咱们先来说说前面提到过的，几乎使源氏势力从关东更扩张到东北地方的“前九年之役”和“后三年之役”。且说东北偏远地区的陆奥国和出羽国中，都拘押着大量囚徒，部分是在各场远征中俘获的虾夷人，部分是朝廷流放过去的罪犯，安倍家族因为世代管理陆奥国的囚徒，势力逐渐扩张，同族遍布陆奥六郡，几乎形成了一个独立的王国。永承六年〔1051年〕，朝廷任命源赖信之子源赖义为陆奥守，令其整顿东北局势，源赖义一到陆奥，安倍氏当主〔一族总领〕安倍赖时摄于其父子两代的威名，立刻表示愿意服从指挥。

然而到了天喜四年〔1056年〕八月，源赖义在即将任满离职前，突然上奏说安倍赖时谋反，从而请得了讨伐的院宣〔院所发出的诏命〕这很可能是赖义想要真正控制东北地区的藉口。总之，战争就此爆发，新任陆奥守藤原良纲吓得不敢赴任，朝廷只好再次把这一职位交给了源赖义。

到了当年十二月，安倍赖时遭到被源赖义策反的同族安倍富忠的袭击，中箭殒命，他的两个儿子安倍贞任和安倍宗任代掌其兵，继续与官军相抗衡，并一度给源赖义以沉重打击。于是源赖义被迫向出羽国司求援，于康平五年〔1062年〕终于盼来了出羽仙北的俘囚长清原武则的援军。在清原氏大军的压迫下，安倍贞任节节败退，终于在当年九月战死，居城鸟海栅也被攻陷。“前九年之役”就此终结，不过实际上，这场仗打了整整一十二个年头。

战后，源赖义进位正四位下伊予守，长子源义家被任命从五位下出羽守，次子源义纲被任命为左卫门尉，而清原武则被破格任命为从五位下镇守府将军，基本接管了安倍氏的领土。可以说，源赖义因为准备不足，想要在陆奥国扩展势力却最终失败了，白白便宜了出羽的清原家，想必他心中是很不甘的吧。不过机会还多得是，到了秋保三年〔1083年〕，其子源义家被任命为陆奥守，再次来到东北地区

此时正逢清原氏同族内乱，清原武则的孙子、一门总领清原真衡为一方，清衡的异母兄弟家衡和异父兄弟清衡为另一方，经常发生武力冲突。源义家趁机介入清原家事，并在清原真衡去世后，主持陆奥六郡的分割，把富饶的南三郡封给清衡，寒冷的北三郡封给家衡，刻意引发两人间的矛盾。

此后的事态完全按照源义家的计划发展，清原清衡和清原家衡刀兵相见，而源义家则站到了清衡一侧。最终他经过艰难苦战，甚至不惜突入出羽国，终于在宽治元年〔1087年〕消灭了清原家衡的势力这就是所谓的“后三年之役”。虽然战后朝廷认为清原氏并无反叛的行为，这是源义家的私战，不肯予以赏赐，不久后更解除其职务，藤原清衡完全占据了陆奥六郡，并且恢复旧氏藤原，此后开创了半独立的奥州藤原家族，然而源义家被迫拿出自己的家财来赏赐有功之臣，却从此更收拢了关东武士之心。

顺便提一下，源义家的弟弟新罗三郎义光本在京城担任左兵卫尉之职，听说哥哥在奥州一度陷入苦战，就抛官弃职前往相助。义光就是此后威名赫赫的甲斐武田氏的始祖。

拉回来再说京城的情况，白河院后来出家念佛，也称为白河法皇，但他一直不肯放下权柄，历经堀河、鸟羽、崇德三朝，院政时间长达四十一年。到了大治四年〔1129年〕，白河院去世，鸟羽上皇立刻也跳出来行使院权。然而院政时代，藤原氏摄政、关白的势力并没有彻底被架空，他们保着天皇，虽然略矮一头，也基本上和院行使着双头政治。这种双头政治导致局势更为混乱。

一方面，无论是院还是摄关家，其腐化奢靡的生活不但丝毫不见收敛，反而日显张狂，归于其名下的庄园也日益增多。畿内百姓遭受沉重的贡赋压迫，请愿无日停息，“盗贼”也因此纷起不休。另方面，为了制衡摄关家的势力，院更为倚靠“北面武士”，最终酿成了1156年的“保元之乱”。