朱棣亲至长江边祭祀大江之神。他在誓词中说道：

***构乱，祸我家邦，扇毒逞凶，肆兵无已，予用兵御难，以安宗社，尔有众克协一心，奋忠鼓勇，摧坚陷阵，斩将搴旗，身当矢石，万死一生。于今数年，茂功垂集，在戮力渡江，翦除奸恶。惟虑尔众，罔畏厥终，偾厥成功。夫天下者，我皇考之天下，民者，皇考之赤子，顺承天体，惟在安辑，渡江入京，秋毫无犯。违予言者，军法从事。於呼，惟命无常，克敬惟常。尔惟懋敬，乃永无咎。

渡江这天是个晴天，万里无云，江上风平浪静。燕军将士见此景象都很高兴，以为祭祀感动了大江之神，正在冥冥中保护着自己，士气更加旺盛。盛庸这时驻军于高资港，缘江上下二百余里，尽列海船严备，遥见对方阵容如此雄壮，早已胆落。朱棣麾下前锋鼓噪先登南岸，继之以精骑数百直冲盛庸大营。盛庸部下慑于燕军气势，似乎已不堪一击，争相往山上逃跑。燕军追奔数十里，斩首级数百，盛庸单骑逃走，后收拾余众解甲来降。

朱棣没有立即进取南京。而是先去夺取镇江，这是防止腹背受敌的必要之举。镇江守将童俊早有降燕之意，燕军一到，他便举城降附。随后，燕军由镇江西进，驻营于龙潭，从这里已经可以看到钟山，那便是太祖朱元璋的陵墓所在。自从太祖去世以来，朱棣已经好几年没到过此地，想不到如今竟得挥师至此。望着濛濛的钟山，他感慨万分，夺位之心愈发迫切。

此时朱允炆正惶惶然徘徊于皇宫内的廷殿间，他已经派人去召方孝孺，想讨问些主意。方孝孺也是忧心忡忡，但他在年轻的皇帝面前必须表现出镇定自若的样子。方孝孺劝慰朱允炆道：

“城中还有劲兵二十万，城高池深，粮草充足，足可固守；并可实行坚壁清野，让城外民众入城，城外积木也都运入城内，使燕军难以攻城。”这些建议都被朱允炆一一采纳。方孝孺还建议说：“前遣郡主未能办事，今以诸王分守城门，遣曹国公、茹尚书、讲和为辞，用觇其虚实，以待援兵至。至则选精锐数万，内外夹击，决死一战，可以成功。万一不利，车驾幸蜀，收集士马，以为后举。”

方孝孺这番话并非没有道理，因为朱允炆毕竟还有半壁河山，如果上下一心，局面并非不可收拾。无奈这时建文政权内部已士无固志，文武离心，什么样的计策都难以很好地实行。方孝孺的这个计划并非不算周到，但却无法改变“忽喇喇似大厦倾”的危亡局面。

再赴燕军向朱棣重申割地议和之事的是李景隆与兵部尚书茹瑺、都督王佐。这个建文朝廷说来也怪，平日里人才、义士出出进进，可到了这步田地，却找不出一个不辱使命的臣子赴燕，只好又派出了像李景隆、茹瑺这类首鼠两端之人。

李景隆等人见到朱棣时，汗流浃背，竟惶恐得说不出一句话来。这时的朱棣俨然已经是胜利者了，用不无讥讽的口气说：“勤劳公等至此，有言乎？”

李景隆把朱允炆准备割地求和的请求说了一遍。朱棣冷笑道：“当初加我大罪，削除名爵，贬为庶人，说什么大义灭亲。今日救亡不暇，又要割地求和。皇考一统天下，传之子孙万世，谁敢分土割地，其罪当诛。”他将对庆城郡主说的话又重复了一遍，表示自己只求除奸臣，别无他求。李景隆等人只得唯唯而退，回南京向朱允炆复旨。

朱允炆要李景隆马上再去见燕王，就说齐泰、黄子澄等奸臣已被窜逐，待捉拿回来以后再送交军前。李景隆畏怯，不敢再去，朱允炆便命在南京的谷王朱橞、安王朱楹陪同李景隆一起前去。

二王来到燕营中，朱棣只是寒暄问候，对战和进退之事一句不提。谷王再陈朱允炆议和之事，朱棣立即拉下脸来说：“诸弟试谓斯言当乎，否乎？诚乎？伪乎？果出于君乎？抑奸臣之谋乎？”二王只得无可奈何地说：“大兄所洞见矣，诸弟何言！诸弟来，岂得已哉？”

从这些亲王所处的境况来看，他们内心深处其实是向着朱棣的。这一点，朱允炆本该清楚。朝廷行削藩之策，诸王都是目标。朱棣起兵，正好为他们出了一口气。只是眼下碍于君臣关系，他们要受朱允炆差遣出使。至于他们内心在想什么，已经很难说了。但有一点大体可以断定：朱棣攻破南京后，诸王相信自己的地位不会恶化，或许还会更好些。这就注定了亲王出使决然不会产生朱允炆所希望的结果。

缓兵之计全部破产了。

二王求和不果而还，朱允炆更加六神无主，在奉天殿召见群臣时，竟失声痛哭起来。廷臣们心情大都也很黯然。有的劝他离京赴浙，也有人劝他前往湖、湘，总之大都主张暂避燕军之锋，以图复兴。方孝孺此时也拿不出什么良策来，但他劝朱允炆暂不必以万乘之尊仓促出走，仍坚守京城以待外援，万一不利时再去四川，在那里寻机后举。

根据方孝孺的主张，朱允炆秘密遣人出城，以蜡丸裹诏书，催促各地赶快出兵勤王。但这些诏书都被燕军截获，直到南京陷落，也没见一处勤王兵赶来。南京城不包括外郭，周围便有九十六里，筑堡垒二百余座，垛口一万三千余个，十分坚固；城内驻有不少京军卫士，民气也尚可一用，如若指挥得当，全力固守，位于南京城北的金川门因金川河由此出城而得名，朱棣从此门攻入南京夺位成功，使其名噪史籍。清人吕履恒留诗：“金川北望日黄昏，闻道燕师入此门。不见古公传季历，只知太甲是汤孙。风雷岂为鸱枭变，江汉难招杜宇魂。南渡降旗何面目，西山省恨旧乾坤。”

一时倒也不致陷落。但是朱允炆和他的臣僚们这时大都惶然无主，又有一些对建文新政不满、欲谋应燕的人四处活动，城中更加混乱，防守之事几乎无人主持。

南京的酷热是有名的，何况又在盛夏之中，城内百姓撤屋运木，昼夜不停，竟有不少人因饥饿劳苦死于酷暑之中。一些百姓不堪运木的劳苦，干脆纵火烧掉自己的房屋，眼见着黑烟滚滚，房倒屋塌，烈火的呼啸和百姓的哭喊连成一片。为了防止燕军攻城，朝廷下令军民加固城墙，想不到人多手杂，西南的城墙竟给弄塌了。朝廷又马上派人修筑，不料西南的城墙还未修完，东北的城墙也弄塌了。百姓们昼夜不得喘息，心中暗自生疑：难道建文朝的气数已尽？不然为什么连一段城墙也修不牢呢？

朱棣对攻打京师这一仗还是相当重视的，他以为一定会有一场恶战。先锋刘保等率骑兵千余人来到朝阳门一带侦察，发现并没有什么防备。这真使朱棣大喜过望。这时南京城内已乱作一团，许多人见朱允炆大势已去，便在暗中积极谋划降燕。朱允炆感到身边的人没几个可靠的，便让诸王分守城门，但这些亲王在精神上是与燕王相通的，也都在暗中盘算着投降燕军。

决战前的夜色，昏沉黑暗，繁华的六朝都城好像穿上了丧服。乾清宫中，烛光绰绰，朱允炆无论如何难以入睡。想到祖父传下的江山将要失于己手，惨淡经营了四年的新政也即将付诸东流，他内心十分痛苦，愧悔交织，凄惨地徘徊于灯影之下，不禁双泪长流。

六月十三日清晨，内官来报，左军都督徐增寿暗中策划投降燕王，事情败露，被御史魏冕、大理寺丞邹瑾等率同官十八人捽捉痛打了一顿，并奏请皇上下旨诛杀。徐增寿以前同朱棣一直关系很好，朱棣起兵后，他与其暗地勾结，不断将“京师虚实输于燕”，见燕军攻到城下，便欲谋为内应。朱允炆亲自诘问有无投降之事，他自知理亏，拒绝回答。已面临穷途末路的朱允炆依然恻隐之心未改，不忍处死徐增寿，只是命卫士们将他禁闭于寝宫附近的左顺门内。

几乎与此同时，朱棣的大军已杀到南京西北的金川门下。奉命守卫这座城门的是李景隆和谷王朱橞。他们感到朱允炆没有指望了，决心抛弃这个仁柔的皇帝。当他们在城上望到朱棣的麾盖时，立即开城迎降。

朱棣下马登楼，凭栏远望，雄伟的京城尽收眼底。东面的钟山像盘龙一样蜿蜒环抱着京城，西面的石头山像猛虎一样雄踞在大江之滨，浩浩长江从金川门下向东北方向流去。城内东南角那一片金光耀眼的楼台殿阁便是皇城了。三十二年前，他在那里被封为燕王。凭自己的雄才大略，他岂能仅仅安做一个镇守边关的藩王呢？现在他又登上南京城楼了！一时间，塞外的飞雪，白沟河的明月，东昌城下的伏尸，又都浮现在眼前。他忽然仰天大笑说：“朝廷罹祸，已举兵除掉！”

朱棣进城后，派人接来幽系中的周王朱和齐王朱榑，声称是恐怕被朱允炆加害，其意在做出姿态，以示自己起兵的道理。周王看到许多士兵突然赶来，以为要杀掉自己，非常害怕，得知这是燕军士兵，才破涕为笑。人们心里都很清楚，朱棣在叔侄间的这场皇位争夺中取得了最后的胜利。

南京城破，朱允炆才一改平日仁柔，发起狠来。他仗剑来到左顺门，亲手将徐增寿斩杀于殿庑之下。人们没想到，这位一向温文儒雅的青年皇帝竟会有这么大的怒火，但是，这时杀徐增寿已于事无补了。

斩杀徐增寿后，朱允炆又遍寻李景隆不得，身边仅剩下一些近臣。见大势已去，他跑回宫中，点起了一把大火。血红色的火光从红墙黄瓦间高高升起，卷起滚滚黑烟，伸向天际。

建文新政，步履维艰地走过了四年的风风雨雨，就这样在熊熊大火中宣告结束。一个靠左班文人支持的仁柔皇帝，终于不敌强大的藩王军人集团，令人痛心地失败了。在二百七十六年的明代政治中，这或许算得上第一幕真正的宫廷悲剧。

朱允炆无疑是这幕悲剧的第一主角。祖父赋予他至高无上的天子之尊，他也在矻矻终日地履行着天子之职；当他在叔父的逼迫下，无可挽回地走向失败时，他的表情乃至心境都是什么样的呢？遗憾的是，史家对此显得无能为力。除了在他所颁发的几份诏书中能看到若干表示愧悔之意的句子，人们似乎无以做出更具体的描述。

皇帝总是被奉承为无所不能的皇帝，而建文却只能是个无可奈何的建文。作为“万乘之君”，朱允炆确实没有赶上好时候。皇帝这个唯一的社会身份使宫廷政治在一些时间里平静如水，也使变故发生时对它的争夺极为残酷和剧烈。父子叔侄间你上去我下来的一姓至尊，在时间的流淌中并不能享受同样的东西：渴望开创明代“文景之治”的朱允炆，被历史安排了一个令人失望的角色。他一定在深深的不解中抱怨着上苍的不公。

朱允炆在总体上符合一介君主的政治抱负。即位之后，他在皇朝一系列最敏感的部位——诸如藩封、刑法、田赋、官制等等事体上，都想方设法进行过除旧布新的尝试。他很辛苦，在位的四年里，他每日料理政事、批阅奏章的时间，可以说并不少于他的前任和他的后继者。在明宫十六帝中，野史里关于他的“花花故事”最少——甚至于无，似乎是一位使后宫佳丽们颇受冷落的宫廷之主。他辛勤地守着宫殿，辛勤地操办新政，辛勤地推动皇朝走过一段短暂的开明。

就个人而言，朱允炆应该是做得很不错的，而他的朝廷依然短命。面对自己的叔父，这位青年皇帝好像是在做他所做不到的事情。

皇室内部这场内战的结果或许已经超出了争夺帝位的叔侄之争：朱允炆对朱棣的失败不仅是一个君主对藩王的失败，也是开明政治对专制极权的失败，文官政府对军人势力的失败。

朱允炆和朱棣的故事似乎又在昭示人们一条宫廷政治游戏的法则：君主是天生最不该具有仁慈、宽容性格的一类人，尽管矫饰出来的宽仁或许能够带来统治上的若干好处；但是，当君主真的具有这类性格，甚至要认真推行它时，君主统治的结束可能便已经为期不远了。