日本列岛发掘出的旧石器时代的遗址，分布范围很广，从北海道到南九州，总数有一千余处。从人种学角度对遗骨化石的分析，得出的结论往往大相径庭，这说明古代日本人很可能并非单一血统，而来源于不同的地区。

除了旧石器时代以前就生存在日本列岛上的少数原住民外，从东北、西南、西北和南四个方向，都可能有大量移民混入。东北方向的来源，就是现今阿伊努人的祖先；西北方向的来源，是北中国和朝鲜半岛；西南方向的来源，是中国南部；南方的来源，是马来亚和印度尼西亚。

大约在距今一万到八千年间，日本进入了新石器时代，相对应的文化被称为“绳文文化”。此后来自东北方向、西南方向和南方的混血逐渐减少，来自西北方向即北中国和朝鲜半岛的移民却依旧汹涌不断，因此继“绳文文化”后开创了“弥生文化”和“古坟文化”。

“绳文”之名，来自于陶器上用麻绳勒出的种种纹样。当然，绳文时期的陶器，并非每种都有花纹，也并非每种都有绳纹，那只是一个代表名称而已。当时的日本人，基本使用石器为工具，主要生活来源是采集、狩猎和捕鱼，但已经具备了早期的稻耕知识〔应该是从中国传入的〕。当时的社会还是血缘为主体的氏族群居，婚姻关系中女性占有主导地位，已经出现了对偶婚〔男性有多个妻子，其中之一为正妻，女性也有多名丈夫，其中之一为正夫〕。人们尚无来世观念，人死后屈身而葬，并且压上大石，怕他起而作祟这一传统在日本流传很广，延续时间很长，那是和尊天敬祖的中国人截然不同的。

关于“绳文时期”的很多风俗和生活习惯，在日本神话中也屡有反映。让咱们再把目光放回《古事记》和《日本书纪》上来吧。书上说，伊邪那歧和伊邪那美兄妹绕着天御柱而舞，伊邪那美先歌，伊邪那歧应和，二神遂结为夫妻，先生下水蛭子，又生下淡岛，全是畸形儿。二神前去请教诸神，诸神回答说：“女子先开口是不吉利的，你们必须重新来过。”于是他们回到家中，再次举办“婚礼”，由伊邪那歧首先开口唱歌，伊邪那美应和。此次不同凡响，一口气生下了淡路、伊豫、隐岐、筑紫、壹岐、津、佐渡、倭丰秋津八岛日本列岛就此诞生。

这一传说，或许真实含义乃是婚姻制度从女性为主向男性为主的转换吧。总之，两夫妇不停地产子，生下大八岛后，又接着生了儿岛等六个小岛，生了山、海、风等三十五位神。就这样，天地风雷草木都几乎齐全了，然而伊邪那美在最后生火神火之伽具土的时候，却被这小婴儿烧伤了***，因此死去。伊邪那歧悲愤之下，挥剑砍下了火之伽具土的脑袋，但随即从火之伽具土的尸体，以及沾染在伊邪那歧剑上的血迹中，又生出了一大堆神。

其后的一段神话，在世界许多民族中都有类似范本，或许正是古代日本人混血的证明，也是日本人极其鲜明的“拿来主义”的滥觞。据说伊邪那歧怀念死去的妻子，于是前往黄泉之国与之相会。但当他看到伊邪那美面容枯槁丑恶，身上爬满了蛆虫，还环绕着大雷、火雷、黑雷等八种不同的雷后，吓得转头就跑。伊邪那美非常愤怒，就派黄泉丑女和八雷去追，伊邪那歧则利用先民贫乏想象中的智慧和神通，最终逃脱了，还用巨石堵住了黄泉比良坂附近的黄泉之国的出口。

这无疑是“绳文时期”古日本人害怕亡灵作祟的意志之体现。有趣的是，帮助伊邪那歧逃过追捕的一大功臣，乃是几枚桃子，事后他就给桃子赐名为“意富加牟豆美命”，并要桃子将来象帮助自己那样去帮助各处受苦的生灵大家都知道，桃木在中国古代传统中，有镇鬼驱邪的作用，无疑正是这段神话的来源所在。