由于各方反对，慈禧未能废黜光绪，隐患仍在。在各种反对声中，她最忌惮的还是列强的态度和干涉，因此对洋人极端仇视，载漪集团对洋人也是恨之入骨。但他们又知道自己无力打败洋人，便将目光转向民间兴起的义和团。

对义和团，张之洞一直主剿，两广总督李鸿章、两江总督刘坤一、山东巡抚袁世凯也都坚决主剿。较早时，张曾致电一位京官，说“扶清灭洋”的口号是会匪的一贯策略，“若因此姑息，大误矣”！义和团“能避枪弹，更是谣言”，如果因此而害怕义和团，则“更大误矣”！

5月末，义和团在朝廷的支持下向直隶、京津发展，行为更加过激，烧北京一些店铺，并拆毁铁路，焚烧车站，张之洞立即致电荣禄：“此乃借闹教而作乱，专为国家挑衅，且铁路与教堂何设？可见实系会匪，断非良民。”他认为如此发展下去，则“各国必以保护教士教民为词，派兵自办，大局将难收拾”。他希望朝廷能改变政策，对义和团由抚改剿。6月15日，张之洞、刘坤一联衔电奏朝廷，力促朝廷改变政策。他们提醒朝廷：对义和团“如果再迟疑不自速剿，各国兵队大至，越俎代谋，祸在眉睫”；并表明自己心迹：“此实宗社安危所系，不敢不披沥上陈”，所以恳请朝廷明降谕旨，立即义和团。由于此奏意见与朝廷方针正好相反，所以张、刘事先曾反复电报磋商，字斟句酌。刘坤一起草的电稿原有劝朝廷对义和团“一意痛剿”之句，后改为张之洞提出的“定计主剿，先剿后抚，兵威既加，胁从乃散”。虽然实质仍是剿灭义和团，但语气缓和了许多，“后抚”之说照应了朝廷的政策，并未完全否定朝廷支持义和团之举，不使朝廷产生臣下忤逆的感觉，可能更易为朝廷接受。此奏铿锵有力的最后一句话也是张之洞专门电刘，要其加上的：“从来邪术不能御敌，乱民不能保国。外兵深入，横行各省，会匪四起，大局溃乱，悔不可追。”他们强调：“机变甚速，间不容发。”

清廷从6月16日到19日连续召开四次御前会议，讨论和战问题，主战、主和两派进行了激烈辩论。虽然朝廷在6月17日收到张、刘电奏，得到主和派官员的强烈响应，但最终仍无法改变慈禧向列强开战的决心。6月19日，清廷正式决定“向各国开战”，给北京义和团发放粳米两万石、银十万两，并命令清军与义和团一同攻打使馆区。得此消息，张之洞、刘坤一认为大祸临头，但还想作最后努力，于是联络江苏巡抚、安徽巡抚、湖北巡抚、江西巡抚及长江巡阅水师大臣联衔电奏朝廷，他们认为义和团是“邪教”、“土匪”、“劫盗”，滥杀中外无辜、“华洋均受其害”，所以“即不与各国开衅，亦应痛剿，况无故戕害洋人、洋房，杀日本参赞，今海口已被占夺，都城满布洋兵，增兵增舰，日来日多，祸在眉睫，直不忍言。从古无国内乱民横行惨杀而可以治国者，亦未闻一国无故与六七强国一同开衅而可以自全者”。主张坚决义和团，保护各国商侨、教士和使馆，向各国政府致歉，对6月11日被清军杀害的原日本使馆参赞杉山彬“优加抚恤”。最后，他们几乎是哭求朝廷：“宗社安危所关，间不容发，再过数日，大局决裂，悔无及矣。”