学生是学校的主体，蔡元培通过鼓励学生成立各种社团、出版自己的刊物而使学生真正成为主体。在他的鼓励、支持下，北京大学的各种学生社团如雨后春笋，层出不穷。学生创办的刊物林林总总，蔡元培还批准专门经费，并决定由学校负责印刷发行，给以切实的支持，其中最著名的《新潮》在五四新文化运动中起了重要作用。现代中国学界和政坛上一大批风云人物，即从北大学生社团和杂志开始登上历史舞台。而且，现代社会最重要的一点就是现代民间社会的产生，这种公民的“自组织”是、开放社会最重要的基础。

1919年5月4日，五四运动爆发，北大师生冲在运动前列，蔡元培必然卷到政治旋涡的中心。对学生参与政治，他的观点并非简单支持或反对。他认为学生应有社会责任感，有权也应该过问国家大事。同时，他又强调学生毕竟要以学习为主，对政治不必过于热衷，特别是一些具体社会问题的解决，更有赖于学有专长的专家，而非激情可以解决。对“五四”当天北大学生的，有关记述、回忆与研究不尽相同。一种说法是他支持学生，另一种说法是他出于爱护学生的目的，曾对学生进行劝阻。但有一点十分肯定，无论他对学生的态度如何，当学生被当局抓捕后，他即全力以赴营救学生。他多次公开表示自己一定负责营救学生，为了保出学生“愿以一人抵罪”，并与其他一些大学的校长在北大开会，成立了以他为首的校长团，向警厅、直至总统府请愿。经过与警厅和反复交涉，被捕学生终于在5月7日上午全部释放。不论蔡元培及其他一些大学校长对学生的行动支持与否，对学生的政治观点赞成与否，一旦学生因政治原因被捕，他们顶着种种压力积极营救，显示了对学生的深切关爱，也为所有的教育工作者作出了应有的职业道德行为。

由于北京大学是新文化运动和五四运动的策源地，专制的军阀政府认为蔡元培应负主要责任，于5月8日决定撤免他的职务。由于被捕学生已被释放，为了表示对黑暗政府的抗议，也为了避免学生因此再次走上街头，蔡元培当即提出辞呈，于9日晨悄然离京南下。消息传出，举国哗然，学生的怒火即将再次爆发。在强大的社会压力下，经过反复斗争，政府被迫让步。1919年9月中旬，离开北大数月后，蔡元培终于重返北大。

中国传统女性并无受教育的权力，更不可能享受到在当时中国仍属“新生事物”的高等教育的权力。对女性遭受的不公待遇，蔡元培一直深深同情。从投身于教育事业起，他就一直为女性争取与男性平等的受教育权力而努力。当上北大校长后，他一直想方设法冲破重重阻力，开放“女禁”。“五四”风潮过后他重回北大，借新文化运动“风气大变”的气势，将此付诸实施。他很清楚，禁止女生上大学是“不成文法”，便巧妙地钻此空子，公开声明“大学本来没有女禁”，“我国门所定的大学规程，并没有专收男生的规定”，希望女生报考。由于当年报考时间已过，经审查资格后，于1920年春允许九位女生旁听。从1920年春起，北大就正式招收女生，开我国女性上大学之先河。北大开放女禁，引起了当时掌控北京政府的军阀们的愤怒，甚至扬言要对蔡采取强硬措施。但大学开放女禁已是潮流，闸门一开，任何人都无法遏止。