?孝德天皇有两个年号：大化和白雉，其后的齐明和天智两朝天皇都没有改元。671年十月，天智天皇重病卧床，大海人皇子以出家为天皇祈祷为名，避祸南走吉野。十二月，天智天皇病殁，临终前传位于大友皇子，并嘱咐左大臣苏我赤兄、右大臣中臣金，以及御史大夫苏我果安、巨势人和纪大人共同辅佐大友皇子。

当时大海人皇子还在吉野山中流浪，身边只有二十余名舍人、十余名女官，以及妻子菟野皇女和菟野之子草壁、忍壁而已，如果大友皇子及时派兵追杀，甚至只要派出几名刺客，就能取了大海人皇子的项上人头。然而大友皇子慑于叔父的威名，不敢遽发追兵，只是征募兵马，巩固城防，防止大海人皇子回京来夺取天皇之位。

大海人皇子在吉野的群山中逃亡了整整六个月，看到朝廷并无值得担心的举措，这才定下神来，遣人回归自己在美浓的领地召集部属，准备发难。而以高市皇子为首的许多皇族和地方氏族也都纷纷来投，迅速膨胀到数万大军。天智天皇晚年向守旧派低头，使得许多中小氏族大为不满，他们无不寄希望于大海人皇子，希望他掌权以后，可以扫除天智朝的弊端，继续推进改革，清除压在自己头上的传统大氏族势力。

一个社会越有流动性，就越有蓬勃朝气，奴隶制等级太过森严了，同为统治阶级，大族不亡，小族根本没有冒头的日子，封建社会同样等级森严，但统治阶级内部的升降变动却有所松动，这就给了很多冒险家以可趁之机。至于百姓们，也大多希望可以彻底摆脱部民即奴隶的命运，农奴或佃农活的也很惨，然而总有渺茫的机会积聚财富，人身安全也较有保障。两害相权取其轻，百姓们也纷纷倾向于改革派的大海人皇子。

大海人皇子聚拢东方各国军队，进至美浓的重要关口不破关，大友皇子发兵前来迎战。战役首先在关原爆发（请记住这一战略要地，近千年后，又有一场决定全日本命运的战役在此地展开），东军旗开得胜，然后分兵两路，一路直接西进，一路南下伊势、大和后再北征，打算合围位于近江国的京城。大友皇子虽非失道，却极寡助，接战后节节败退。最终双方在京城附近的濑田川展开决战，只见到处都是打着红旗、围着红袖标的大海人侧的军队，鼓声震天，矢下如雨，大友侧军队很快就被击溃了。大友皇子自缢而死，五位顾命重臣自裁其一，旋即被处死一人、流放二人、赦免一人。大海人皇子得意洋洋地进入已经变成一片残垣瓦砾的京城。

大海人皇子下令在大和营建新的都城和宫殿，是为飞鸟净御原宫。次年〔673年〕二月，他正式登基，史称天武天皇，立菟野皇女为皇后。大友皇子因为战败自杀，被废除了天皇名号，直到一千两百余年后的明治时期，才追谥其为弘文天皇。

估计在天武天皇时代，倭国在对外交往的时候，开始正式称自己为“日本”。《旧唐书》中说：“日本国者，倭国之别种也。以其国在日边，故以日本为名。或曰：倭国自恶其名不雅，改为日本。或云：日本旧小国，并倭国之地。其人入朝者，多自矜大，不以实对，故中国疑焉。”《新唐书》将此事记载于“咸亨元年，〔倭国〕遣使贺平高丽”之后，唐高宗咸亨元年是公元679年，也即天智天皇去世的前一年。

天武天皇在位十三年，巩固并推进了大化改新的成果，他首先重新设定中央贵族和地方豪族的氏姓等级，分为八种，即：真人、朝臣、宿祢、忌寸、道师、臣、连和稻置八种，同时下诏，废除天智天皇时代所恢复的氏上私有部民制度，并将赐予诸王、诸臣和寺院的“山泽岛浦、林野池湖”全部收归国有。为了加强天皇集权，天武天皇甚至多年不任命大臣，别说太政大臣了，连左大臣、右大臣和內大臣也全不任命，地方国司等官员也大都委以中下等氏姓。

天武天皇十年〔681年，以天智天皇去世的次年也即天武天皇正式登基的前一年为元年〕二月，开始编纂《飞鸟净御原律令》，这是日本历史上第二部成文法典。同月，立草壁皇子为东宫。

草壁皇子是菟野皇后之子，不仅能力平平，并且体弱多病。其实贵族们所仰望的皇子是大津皇子，其母大田皇女是菟野皇后的姐姐，两人并为天智天皇的同母姐妹，也就是说，是天武天皇的异母姐妹。然而菟野皇后当年带着儿子跟随丈夫在吉野山中流浪，同甘共苦，最为得宠，得以受封皇后，草壁皇子当然也就子以母贵了。

做事果断的天武天皇在继承人问题上却犹豫不决，就在封草壁皇子为东宫的两年后，他又允许大津皇子参与朝政，无疑掀起了新的类似大海人和大友之间的派系斗争。不过好在草壁皇子有个心狠手辣的母亲，朱鸟元年〔686年七月二十日新设年号〕九月，天武天皇驾崩，尸骨未寒，菟野皇后就临朝称制，然后诬陷大津皇子谋反，将其及其同党30余人悉数逮捕。十月，大津皇子被迫自杀，写下辞世诗一首：“金鸟临西舍，鼓声催短命，泉路无宾主，此夕离家行。”