采取官督商办后，基隆煤矿恢复顺利。1887年，当年的生产能力就达到日产100吨，年产17000余吨。此时，煤矿的运力明显不足，制约了煤产量的进一步提高。于是，开始修建从矿井到基隆码头的铁路，以使运力大大提高，促进生产进一步发展。此时，官商矛盾已经出现，商人对进一步投资修铁路态度消极，而刘铭传这时看到生产顺利，因此乐观地认为铁路工程已办有“十分之九”，以后不需要再增加资本，便将商股退还，重新将煤矿收归官办。

以刘铭传的思想之开明，曾长期力主商办企业，但在“官督商办”企业营利后还想将其收归官办，遑论他人。可见，要官员、政府真正将“官企”尤其是营利的“官企”“民营化”，确实难而又难。

不过，收归官办后，官办企业的各种弊端立刻表现出来，又是月月亏损，与几年前官办时的情形完全一样。无情的事实很快使刘铭传清醒过来，他转而再次寻求商办，一是福州船政局仍大量需要基隆的煤炭，二是刘铭传急于将官本收回。不过，有实力的华商毕竟不多，一些商人很可能对他之前轻易将颇有成效的商办企业收回变成官办的做法，还心有余悸，所以募集商股的工作并不顺利。此时，一位英国商人向刘铭传提出，愿以分期偿还官本银为条件，换取20年内台湾全部煤矿和石油的开采权。刘铭传认为引进英资对中国有利，既可收回官本，还可得各种利税。他在给朝廷的奏章中写道：“若由该英商承办，不特官本可以收回，即以二十年计之，可免漏卮百万。关税并车路运资，转可得数十万……”不过，此事被清廷否决。

官办严重亏损，引进外资又被朝廷否决，煤矿还不能关闭，刘铭传只得在勉强维持中继续作商办打算。经过多方努力，终于有一些商人愿意以官商合办的形式承办基隆煤矿，为期20年，商人出资20万元，并缴还原矿本银12万两；官府出资10万元，而且是以“矿存房屋机器以十万元作官本，其余按月缴煤扣除”。但这些商人很清楚“官”的危害，所以在合同中提出，在用人、财务方面官方免予过问。其实，对于官办企业或官督商办企业，官员最感兴趣的就是用人大权与财务大权，有此二权，便可任意安插亲信，贪污中饱。规定官方无此两种权力，确实抓住了问题的要害。按照此办法，政府既不必另拨款项，又能得到煤矿生产之利，完全符合刘的意图，所以他认为此约对官方大大有利；同时，他更加深刻地认识到“官”对“商”的干涉有害无益，因此完全同意此约。所以，在1890年8月中旬将基隆煤矿移交商人办理。他在给朝廷的奏折中说明了合约的具体内容，彼此入股、分利的情况，还如实写道：“除矿务，一切事宜由商经营，官不过问。”

但是，朝中反对民营商办的力量异常强大。任总理衙门事务大臣的庆郡王奕劻带头反对，总理衙门和户部联衔上奏反对此举，他们列出了种种反对理由，特别针对刘铭传奏折中的“官不过问”一句声色俱厉地质问：“此事既经官商合办，自应官为主持，何以一切事宜悉授权于商人，官竟不能过问？”在官本位、官权大于一切的近代中国，提出“官不过问”确实敏感，使反对者引申发出了“官竟不能过问”这种很能打动人的严厉责问。群情汹汹之下，亲政不久的光绪皇帝降旨对刘严斥：“刘铭传着交部议处。该抚接奉此旨，即将现办之局赶紧停止，不准迁延回护。”吏部“议处”的结果是刘铭传“照违制律私罪革职”。或许是考虑到刘的功劳与影响，1890年10月上旬，上谕将此改为“革职留任”。但刘知道自己在官场已无前途无意义，再三以病请辞，终于在1891年6月获准。

官办企业民营化是晚清社会近代化转型中最重要的方面，战功赫赫、为大清王朝效尽犬马之劳的刘铭传却因此丢官，付出了惨重代价，由此可见转型之艰难。这固然是刘铭传的不幸，其实更是清王朝的不幸。依然官办的基隆煤矿的衰败更加迅速，就在刘铭传辞官后的第二年，1892年11月底，基隆煤矿便不得不完全停产。宁愿维持企业官办以致衰败破产，也不愿把企业交给民营使其兴旺发达，在这种基本思路的指导下，清政府如何能引导社会成功转型呢？