虽然与荣禄拉上关系，荣还主动告诉他要给慈禧的“训政大典”发“贺折”，但他毕竟有开明、求新的名声，特别是曾与康、梁关系密切，杨锐、刘光第、陈宝箴等均是他的属下，所以他又成为保守派攻击的目标。几个月前曾保奏过他的徐桐现在又上书慈禧，指责他变节，成为康、梁的同路人，要求严惩。

洋务派与维新派的决裂是戊戌维新失败的重要原因之一。没有洋务派的支持，维新派其实只是几个毫无权势的书生，很难有大的作为；没有维新派打前锋，洋务派便暴露在最前列，成为守旧派攻击的对象。

在保守派的强大压力下，张之洞想方设法将曾与维新派密切交往的痕迹尽可能抹去，有些做法甚为可笑。维新运动初起时，张在南京代理两江总督，与康、梁交好，一次游镇江焦山时，突然对时局大发感慨，遂在松寥阁题写长诗，其中有赞扬维新派人士的字句。天下名臣题的诗，寺僧自然将其精装悬壁。戊戌政变发生后，张忙派梁鼎芬乘小兵船星夜赶往焦山，问寺僧张督的题诗是否还在。寺僧拿出卷轴说：不敢损毁。梁鼎芬忙说：张总督想再题跋于后，题好后再还给你。于是将卷轴取回，撕碎后烧毁。

为了洗刷自己以求自保，张之洞开始不遗余力地攻击、康有为、梁启超等维新人士。康有为、梁启超、王照等人逃亡日本后，在日本继续进行反对慈禧的维新活动。张之洞以“通洋务”、能与洋人打交道自命，所以不断通过日本驻上海领事、驻武汉领事、驻华公使，要求日本政府将维新人士驱逐出境。日本政府认为张未来在中国政坛将举足轻重，而且张许诺如果自己渡过目前的政治危机，日后将扩大与日本的合作。在张之洞三番五次的要求下，日本政府最后同意了他的要求，向康有为和王照施压，迫使二人先后离开日本。后来，康有为从加拿大乘船返港，途经日本横滨，日本政府仍拒绝其上岸要求。为了在境外将康有为“搞臭”，张之洞竟将其心腹幕僚梁鼎芬编造的充满诬蔑之词的《康有为事实》送给日本政府，要求在日本刊布发行。在他的软硬兼施下，日本政府同意报纸刊登此文。

这一系列举措终使张之洞平安渡过了这场重大的政治危机，甚至更获慈禧信任。但曾经热情接待、夸赞康、梁的张之洞，现在为自保又如此不择手段，欲置康、梁于死地而后快，必为时人所不齿。章太炎在政变发生后，曾鄙夷地对友人说：“今日中国之反复小人阴险巧诈者，莫如两湖总督张之洞为甚。民受其殃，君受其欺，士大夫受其愚，已非一日。自新旧党相争，其人之罪状始渐败露，向之极口推重者，皆失所望。”确实，以“儒臣”、“忠信”著称的张之洞在这次风波中的表现，使其道德声誉严重受损。或许，张之洞因此格外在意外界对自己的评论，他曾问自己的幕僚高某：“外间对余有何议论？”高某回答说：“人皆谓岑西林不学无术，袁项城不学有术，老师则有学无术。”岑西林为岑春煊，袁项城为袁世凯，岑、袁是否如此另当别论，说张“有学无术”，显然是门生、幕僚深知老师、幕主心事而曲意讨好的谀词。张之洞闻之高兴不已，故作谦虚、实为自夸地说：“予则不但无术，且不能自谓有学。”精通权术者，大都不愿承认自己精通权术。

其实，对张之洞最为准确、客观的评价应是“有学有术”。他的所作所为表明，他所推崇的“学”，即儒学所称的仁、义、礼、智、信，只能用于“平常时期”，而在生死关头的“非常时期”，他所实行的恰是他在书本中所不屑、所严斥的“术”，如荀子之倡恶、申不害之教人不诚、韩非子之教人不务德行、公孙龙之巧言无实、鬼谷之阴贼可鄙……但是，这种丝毫不讲信义、不顾道德的权谋术数，其实并非张之洞所独有，而是专制制度下绝大多数官员面临此情此景时合乎理性的选择。在面临革职甚至杀头之险时，能不顾身家性命而坚持理念的官员毕竟少之又少，所以，只要在“平常时期”不贪渎或少贪渎，为官一任时能有所建树，管理一方能大致安稳，能在一定程度上体察民情等等，就是难得的“好官”啦。因此，不必因“非常时期”的“非常之举”，就在道德层面上对“张之洞”们过分苛责；在专制制度下，确有其“不得不然”之处。专制制度必然使官德败坏，而官德败坏必将导致社会风气败坏。