1900年1月下旬，上海电报局总办经元善联合在沪各省绅商等一千多人，发出反对废黜光绪、另立新帝的通电。慈禧震怒，清政府立即通缉经元善。经元善只得逃到澳门，但澳门葡萄牙当局在清政府的授意下，将经拘押。容闳闻讯后，立即写信给香港总督，请其设法营救经元善。在香港总督卜力的斡旋下，澳门当局释放了经元善，容闳将他接到香港。对容闳在危难时刻的大力相助，经元善感激不尽。

想在体制内改革的维新运动失败后，以孙中山为首的革命党人开始活跃起来。在这种大背景下，容闳开始与革命党人接触。在第一批出国留美的幼童中，有容闳的族弟容星桥，他回国参加过1884年的中法海战，曾立功受奖，后退伍到香港经商。在香港期间，他与孙中山相识，并参加了兴中会。1900年3月下旬，容闳来到新加坡，与康有为、新加坡富商邱菽园及台湾爱国诗人丘逢甲会面，商讨维新派在长江流域和广东地区武装起事，营救光绪帝。容闳当时曾试探英国是否支持维新派人士的武装起义，并希望刚刚结识的美国人荷马·李（homerlea）能召集五百名美国志愿兵，同时联络菲律宾义军参战。这年3、4月间，经容星桥介绍，容闳与革命党人多次接触，并向革命党人打听孙中山的情况，开始同情革命党。

此时，一场巨大的风暴正在形成，义和团在华北地区发展迅猛。义和团于19世纪90年代后半期起源于山东和直隶，以“练拳”为名组织起来，攻打教堂，反洋教。1898年10月下旬，山东冠县梨园屯拳民起义，义和团运动迅速兴起，从山东发展到直隶，并于1900年夏进入北京、天津。义和团的口号虽不统一，但主要是“顺清灭洋”、“扶清灭洋”、“助清灭洋”，并明确表示“一概鬼子全杀尽，大清一统庆升平”，爱国性与封建性混为一体。对一切与“洋”有关之人和物，义和团则极其仇视，把传教士称为“毛子”，教民称为“二毛子”，“通洋学”、“谙洋语”、“用洋货”……者依次被称为“三毛子”、“四毛子”……直到“十毛子”，统统在严厉打击之列。面对如此巨大的社会运动，清王朝中央政府在相当一段时间内竟没有一个明确、统一的政策，而是由各级官员自行决定或剿或抚。由于中央官员内部和地方各级官员对义和团的态度非常不同，有的支持，有的反对，中央政府也深受影响，摇摆不定，时而主剿，时而主抚，但总的倾向是主抚。而慈禧最终决定明确支持义和团，则是要利用义和团根绝维新隐患。因为慈禧等守旧派决定废黜光绪，另立新君，但这一计划因遭到西方列强的强烈反对而未能实现。对守旧派来说，光绪的存在的确是潜在的巨大威胁。但他们知道自己没有力量，便想依靠义和团的“民心”、“民气”，同时又相信义和团的各种“法术”真能刀枪不入，打败有现代化武器装备的洋人，于是决定利用义和团来杀灭“洋人”，达到废立的目的；而义和团本身的落后性也为这种利用提供了基础。1900年6月19日，清廷决定“向各国宣战”。

面对给中国社会、中华民族，也给清王朝和一些官僚带来巨大灾难的混乱，已经返回上海的容闳心急如焚。他致电张之洞，希望张之洞在江南另立新政府，捧出光绪皇帝，在中国维新图强。他在电报中建议张之洞：“联合长江各省，召集国中贤俊，设立类似国会之保国会，成中国独立政府，与八国议善后事宜；太后、皇上出奔，北京实无政府可言也。”对此建议，张之洞置之不理。东南地区的官员们，如刘坤一、张之洞、李鸿章等开始“东南互保”，即东南地区保证外国人生命财产安全，外国不侵入这些地方。容闳认为，这一主张虽与他的方案非常不同，但却是受他的提议启发而来。