面对强烈反对，陈焕章则代表孔教会发表告全国，把宪法起草委员会否决“定孔教为国教”称为“天祸中国”，结果是“家无以为家，国无以为国，人无以为人，将相率而入于禽兽”。袁世凯更是亲自出马，通电各省都督及民政长，指摘宪法不良。副总统兼湖北都督的黎元洪也发“请颁定孔教为国教电”：“兹者国体维新，民族仍旧，廉耻之防未立，礼义之用未宣，人背常经，士越恒轨，心无定宰，则竞权攘利之弊滋，乡无善型，则犯上作乱之衅起。又其甚者，至欲废父子之伦，裂夫妇之制，群聚苟合，禽兽不如。”“拟请两院速定国教，籍范人心。孔道一昌，邪诐斯息。”最后这句“孔道一昌，邪诐斯息”倒是一针见血地道出了历代统治者尊孔的真正目的与用心。正、副总统发电，浙江、山东、湖北、河南、福建、吉林、广西、江西、安徽、云南等省的都督、民政长自然“群起响应”，纷纷致电参、众两院，责骂反对派议员，要求尽快通过有利于袁集大权的条款和陈焕章等定孔教为国教的申请。时任江苏都督的冯国璋在电文中说：“值此国基未固，邪说朋兴，惟有尊崇我固有之孔教，或尚可为千钧一发之维。若听其谬种流传，旧防悉溃，恐斯民之陷溺日甚，不相率为禽兽者几希。”并提出由大总统袁世凯在上、各地军政首脑在下，联合向国会施压，促其通过有关条文。“辫帅”张勋最为积极，不仅立即通电支持，还就任孔教会曲阜总会事务所名誉所长。但国民党议员不为所动，所以这部宪法草案仍然于袁不利。袁世凯干脆下令解散国民党，取消国民党议员的资格，这样一来，宪法起草委员会已不足法定人数，遂于11月10日自行解散，所定宪法草案也随之流产。11月26日，袁世凯再向全国发出尊孔告令。由于尊孔拥袁有功，陈焕章终于得到回报，被袁世凯聘为总统府顾问。

1916年袁世凯称帝，与康有为恢复大清的理念不合，故康、陈不表支持，但仍有地方如直隶、河南、山东等省的孔教会给袁上《劝进书》，支持其自当皇帝。这年6月，袁世凯称帝失败，在万众唾骂声中死去。继任总统黎元洪宣布将“召集国会，速定宪法”。同年8月，在北京召开的国会决定继续几年前流产的制宪工作。陈焕章又以孔教会总干事的名义，上书参、众两院，再次提出宪法应“明定孔教为国教”，赞扬公布祭天祭孔之制是袁世凯的功绩：“袁氏将来不可磨灭之处，即在于是”。并激烈指责那些反对派议员是还不如袁世凯“之真能代表民意于万一”的“败类之议员”，仍是“诚可谓无教之禽兽矣”。陈的请愿书刚刚提出，张勋、曹锟、张作霖等一干武夫就公开发表“争孔教为国教电”，蛮横地要求国会废除三分之二议员赞成才能通过的原则，要求直接定孔教为国教。他们还威胁那些反对的议员说：“竟欲将多数人民信仰之孔教，使绝迹于宪法，是诚何心？即使将来宪法告成，亦不为人民所公认。倘因之更发生种种问题，危及国家，为祸愈烈，安见宗教之战，不于我国见之！彼时虽欲重治反对者流以误国之罪，亦以晚矣。”

由于赞成者与反对者势均力敌，因此争论激烈，久议不决。1917年3月，陈焕章等又发动山东、浙江等16省的尊孔会社在上海的代表组织“各省公民尊孔会”，他本人出任会长，张勋、康有为等为名誉会长，再次强烈要求“定孔教为国教列入宪法”，并以要“组织各地尊孔会代表进京请愿”向国会施压，但“宪法审议会”仍然否决了定孔教为国教的提案。6月初，张勋率“辫子军”进京，在孔教会会长康有为的参与下，于7月1日正式拥戴溥仪复辟，康有为任弼德院副院长，并亲自修改了宣布复辟的“上谕”，声称：“自今以往，以纲常名教为精神之宪法，以礼义廉耻收溃决之人心。”可惜孔教会还未大展身手，这次只有短短12天的复辟，就在举国反对、段祺瑞的武力下宣告失败。段祺瑞掌权后，陈又转而投段，甚至直接从政，充当段氏控制的“安福国会”议员。1918年10月，徐世昌就任大总统，陈焕章又投徐，被聘为总统府顾问，并被授予文虎勋章。