值得注意的是，他对孔子、儒学并非反对、拒斥，而是不同意将其作为一种“准宗教”的国家意识形态强迫学校灌输、学生接受，反对将其作为国家意识形态对孔子顶礼膜拜。在《对于新教育之意见》一文中，他谨慎地表示对于“孔子之学术，与后世所谓儒教、孔教当分别论之。嗣后教育界何以处孔子，及何以处孔教，当特别讨论之”。在临时教育会议上，他又提出“学生不应拜孔子案”，由教育参事蒋维乔作说明，列举了学校不应拜孔子的三项理由：一、“孔子并非宗教家，尊之自有其道，今乃以宗教仪式崇奉于学校之中，名为尊孔，实不合理。”二、“今以似是而非之宗教仪式行于学校，既悖尊孔之义，尤乖教育目的。”三、“宪法公例，信教自由为三大自由之一。今以学校拜孔子之故，致令他教之子弟，因信仰不同，不肯入学，既悖宪法公例，尤于教育普及大生障碍。”在他看来，思想自由、多元，是教育独立的重要条件。

将教育从统治者的政治桎梏下解放出来，强调教育的独立性，确有划时代意义。再进一步说，即便作为纯学者、纯教育学家，提出这种观点在当时已属不易，而身为主管全国教育的最高行政官员，蔡元培不仅不扩大自己的权力，反而主动“放权”，则更为难得。因为古往今来，从政之后为权、利所诱，改变、背弃自己原来的学术观点、政治思想的学者比比皆是，数不胜数。“昔贤垂范到斯今”，作为教育总长却提倡教育独立，而不是强调、扩大和总长对教育的权力，唯愿后世主管教育的官员们都有这般识见与胸怀。

身体力行是蔡氏特点，在民国初年党派纷争激烈的环境中，他请资深教育家范源濂（字静生）做次长。由于范是与国民党作对的共和党人，一些国民党、亦是其好友对此举大为不满，颇为愤慨，而另一方面范本人也不愿为“敌党”所用，坚辞不就。蔡元培不顾党内同志的反对，两次拜访范源濂，诚恳地对他表白：“现在是国家教育创制的开始，要撇开个人的偏见、党派的立场，给教育立一个统一的智慧的百年大计。国民党里并不是寻不出一个次长；我现在请先生做次长，也不是屈您做一个普通的事务官。”“教育是应当立在政潮外边的。我请出一位异党的次长，在国民党里边不是没有反对的意见；但是我为了公忠体国，使有全国代表性，是不管这种反对意见的。听说您们党里也有其他看法，劝告您不要自低身份，给异党、给老蔡撑腰；可是，这不是为国民党或我个人撑腰，乃是为国家撑腰。我之敢于向您提出这个请求，是相信您会看重国家的利益超过了党派的利益和个人的得失以上的。”经过他的劝说，范氏欣然就职。蔡元培在报上看到前清学部人员胡玉缙的《孔学商榷》一文，颇为欣赏，便邀胡到工作，并不介意胡曾是“旧政权”的官员。没想到，承政司在委派胡工作的便函中有“奉总长谕”字样，胡甚不满，立即写信给蔡元培，毫不客气地批评说：“惟‘谕’字似承亡清陋习，现虽一切程式尚未规定，而专制性质之字样，必屏而弗用。民国前途，方有冀幸。”对胡的批评，蔡元培不仅不以为忤，反而复信致歉，表示接受，承认自己对此“字句小疵”负有责任，并进一步反思道：“无论专制、共和，一涉官吏，便不能免俗，曰谕，曰派，皆弟所蹙然不安者。以冗故未遑议，致承政厅遂袭用之。”

蔡元培后来曾回忆自己当教育总长时的用人原则：“我那时候只有能者在职的一个念头，竟毫没有顾到老同志的缺望，到正式组织时，部员七十人左右，一半是我提出的，大约留学欧美或日本的多一点，一半是范君静生所提出的，教育行政上有经验的多一点，却都没有注意到党派的关系。”一半部员竟由范源濂提出，可见他请范源濂出任次长是真正授其实权，并非要其仅仅“挂名”，只是显示自己包容各派的“点缀”。

教育要超越党派，承认教育是“天下公器”而不是一党之私产，因此教育应“立在政潮外边”，确是他的真知灼见；而以一个党派要员执掌教育行政部门，却力邀敌对政党的合适人才做自己的副手，则是他的胸襟、人格的显现。

民国初创，以前专制王朝的教育制度必然面临根本性改变，首任教育总长自然负有重新制定全国学制的重任，好在蔡元培于此早就胸有成竹，所以在不长的时间内就为新生的共和国全面制定了大、中、小学学制。这个新学制推行了十年，直到1922年9月才由他主持作了修改。

然而，民初的中国并未给蔡元培提供实现自己理想的环境。袁世凯的专制使他忍无可忍，最终辞职。在他当面向袁世凯提出辞职时，袁为博取名声，以“我代四万万人坚留总长”表示挽留时，蔡则坚定地以“元培亦对四万万人之代表而辞职”回答，表明决不与其合作的立场，最终于1912年7月辞去了只当了半年的教育总长之职。

他知道，在专制政治之下，难言教育独立。“道不行，乘桴浮于海”，怀着对国事备感失望的心情和对西方文明作更深入了解探讨的理念，蔡氏于1913年秋踏上了为时三年的赴法游学之路。