这一系列的改革措施，扩大、巩固了教授治校的范围。

蔡元培在北大实行教授治校，开启了中国教育史上前所未有的深刻革命。教授治校使教授在大学的决策与管理中起决定性的或主导的作用，减少了行政对学术的干扰，学校的行政机构确实起到了服务与辅助作用，而不是外行领导内行，行政部门“喧宾夺主”或“反客为主”，业务部门反过来为行政部门服务。而且，教授治校是基层政治的一种拓展。蔡元培在北大的改革说明，政治完全可以在“基层”首先实行，而这种“基层”的渐次展开恰恰是政治的重要基础。教授治校是大学具有相对独立性的重要保证，使大学最大限度地避免了政府和的干扰，在不的社会中营造出一个相对独立的、的“小共同体”。他曾这样评说对他影响至深的德国大学制度：“德国革命以前是很专制的，但是他的大学是极端的平义；他的校长与各科学长，都是每年更迭一次，由教授会公举的；他的校长，由四科教授迭任。”他营造的北京大学，即是这种生存于专制社会中的一个孤岛。

对以探索、传承知识为天职的大学来说，这种格外重要。对知识的追寻就是对未知世界的探险，必然充满种种失误、错误。只有这个学术共体中的每个人都能独立、平等地发言、批评、被批评，彼此能畅所欲言地交流、商榷，不同学术观点百家争鸣，才有获得知识的可能。现代思想家波拉尼（michaelponyi）认为，这种共同体应该形成的是“普遍权威”（generalauhoriy）而不是“特定权威”（specificauhoriy）。所谓“普遍权威”是指每个人都有独立的知识、规则的“诠释权”，这种权威是共同体中每个人都自由、充分地表达各自观点后，相融而成的一种普遍意见，其权威是在制度下，自下而上自然而然形成的。相反，“特定权威”则是规定只有高高在上的“中心”、“总部”才有知识、规则的“诠释权”，一切重要的诠释和变革创新都由这个“特定权威”发布命令、发出宣告，而成员只能服从其决定，其权威是由上面指派的。波拉尼进一步指出，这两个完全不同的权威观念，一个要求大家自由，另一个要求大家服从。两相比较，“普遍权威”更有利于科学、知识、学术的发展进步。“在科学上面设立一个明定的权威类型，对科学极具毁灭作用，由科学意见以正常方式来运用的‘普遍权威’则为科学之继续存在所不可或缺。”

蔡元培的这一系列改革，使“思想自由，兼容并包”这一治校方针的实施获得了制度性保障。

“思想自由，兼容并包”的具体落实，是从北大文科整顿开始的。

他在《〈北京大学月刊〉发刊词》中申明：“大学者，‘囊括大典，网罗众家’之学府也。《礼记》《中庸》曰：‘万物并育而不相害，道并行而不相悖。’足以形容之。”“各国大学，哲学之唯心论与唯物论，文学、美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观，常樊然并峙于其中，此思想自由之通则，而大学之所以为大也。”但他深知“吾国承数千年学术专制之积习，常好以见闻所及，持一孔之论”，提倡思想、学术自由至为不易。