京都朝廷风云动荡，镰仓幕府的境况只有更为混乱。就在土御门天皇登基的当年年底，源赖朝在从相模川桥回来的路上失足落马，就此一病不起，挨到次年〔1199年〕元月，终于咽了气，传位给长子源赖家。

源赖朝在世的时候，集权稳固，诸事尚可独断专行，赖朝一死，幕府和御家人，以及御家人之间的重重矛盾就暴露了出来。为了缓解这诸般矛盾，赖朝的遗孀北条政子就以儿子年纪尚幼为藉口，取消了赖家将军的独裁权力，代之以重臣合议制。最初参与合议的武士共十三人，包括：政子的父亲北条时政和兄弟北条义时，公文、问注、侍三所的长官大江广元、三善康信和和田义盛，此外还有中原亲能、比企能员、藤原行政、三浦义澄、八田知家、足立远元和梶原景时等。

镰仓幕府早期的政治斗争，就在上述这些人内部展开，化繁复为简单，基本的脉络是：北条一族击败将军赖家，拥立其弟千幡，随即北条政子和义时兄弟又打败了老子北条时政，完全把镰仓幕府变成北条氏一家独大的局面。

先说第一步，据说二代将军赖家很不成器，却又执着地想要摆脱母亲北条政子的控制，重掌幕权，他最倚重的臣子是为梶原景时。梶原氏世居相模国镰仓郡梶原乡，先祖曾自称过镰仓氏，梶原景时作为梶原一族的家督，在源赖朝初起兵的时候还是站在平氏一方的，曾跟随大庭景亲在石桥山大败赖朝。据说景时虽然获胜，却大为赖朝的勇武而感动，于是故意放赖朝逃走，把追兵引领向错误的道路。其后赖朝卷土重来，梶原景时前往投靠，赖朝记得活命之恩，给予重用，对他非常信赖，言听计从。幕府建立后，梶原景时一度接替和田义盛作为侍所别当，可谓是权势薰天。

民间传说中的梶原景时是一副奸臣嘴脸，这大概因为他曾经进言赖朝，讨伐自己两个兄弟范赖和义经吧，既然在老百姓的观感中，范赖是老实头，义经是大英雄，那么说他们二人坏话的梶原景时自然就是白脸奸佞了。不过平心而论，景时的所作所为，不管动机何出，对于幕府政权的巩固是大有益处的。

十三位合议重臣中，梶原景时首先丧命，这或许和他时常献计排除异己〔不管是自己的异己还是幕府的异己〕，不得人心有关。关于他的灭亡，史料上有两种完全不同的记载：一说是景时向将军赖家进言，陷害重臣结城朝光，此事为朝光所知后，就和六十五人联名上奏，请求将其流放；另一说是景时察觉到御家人中有推翻将军赖家，拥立源赖朝次子千幡的动向，他向赖家进言，但因查无实据而反遭流放。

不管怎样，梶原景时是被流放了，但他并不甘于就此没落，先是退回自己的领地筑城固守，然后又率其族人上京去，打算向后鸟羽上皇申诉。幕府内部权力斗争，偏要捅到朝廷去，这不是自己找死吗？于是上京途中，梶原一族遭到幕府武士的追杀，尽数覆灭。

梶原景时之死，给将军赖家敲响了警钟，他仿佛从景时的尸体后面看到了母亲北条政子的身影，于是决定扶持比企氏以制约北条氏。比企氏的家督比企能员本是源赖朝乳母比企尼的外甥，在赖朝被流放伊豆以后，比企尼多次派人给自己的乳儿送衣送食，赖朝待她如同自己亲生母亲一般亲密，比企能员也就因为这层关系得到重用。后来能员的妻子又做了源赖家的乳母，而其女若狭局也嫁给了赖家，并且生下儿子一幡。

因此缘故，源赖家想要对抗母系的势力，就不得不依靠妻系，镰仓幕府两代外戚就此展开了殊死搏斗。一开始是比企氏略占上风，但到了建仁三年〔1203年〕八月，身体一向不好的源赖家突然得了重病，他自知将不久于人世，害怕死后北条一党拥立弟弟千幡，杀害自己儿子一幡，就下令封千幡为关西三十八国的总地头，而封一幡为关东二十八国的总地头。

在赖家想来，我给千幡偌大赏赐，母亲大人您总该满意了吧，而我同时也给儿子二十八国地头职，他有地盘在手，你们也就无法动他。然而这种分明是分裂幕府的举动，别说北条氏不答应，连比企氏也无法接受。比企能员来向赖家进谏，赖家对他讲出了自己心中的忧虑，比企能员就说：“如果担心北条氏胡为，不如趁此机会流放他们，怎能因此自乱阵脚，使天下二分呢？”

这个还没有具体执行步骤的计划，却被北条政子探知了，政子大惊失色，决定先下手为强，于是以举行药师如来供养仪式为赖家祛病为借口，招来比企能员，当场将其处斩。能员死后，其子比企宗员率一族郎党固守将军嫡子一幡所住的小御所，没想到北条氏根本不管一幡死活，派兵猛攻，最终小御所在大火中化为灰烬，比企一族和年仅六岁的一幡全被烧死。

斗垮政敌以后，北条氏立刻逼迫已经万念俱灰的源赖家出家隐居，把将军之位传给其弟千幡，也就是源氏的第三代将军源实朝。次年〔1204年〕七月，被幽禁在伊豆修禅寺的源赖家即遭杀害。