旧日本的统治者是德川幕府，其统治中心在江户城，“王政复古”以后，仍以天皇为名义上的领袖，而以萨、长、土、肥等西南藩阀为核心的新政府在京都成立，随即新政府挥师东征，庆应四年（1868年）三月进入江户，可以说新旧两大势力的斗争至此已经大局底定，战争应该可以结束了。

然而日本东部的诸侯们可以容忍新政府的产生，却不能容忍新政府大权都掌握在西南藩阀手中，他们要求有自己的一席之地。如果那些倒幕派志士真的为国为民，毫无私心的话，这一问题本是很好解决的，当然，站在当时人的立场上来考虑问题，那却是完全不可能的事情。萨、长之间矛盾重重，大久保利通、西乡隆盛一直想要把实权都抓在萨藩志士手中，着力排挤和打压长藩志士，而长藩的大村益次郎数次指挥战斗，都以萨摩兵为先导，表面上是“好钢要用在刀刃上”，实际却是想用萨摩人的性命为长州执政铺平道路。新政府一成立，自己人就开始争权夺利了，怎么还可能容许外人来分一杯羹呢？

我们忠诚尊王，不惜抛头洒血，你们东国各藩一直当幕府的走狗，现在却想摇身一变成为新政府的一员，世上哪有这种惠而不费的美事？西南藩阀们一定都是这样想的吧。

且说庆应四年（1868年）五月，仙台藩主伊达庆邦、米泽藩主上杉齐宪向新政府奥羽镇抚总督九条道孝提出，希望宽大处理会津藩。会津乃是幕府的亲藩，藩祖保科正之本是德川秀忠的第四个儿子，过继给谱代保科正光，继承保科的苗字，保科氏先被封在信浓高远，继而移封出羽山形，最后换到富庶的陆奥会津，并且恢复了本家松平的苗字。当时的会津藩主是松平容保，他是佐幕的急先锋，尊攘志士无不对其恨之切齿，非要除之而后快。

其实仙台、米泽这些外样又何有爱于会津松平？他们不过是藉此来观察新政府的态度，看看新政府将会怎样处理东北各藩而已。结果九条道孝悍然拒绝了两家的请求，于是以会津松平氏、出羽庄内酒井氏两藩为首，于六月二十二日成立了“奥羽同盟”，共同抗拒新政府军的北上。其后北越后长冈、新发田等藩也陆续加入，是为“奥羽越列藩同盟”，总共大小三十一家诸侯。

新政府方面，自大村益次郎结束上野战争以后，东山道和东海道两军就陆续北上进攻东北地区，五月夺取了南陆奥的重镇白河城，七月攻占二本松城，直薄会津藩领，希望能够在年内结束这场战争。

同时在北陆战区，五月十九日，山县狂介奇袭并且占领了长冈城，同盟军总大将河井继之助向新发田等藩求救，然而新发田藩主沟口直正在出阵当日却遭到领内数百农民的阻拦。这些农民以大庄屋（地主）小川五兵卫为首，手持木棒和竹枪，拦在城门前高呼道：“不能和官军为敌，否则定将灭亡！”沟口直正无奈，只得退入城中，随即就与山县狂介暗通款曲，投降了新政府军。

如上节所述，新发田藩的投降产生了连锁效应，北陆形势急转直下。七月中旬，河井继之助负伤逃遁，新政府军第二次攻占长冈城，宣布了北越战争的终结。山县狂介随即挥兵东北地区，想要翻越高山进入出羽国。消息传来，大村益次郎传令各部暂停进攻，因为他预计等北陆援军赶到时已是冬季，东北地区寒冷的气候将使来自西南地区的萨、长等军寸步难行。既然如此，不如等到明年开春再进攻会津若松城。

土佐的坂垣退助和萨摩的伊地治正知反对大村益次郎的决定，一方面，他们想尽快结束战争，另方面，也希望能够为本藩抢得首功，于是建议不等北陆方面军前来会合，而由东山道方面军单独进攻会津领。大村益次郎虽然认为此着过于凶险，但在萨、土两藩的压力下，还是被迫同意了他们的建议。

八月二十日，新政府军三千人从二本松城出发，直扑地势险要的母成峠。当时守备母成峠的乃是大鸟圭介的传习步兵队，以及会津、仙台等藩兵，新选组和二本松藩的残兵，总共八百人左右。

这位大鸟圭介本是德川幕府的步兵奉行，江户无血开城后，他率领以江户町平民组成的传习步兵队北上依附会津藩。此时奥、羽同盟诸侯的目光都盯在西面，集合重兵防备山县狂介进入出羽，而对南线的母成峠则不够重视，派了些散兵游勇配合传习步兵队前去守备。

前此幕府在法国人的支持下购进了大量新式武器，这些武器大多握在大鸟圭介和传习步兵队的手中，所以两军一交上火，新政府军吃了很大的亏。不过会津、二本松等兵马却毫无战意，一遇敌军就仓惶撤退，使得大鸟圭介也只得在激战后放弃了母成峠。随即新政府军又攻占了十六桥，控制交通要道，直指会津藩城若松。

为了抵抗新政府军的进攻，松平容保把老弱妇孺全都赶上了战场。且说会津藩前此进行军制改革，设立了青龙、玄武、朱雀、白虎四支军队，其中白虎队相当于少年预备队，都由十五到十七岁的少年藩士组成，总共三百人。到了这个节骨眼上，这些少年也全都被拉上了战场，他们头缠白带子，奋勇为藩主而战，最终大多战死或切腹，成为封建愚忠的牺牲品。

九月八日，天皇下诏改元为明治，是为明治元年（1868年）。二十二日，会津藩终于被迫投降，“奥羽越列藩同盟”就此瓦解，奥羽地区的战争结束了。然而，大鸟圭介、榎本武扬等旧幕臣却并不甘心失败，他们撤退到虾夷地也即北海道地区继续顽抗，并且还建立了一个奇怪的“虾夷共和国”箱馆战争就此发端。