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1279年二月，元朝灭亡了南宋，完全统一中国，势力更为强盛。到了1281年，忽必烈再次下诏东征，派出两路大军：一路由忻都、洪荼丘率领四万作战部队，战船九百艘，从朝鲜出发；一路由范文虎率领携带农具、稻种的十万江南屯田部队，战船三千五百艘，从扬子江口出发。两军约定于六月中旬在壹岐汇合，作战部队主管作战，屯田部队在被占领区屯田，以为长久之计。

六月初，负责作战的元东路军进展神速，不待江南军到来，先绕过了对马和壹岐，直接南下侵入博多湾，攻克了志贺岛。然而因为日本幕府方面预先做好了比较充分的准备，在博多附近建起了牢固的石堤，使得元军的战舰在到达日本近海时，竟找不到一处可以登陆的地点，只好停泊在海面上等待时机。

在停泊于海上的一个月里，元军进行的几次强行登陆作战都宣告失败，并且一直遭到河野通有、草野四郎等人所组成的海上敢死队的袭扰。这般的船上作战，全靠个人水性和武力的拼斗，元军的步兵集群战术根本无从发挥，因此双方互有损伤，谁都无法真正改变战局。元军被迫退到肥前的鹰岛，等待江南军赶来会合。

六月底，元江南军的先遣部队攻入壹岐，七月初，南北两军终于完成汇合。然而就在即将发起总攻的七月三十日，元军再次遭到台风的猛烈袭击，兵船大部分沉没，生还者还不到十分之一这次对日本的失败远征，史称“弘安之役”。

元军两次来侵，都因为台风骤起而遭到惨败，这只能说明忽必烈敌情搜集和出征的准备不充分，以及指挥官不知天时风候，颟顸无能。然而在日本方面看来，两次骤起的台风如有神助，因此尊称为“神风”，认定日本岛国有天神庇佑，永远不会沦亡就是这种愚蠢而骄傲的心理，六百多年后让他们欲哭无泪。

拉回来说欢庆胜利的幕府吧，战争虽然打赢了，敌人虽然退去了，但幕府却从此背上了沉重的负担。元朝是如此庞大，随便发动一两次远征，扔个数万人，对国民生计不会造成太大影响，而面对这样的敌人，数年来积极备战的镰仓幕府，却已经库房空虚，财政紧张了。

更要命的是，战斗既然打赢了，总该奖赏有功之将吧。按照幕府的传统，御家人应当一心“奉公”，而幕府要公平“恩赏”，恩赏的内容则不外乎土地和庄园。比如“承久之乱”的时候，北条泰时就流放了大批公卿，没收其庄园和土地以赏赐有功的御家人。然而这次打的是防御战，根本没能获得新的土地，又拿什么来赏赐那些奋战在第一线的九州武士呢？

幕府无力行赏，御家人们或许可以暂时咽下这一口气，然而这些御家人自己也有一族郎党，有家来，有临时拉出来的领地上的农民，不可能要求这些人也都秉持着对幕府或主家的忠心不要赏赐。于是御家人只好大量侵占公地来达成奖赏臣下的目的，这些新被侵占的土地和庄园，并非幕府恩赏，也不可能得到幕府的承认，是独立于幕府经济体系之外的。就这样，幕府对御家人和对全国大小庄园的控制力开始减弱。

饶是如此，仍有大批武士破产，而相对的，“百姓名主”中倒有相当数量因为发战争财而上升为武士阶层。这些新武士和旧的御家人不同，和镰仓幕府并无严格意义上的主从关系，他们为了保护自己的土地以及土地上的产品，经常阻碍幕府对年贡的征收，甚至武装袭击和夺取运送年贡的车队。当时称这些新武士集团为“恶党”，恶党首先出现在近畿地区，逐渐蔓延到日本各地，甚至很多不满幕府统治的地头和守护也逐渐与恶党们暗中勾结起来后来声威赫赫的楠木正成，其实就本是河内的恶党头子。

以上所述，都是“文永?弘安，蒙古来侵”给日本社会造成的不安定因素，这些不安定因素旧已有之，因为战争的刺激开始泛滥并且日益严重。此外，日本家族制度的变更，也给幕府统治带来了相当大的影响。

日本古代家族，表面上看是属于家名继承制，实际上则属于诸子析产制，也就是说，一门总领世代相传给嫡子〔没有嫡子的情况则另论〕，并且只传一人，然而老子隐居或去世，名下财产却是平均分配给各个儿子的。本家的一门总领挂个家督的空名头，他的实力未必比得上那些分家，分家只是在家族完整的前提下听命于总领而已。

因为这样，所以御家人的领地经过很多代以后越分越细，就算分家没有离心倾向〔打败元军以后，基于财政上的考虑，这种离心倾向其实是越来越严重〕，一百头羊集合在一起，也比不上过去的一头狮子。于是很多家族就逐渐从诸子析产制向总领继承制方向转化，也即老爹隐居或死后并不分家，财产都是一门总领继承人的，别的儿子都得靠这个新总领来养活。

为了保持御家人的活力，镰仓幕府鼓励这种新的转变，而在执权北条氏内部也加强得宗专制，事实上，从北条时赖直到镰仓幕府灭亡，一共有十二名执权粉墨登场，但是握有实权的却只有出身得宗的时赖、时宗、贞时与高时四人而已。

然而北条氏可以这样搞，别的家族若也这样搞，势力就会越滚越大，甚至逐渐强大到足以和北条氏相抗衡。这种继承制从诸子析产向总领继承方向的转化，事实上经过了漫长的近三百年才得以彻底完成，新旧轮替所产生的动乱先后搞垮掉两个幕府第一个，就是镰仓幕府。