在坂本龙马和中冈慎太郎的反复奔走游说下，庆应二年（1866年）正月，长州重臣桂小五郎再次秘密潜入京都，在萨摩藩邸和西乡隆盛会面，签署了共同进退的同盟协议。幕府对此秘密同盟懵然无知，他们只看到了高杉晋作的“功山寺起义”，看到长州藩的割据倾向，于是决定发动第二次“征长战争”。

幕府首先向长州藩发去了诘问书，要求藩主毛利敬亲、定广父子退隐，并且将领地削减为十万石，移往他处，如此则可保证毛利氏的家名不被灭亡。如此苛刻的条件，就算掌握藩政的依然是俗论派，也是很难答应的。幕府正要他们不答应，这样就可以名正言顺地号召诸藩联兵讨伐，从而一举灭亡毛利氏，解决长州问题。

萨摩藩的西乡隆盛、大久保利通等人竭力阻挠幕府征伐长州，前者甚至亲自领兵进入京都，号召召集有力藩主开会，共商长州问题。然而江户幕府终究“瘦死的骆驼比马大”，家茂将军还是拼凑起了各藩联军十五万之众，分从山阴、山阳、濑户内海和北九州四个方向合围长藩。幕府先锋总大将是德川茂承，家茂将军还亲自离开江户，坐镇大坂城指挥战斗。

消息传来，长州藩内大为震动，桂小五郎、高杉晋作急忙召集群臣商议。根据所得到的情报，幕府方三万陆军从山阴方向走石州口，五万陆军从山阳方向走艺州口，两万水陆联军从长门南方登陆走大岛口，另外主力五万以北九州的小仓城为基地走九州口，目标直指长州重镇下关和主城萩城。对比幕府的十五万大军，长州可战之兵不过区区四千人而已。

四千对十五万，这场仗真的很难打，然而军师大村益次郎却胸有成竹，辅助高杉晋作拿出了超级狂妄的分兵四战的策略，也就是把四千人分为四队，各堵一路幕府军，面对数十倍于己的敌人，希望能够在短期内就战而胜之。

这位大村益次郎本名村田藏六，是长藩周防国吉敷郡铸钱司村一个名叫村田孝益的汉方医（中医）的长男。十九岁的时候，藏六拜藩内著名兰方医（西医）梅田幽斋为师，后来又进入大坂绪方洪庵的适塾深造。

绪方洪庵可称是当时日本第一流的兰学家和兰方医，而身兼东西方医学之长的村田藏六因为学习成绩优异，也很快就成为了适塾的“塾头”（班长）。嘉永六年（1853年），三十岁的藏六受老师绪方洪庵的推荐，出仕宇和岛藩藩主伊达宗城，帮忙在宇和岛藩内讲解兰学，并翻译西方军事书籍。

治病的医生第一次接触到杀人的学问，却出乎所有人意料之外的进步神速。很快，幕府开设了蕃书调所和讲武所，特意聘请村田藏六前往担任教授。等到了万延元年（1860年），桂小五郎因事前往江户，亲眼观看了村田藏六执刀进行人体解剖，心想如此人才，怎么竟然流落外藩呢？于是经小五郎反复劝说，藏六答应辞去宇和岛和幕府的优厚待遇，回归长州藩，担任“博习堂”的兰学教授。长州藩主毛利敬亲颇为器重他，让他继承了名门大村氏的苗字，改名为大村益次郎。

一直到这个时候，这位大村益次郎就表面上看来还不过一个翩翩文士而已，虽然对于东西方的各门学问都很精通，但从未领兵打过仗，说不上有经天纬地之才。只有桂小五郎认为益次郎才堪大用，等到正义派夺回藩政以后，他就委派大村益次郎进行藩内的军事改革。

大村益次郎的所作所为，着实让所有人全都大吃一惊。首先，他彻底抛弃了刀枪弓箭，拿出藩库中的多年积蓄购买了很多最新式的西洋枪炮，然后竟连士兵的服装也全都改了，废弃传统盔甲，一律改成黑色的便于活动的西洋式军服。上述两条还只是表面上的变革，在更深的层次上，益次郎废除了长州藩八家重臣世袭藩主马廻众的制度，打破传统的将、兵界限，全面引进西洋军制。

可以说，高杉晋作创建“奇兵队”，首次打破旧有的“士农工商”的等级制度，而大村益次郎的军事改革则使中下层民众得以成为将领，一扫长州藩内的封建势力，由此而产生的社会影响是非常巨大的。

正因如此，当幕府十五万大军汹涌攻来的时候，大村益次郎临危不乱，分析说：“各藩联军配合度差，士气低落，将领们多怀攘夷之心，不愿攻打长州，而士兵们人人思家，不肯长年在外作战。我以整编过的新式军队相迎，可以轻松取得胜利。敌人虽多，却不足惧！”

长州重臣会议决定，以高杉晋作担任海军总督兼九州口参谋，前往迎战坐镇九州小仓城的幕府军大将小笠原长行，大村益次郎则担任石州口参谋，迎战石见国津和野方向的敌人，其余两路也各遣将相迎。

就这样，第二次“征长战争”，也称“四境战争”正式爆发了。