺却连看都不看一眼。行刑之日，朱棣先杀他的亲人，每杀一个问一次。方孝孺始终不屈。

方孝孺的两个女儿长得聪明伶俐，都还未成年，随母亲住在浙江宁海老家。在被押往南京的路上，她们唯恐父亲看到自己被杀难过，便挽着手，一起跳入秦淮河。

方孝孺在聚宝门外被凌迟处死。临刑前，方孝孺口占绝命诗一首：天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发奋兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉庶不我尤！

吟毕，慷慨就义，时年四十六岁。

为了不让方孝孺失望，朱棣在杀完方孝孺的九族之后，又把他的学生廖镛、林嘉猷等人及其家属抓来，作为一族杀掉。这种天才的创造在历史上尚属首次。

最后结局：方孝孺一案被杀者总计八百七十三人，被牵连入狱和充军流放的人不可胜计。

方孝孺墓，不愧天地正气四字

辩论，朱棣怎么都不是方孝孺的对手，但是朱棣手中还有其他的法宝，还有最后的绝招，那就是他手中的刀，朱棣拥有毁灭方孝孺肉体的权力。他可以选择让方孝孺怎么死，什么时候死以及多少人陪着方孝孺一起死。这是典型的秀才遇到兵，有理说不清。这也是千百年来文人的悲哀。

方孝孺死后，朱棣又先后召大理寺卿胡润和监察御史高翔草拟诏书。二人皆披麻戴孝而至，朱棣以族诛相威胁，二人拒不从命，都被朱棣残忍杀害。

铁铉是朱棣的大对头，在济南曾设计擒杀朱棣，朱棣险些命丧其手。朱棣自然不会放过这个险些坏了自己性命的人。铁铉被押到殿上，背对着朱棣，坐在大殿之中只是谩骂。朱棣命他转身，终不可。朱棣大怒，命人割去他的耳朵、鼻子，在火上烤熟，塞进铁铉的嘴里。狞笑着问他：味道如何？铁铉厉声回答：忠臣孝子的肉，味道当然好！

朱棣便命人将铁铉凌迟处死。铁铉至死，口里一直骂声不绝，年仅三十七岁。

刑部尚书暴昭被俘后，抗骂不屈。朱棣大怒，命人敲掉暴昭的牙齿，继而砍掉手脚，暴昭一直骂声不绝，直到被杀。

户部侍郎卓敬，曾建议建文帝徙封朱棣于南昌，便于控制。可惜建文帝不听，否则朱棣早就是建文帝的阶下囚了。卓敬被斩首，三族被灭。

礼部尚书陈迪连同他六个儿子被凌迟处死，宗族中一百八十多人被谪戍边。

左佥都御史景清，假意归附，身怀利刃意图谋刺，不果，朱棣将其剥皮实草，后又籍其乡，转相攀染，谓之"瓜蔓抄"，村里为墟。

右副都御使练子宁被逮后语出不逊，朱棣将其断舌，而后磔死。宗族中被杀者一百五十一人，戍边者数百人。

齐泰，被杀。

黄子澄，被杀。

右副都御使茅大方，被杀。

大理寺卿相胡闰，被杀。

监察御使高翔，被杀。

大理寺丞刘端，被杀。

……

除了多位建文帝忠臣自己或全家自杀外，朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。

鲁迅先生曾说：我们从古以来，就有埋头苦干的人，有拼命硬干的人，有为民请命的人，有舍身求法的人，……虽是等于为帝王将相作家谱的所谓"正史"，也往往掩不住他们的光耀，这就是中国的脊梁。

这些宁为玉碎，不为瓦全的有勇气的人就是中国的脊梁。

朱棣还作了一件令人发指的事情，就是把许多建文帝大臣的妻女送入教坊司(官家妓院)做性奴，每天受二十个精壮汉子轮奸，生下男丁则当家奴，生下女孩长大后接着做妓女，死后便着抬出城门喂狗吃了。对此谷应泰叹道：嗟乎！暴秦之法，罪止三族，强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！……此忠臣义士尤所为直发冲冠，椎胸而雪涕者也！堂堂一个皇帝，竟然流落到一个流氓无赖的水平，实在令人脸红，又令人气愤。

将残忍暴虐进行到底的明成祖

这里的残暴连外国学者也看不过去，《剑桥中国明代史》称之为一次恐吓中国有独立思想的知识分子的血腥行动。朱棣登基直至后，建文帝的很多事迹都被人为的涂抹掉了，将建文帝从历史和人们的头脑中挖掉，这正是朱棣希望达到的效果。所以，朱棣宣称他的皇位并不是传自建文帝，而是他的父亲朱元璋，所以建文四年就变成了洪武三十五年。虎父无犬子，朱棣这一次血腥清洗的猛烈程度只有明太祖所实行的暴政可与之相比，朱棣青出于蓝而胜于蓝的表现也可以让朱元璋的在天之灵安息了。

二十二年后，朱棣的儿子明仁宗朱高炽继位，这才下诏称：建文诸臣家属在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民，还其田地。

永乐帝朱棣登基后，北逐蒙古，南平交趾，修《永乐大典》，派郑和下西洋，大明帝国威震寰宇。但是朱棣变革之间杀伐过重，这种暴虐和罪孽难逃后世人的口诛笔伐，恶名必然永负，遗臭万年不止。