朱棣率军征战在外，留守北平的朱高炽为自身计，当然也会竭尽全力。他知道父亲并不喜欢自己，而弟弟又处处与己为难，自感处境不好，因而时时惕励，事父亲兄弟唯恐不谨。这时突然见到朝廷送来密信，不禁心中暗自惊疑。南北兵戈相见，实为寇仇，虽然交战双方信使往还并不逾常情，但何不光明正大地送来，而要派人潜身密行，其中必然有诈。一封密信将朱高炽置于尴尬之中，且不论信中所言何事，只要朱高炽接了，便会在朱棣面前落下与朝廷私下往来的罪名；若不接此信，也无法向父亲解释为何朝廷要派人与自己联系。朱高炽不免犯难。

朝中来密使传书世子，在北平弄得满城风雨，同在北平居守的朱高燧、黄俨自然完全知道。他们认为此事正好为他们提供了打击世子的机会，因而一听到消息，便抢先派人驰赴军中向朱棣报告。

时时惦记后方的朱棣听说北平来人，急忙传进，原来是朱高燧寄信来，说是朝廷与世子通密谋，命其归顺，许封王爵。朱棣不禁大惊，他最担心的就是后方不稳，归路断绝，朱高燧的话看来并非子虚乌有，他不敢深信又不能不信。朱棣问这时侍立在旁的朱高煦，高煦自然不会站在世子一边，说世子从来便与朱允炆相友善。这话更使朱棣疑心渐重，已经在暗中盘算如何除去此患。

正在此时，帐外忽报世子信使到。原来，朱高炽与谋臣商议，终于决定对朝廷的信不予启封，将其速同送信人一起送往朱棣军中，以此表明心迹。朱棣先读世子来信，又拆读朝廷的密信，不觉出了一身冷汗，连声惊叹：“嗟乎！几杀吾子！”

一场风波总算平息。

方孝孺这个未能得逞的反间计其实并不高明，而恰恰暴露了建文政权的无力程度。旁观者对时局看得格外清楚。朝鲜使臣崔有庆于建文三年（1401年）八月动身赴南京，到第二年三月回朝。往返半年，正是“靖难”之役的关键时刻。他的观感是：“燕兵势强，乘胜远斗；帝兵虽多势弱，战则必败。又有鞑靼兵乘间侵掠燕辽之间，中国骚然。”

“毋下城邑，疾趋京师”

篡位与反篡位的南北战争，这时已经打了三年。

受困于仁柔的性格、空疏的道德和贫乏的政治经验，朱允炆的优势在一步一步地丧失，制胜的机会也一个又一个地悄然而逝。而朱棣则在强烈的皇权欲的驱使下，施展出全身的政治谋略与军事技巧，向着自己的目标逼近。

建文三年（1401年）十一月，南京宫中一些被黜的宦官逃来北平归附朱棣，带来不少朝廷内部的消息，其中最使朱棣感兴趣的，是“朝廷重兵在外，京师空虚可取”。

这个消息也使道衍和尚感到兴奋，他劝朱棣说：“殿下起兵三年，往来奔突，所据者北平、永平、保定三郡而已。如今京师单弱，实为不可坐失之良机。望殿下火速发兵，毋下城邑，疾趋京师，大事可一举而成。”

正为“靖难”战事旷日难下而苦恼的朱棣，闻此言正中下怀，高声说道：“频年用兵，何时已乎？要当临江一决，不复返顾矣！”

其实，这种战略的确定，并不全是因为宦官们的密报，而有着更深刻的原因。明人高岱在《鸿猷录》中曾做过这样的分析：四方人心多所观望，惟视金陵成败为向背耳。若复攻城略地，广土众民，必待四方之服而后徐议根本之计，则稽延岁月，师老时变，非所谓批虚搤吭之兵也。盖其所急在京师，而不在四方。

此话说得相当透彻，对于朱棣、朱允炆叔侄之间这场争夺皇位的战争，不少人都持观望态度，其中的是非曲直他们似乎也并不关心，而有一点则十分明确：谁做了皇帝就得服从谁。千百年来，中国的臣民们形成了一种观念：皇帝就是国家的代表，忠于国家就要忠于皇帝。这里所谓“视金陵成败为向背”，就是视谁君临天下为向背。三年中朱棣的势力一直未能得到很快拓展，一些城邑得而复失，就是因为朱允炆一直控制着京师，仍然是一国之主，这确实是号召民心的重要力量。基于此，朱棣只有长驱直入，直下金陵，才能以京师号令全国。

十二月初二，朱棣经过一番部署，留下世子朱高炽守卫北平，自己亲自率大军南征。他已经产生了这样的预感：南京皇宫中那座至高无上的帝位，正在向自己招手。他在训令中告诫将士们说：

靖祸难者，必在于安生民；诛乱贼者，必先在于行仁义。……今予众之出，为诛奸恶、扶社稷、安生民而已。……今我有众，明听予言，当念百姓无罪，慎毋扰之。苟有弗遵，一毫侵害于良民者，杀无赦，其慎之!

觊觎帝位的朱棣此时将自己放到了代表正义和民心的最高位置之上，他是要在最高尚的辞藻掩盖下去争取民心，以完成夺位登极的宿愿。

朱棣率师南下的消息很快传至京师。由北平到南京，取道山东的德州、济南一线路程最近。朝廷方面估计，燕军一定会由此路南下。于是，建文四年（1402年）元旦刚过，朱允炆就命魏国公徐辉祖率京军往援山东。

然而，朱棣接受了以往在山东连遭失败的教训，这次不再取道德州、济南一线，而是由山东和河南临界一带南下。建文四年元旦这一天，燕将李远在藁城与盛庸部将接触，略获小胜，虽然谈不上战果辉煌，但因为是建功于岁首，取了“大吉”之意，朱棣喜不自胜，致书嘉奖，称李远“出奇应变，虽古名将不过也”，参战将士皆升一级。

燕军自从按照“毋下城邑，疾趋京师”的方针南下以来，进展一直较为顺利，藁城交锋后没几天工夫，朱能又于衡水获小胜，燕军随即进入山东境内。一年前燕军也南下到过这里，但济南、东昌败后未得再窥此境。这一次，朱棣避坚击弱，取道东昌、济南之间，如同一阵狂风席卷而过，先后攻克东阿、汶上。

再向前去就是孔子的老家曲阜了。但朱棣并未进入曲阜之境。既然自称仁义之师，在圣人面前便不能不摆出通情达理的姿态。他对诸将说：

孔子之道，如天之高，如地之厚，如日月之明，参赞化育，师表万世。天下非孔子之道无以致治，生民非孔子之道无以得安。今曲阜阙里在焉，毋入境，有犯及一草一木之微者，杀无宥。邹县孟子之乡，犯者罪如之。

“靖难”之役不仅是军事上的较量，也是道义上的争夺。朱棣越来越强烈地意识到收拢人心的重要性。燕军经过馆陶时，朱棣见一士兵因病卧倒在路边，立即命令左右牵过自己的从马，让病员骑上。侍从们都说，大王的从马士卒不宜乘。朱棣说：“人命至重，马岂贵于人乎？今病卒不能行，不以马载之，则遂弃之耳。战用其力，病而弗顾，是爱人不如爱马也，宁辍马以乘之。卒既获济，马复何损！”孔子在马厩失火时首先便问是否伤人，朱棣于此借题发挥，无非是表白自己得了孔孟的真传。

然而与之对垒的一方，同样也高举着孔孟的旗帜。他们为维护朝廷，不惜杀身成仁，这却不是一句空话。

燕军攻破东平，守城的指挥詹璟被执，知州等长官都逃得无影无踪了。本州有一位吏目，名叫郑华。他在洪武年间任行人司行人，建文初年被贬为东平吏目，官位虽变，君臣之义不变。眼见即将城破，他深感有愧君恩，对妻子萧氏说：“吾义可死，奈亲老汝少何？”这萧氏也是个深明大义的，对丈夫说：“君能为国，妾独不能为君乎？”郑华对此十分欣慰，率吏民凭城固守，力不支，五日不食而死。

燕军很快攻抵沛县。这里是南京北边的门户。建文三年九月，朱允炆于此设沛丰军民指挥司，集民壮筑七堡备御，就是怕这兵家必争之地沦于燕军之手。守令颜伯玮是唐代大书法家颜真卿的后人，颇有气节。朝廷连年北伐，沛县百姓终岁往前方运送粮草，十分劳苦。颜伯玮妥善规划，民得不困。这里的防御本来很坚固，但因调兵增援山东，留下的大都是老弱病残。颜伯玮自知难敌朱棣的虎狼之师，派县丞去徐州告急，请求援兵。徐州守将只图自保，不予增援。他见形势危急，便让弟弟颜珏和自己的儿子有为赶快回老家庐陵，以侍候父母，并要儿子代向父母转告：“儿子不能为父母尽奉养之职了。”他题诗于县衙墙壁上，誓与沛县共存亡。半夜时，燕师攻入东门，指挥王显率众迎降。颜伯玮见大势已去，穿着整齐的衣冠，走到堂上，向南京方向行叩拜大礼，自缢而死。他的儿子有为不忍心离去，走了不远又跑回城来，见父亲已死，自己在父亲尸体旁边也自刎而死。

进逼南京

其实，燕军南下并非一路顺风，有时打胜仗，有时也打败仗，但朱棣为了完成自己梦寐以求的入主南京之愿，会不惜一切代价地全力去实现。这一点，确为胜则盲目乐观、败则一筹莫展的朱允炆所不及。

建文四年（1402年）三月，燕军在淝水一线受到平安所部拦截。对手的强悍超出了朱棣预料。燕将王真设伏诱战，反被平安的大军团团围住，终因身负重伤，自刎而死。

淝水失利后，燕军移师睢水，立桥拒守。平安率军追至，双方为夺桥再度发生激战。总兵何福这时正列阵缘河东进，与平安合军攻桥，燕军不支，守将陈文战殁。平安拍马挺槊，冲入燕阵，直取朱棣。燕将王骐见势不好，跃马入阵，将朱棣拉上自己的战马救了出来。双方隔桥驻营，一连数日相持不下，燕军粮草将绝，处境日益被动。朱棣不愿困守，留下部分将士守桥，亲率大军东行三十里，绕到敌后突然发起进攻。平安、何福毫无防备，在燕军袭击下乱成一团，本来是败局已定，谁想徐辉祖恰于此时率援军赶至，与平安、何福合军反击，燕军反被击溃。

数日后，双方再战于齐眉山，自中午战至黄昏，燕军又一次溃败。蔚州卫千户李斌为朱棣麾下骁将，马蹶而被擒杀。

自经徐州南下以来，燕军接连受挫，军心有所动摇。夏日江淮阴雨连绵，暑湿熏蒸，燕军多是北方人，尤感不适，不少人身染疾疫。于是诸将纷纷劝燕王回军，或者转移到睢水以东，选择有利之地养息兵马，然后再相机而动。朱棣劝导诸将不成，便让大家列队表态，主张渡河回师的从左，主张进击者从右。结果站在右边的只有朱能、郑亨，其余将领都站到了左边。剩下勇将王忠一人，站在原地，不知所从。朱棣不由大怒，声色俱厉地说：“欲渡河回归者，听其自便吧!”诸将这才着了慌，不敢再提渡河回师之事。

齐眉山之战后，形势本来已开始向有利于朱允炆的方向发展，但他却没能抓住有利时机调遣诸将反攻。有些廷臣认为燕军将要北撤，京师不可无良将，朱允炆遂将徐辉祖调回南京。其实，燕军并未北撤，他只是捕风捉影地听到一些这方面的传闻，就轻率地将徐辉祖调了回去。这无疑使正在为进退之事犯愁的朱棣暗自庆幸。不久，朱棣又得知朱允炆为第二子赐名文圭的消息，对左右说：“皇兄既谥懿文，而帝讳允炆，皇子复以文行，又系建文年号，文复，吾知其不能武也。”

果然，徐辉祖一撤，何福、平安的日子便不好过了。他们虽连胜几仗，但粮道却被燕军所阻，供给发生困难。何福无奈，只得移师灵璧，深堑高垒，作固守待粮的准备。朱棣抓住这一时机，全力击溃了平安的运粮之师，断绝了他们的粮草来源。困守在营垒中的朝廷军队，在完全断绝粮草之后便无法继续坚守下去。于是何福传令次日以炮声为号，突围赴淮就粮。