北大文科一直为桐城派古文家把持，守旧派居统治地位，新思想、新观点不为所容。而“思想自由，兼容并包”是蔡元培的办学方针，为打破守旧派的“一统天下”，使北大学术、思想多元化，他着重聘请具有新思想、新观点的学者到北大任教。在短短时间内，就聘请了陈独秀、胡适、李大钊、钱玄同、刘半农、周作人等新思潮的代表人物（1920年，鲁迅也来到北大）。为了表示“礼聘”之诚，他聘请陈独秀为文科学长，并允许其将非学术性的思想性刊物《新青年》带到北大出版。新文化先锋迅速云集北大，“文学革命，思想自由的风气，遂大流行”，使北大成为新文化运动的摇篮。

蔡氏支持新学派，但并不压制坚守传统的旧学派，因此北大同时还有政治或学术观点属于旧派的学者，如仍拖长辫的辜鸿铭，拥护袁世凯称帝、“筹安会”发起人之一的刘师培，以及黄侃、崔适、陈汉章等。当年仅24岁、且无学历的梁漱溟在佛学研究方面才华初露时，蔡元培立即破格延请其来北大任教，丝毫未考虑他的学术、政治观点的“新”与“旧”。

如果说蔡元培对“新”派表示了更多的支持的话，则因此前是“旧”派主导，“新”声备受压抑。新旧兼容，使他往往不被双方理解。他的这种办学方针，首先遭到旧派学者的强烈指责，对此，他作了公开回答，提出了著名的两点主张：“（一）对于学说，仿世界各大学通例，循‘思想自由’原则，取兼容并包主义”；“（二）对于教员，以学诣为主。在校讲授，以无背于第一种之主张为界限。其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任……夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。”当激进的青年学生猛烈攻击旧派学者辜鸿铭、刘师培，并对蔡元培仍聘用他们表示不解时，他则开导劝说，希望他们学习辜先生的英文和刘先生的国学，并不要他们也去拥护复辟或君主立宪。将教师的政治观点与学术水平分离，学校只问其学术水平而不干涉其政治观点。这种将“公”、“私”区分，“互不干涉”的划分标准，无疑能广罗人才。

中国向有将不同思想观点诬之为“异端邪说”而不容其存在、强调思想“大一统”的传统，蔡氏这种容纳各派、包括自己并不赞同的思想派别，真正鼓励百家争鸣的做法，确开一代新风。其实，这也是办好大学的基本条件。但在中国语境中，要做到这一点委实不易，权力总想介入学术；亦总有人不敢或无力进行学术争鸣，因而乞求权力介入学术。随着新旧文化争论越来越激烈，政府开始介入，支持强调传统的守旧派。一些议员向教育总长傅增湘示意，如果不撤去蔡的校长之职并将陈独秀、胡适、钱玄同等逐出北大，便要弹劾傅增湘。1919年3、4月间，总统徐世昌几次召见傅增湘、蔡元培等，对蔡施压。傅还在徐世昌的指令下致信蔡元培，要求其对提倡新思潮的北大师生严加管束，并点名严责北大学生创办的《新潮》杂志。对此蔡元培复信反驳，并为新思潮提倡者辩护说：“敝校一部分学生所组之《新潮》出版以后，又有《国故》之发行，新旧共张，无所缺畸。在学生则随其好尚，各尊所闻；当事之员亦甚愿百虑殊途，不拘一格以容纳之。”他再次强调：“大学兼容并包之旨，实为国学发展之资。正赖大德如公，为之消弭局外失实之言。”教育总长傅增湘虽有总统支持，对蔡却无可奈何。这种为维护思想、学术自由，不畏强权的凛然风骨，的确令人钦佩。