天武天皇的灵柩一直停了两年零三个月，直到菟野皇后利用种种手段把朝臣都掌控到自己手里了，才于688年十一月正式安葬其夫。皇后费尽心机，清除了草壁皇子登基的种种障碍，才刚松了一口气，可惜草壁皇子身体太差，还没来得及戴上至尊之冠，就在次年四月呜呼哀哉了。草壁皇子的儿子轻皇子时年七岁，不堪继承大统，菟野皇后没有办法，只好于690年四月自己坐上了天皇宝座为她的亲孙子先占着地方。

菟野皇后就是持统女帝，她在位期间，重用高市皇子和丹比真人岛，继续丈夫未竟的改革事业，689年颁布了22卷的《飞鸟净御原令》。她还颇有文化，善吟汉诗，京都附近因此产生了模仿唐风、以佛教为主要内容的“白凤文化”。

697年二月，立十五岁的轻皇子为东宫，当年八月，持统女帝让位给轻皇子，就是文武天皇。文武天皇五年〔701年〕三月，定年号为“大宝”，年号制度从此确定下来。当年就是大宝元年[奇书网]，八月份完成了《大宝律令》的编纂，次年十月分发诸国，全面实施。

《大宝律令》是日本律令制法典的重要代表之一，它分为律6卷和令11卷，律大致相当于刑法，令则是民、诉讼、行政诸法的统合，其基础为唐律，结合日本实际情况作了修订和增补。这份律令的领导编纂者是刑部亲王，但主要动手的则是藤原不比等、粟田真人、下毛野古麻吕等十八人，大多是遣唐使或大陆移民的后裔。

藤原不比等是中臣镰足之子，可以说是庞大的藤原家族的开山始祖。不比等年仅十岁，老爹镰足就去世了，可以说少年失怙，藤原家族交到他手上的时候，不过只有煊赫的名声而已。但他自小勤奋好学，加上天武、持统二帝感念中臣镰足之功，对其关怀有加，689年，任其为判事职，使其正式开始了辉煌的政治生涯。

草壁皇子也和藤原不比等交好，临终前授以佩刀，要他竭诚辅佐自己的儿子轻皇子，也就是后来的文武天皇。在文武朝，不比等升任正三位大纳言，其后又升任第二位右大臣，接近了人臣的顶峰。

日本中世官制在《大宝律令》中成型，中央官模仿唐朝的三省六部制，设置二官八省一台和五卫府。二官为主管祭祀的神祗官及最高行政机关太政官，太政主官为太政大臣，辅官为左、右和内大臣，其下还有大、中、少三级纳言等官，统辖中务、式部、治部、民部、刑部、大藏、宫内八省；一台为司监察的弹正台；五卫府指警卫宫廷的卫门府、左右卫士府和左右兵卫府。最初正一位太政大臣仅授予皇族，并且经常由东宫兼任，总摄朝政，作为人臣，最高是左大臣，其次为右大臣，都为正二位相当于我国的正二品官衔。

因为日本的官员品级也模仿中国，设一到九位，每位分正、从两级（九位则分大初位和小初位），三位以下各级还分上、下（中国的九品制，是五品以下分上、下）。四位以上（含）官员可以参加朝议，称殿上人，四位以下则称殿下人。

《大宝律令》再度确定班田制，为了便于实施，也模仿唐朝建立户籍制度。不过唐朝一户平均为四到五人，是真正意义上的家庭，而日本的户也称为“乡户”，平均在二十人上下，不仅数辈同居，甚至引入相当多不具有血缘关系的成员，好象一个个小的“氏”或者“部”，这也是奴隶制残余仍广泛存在的重要证据。

《大宝律令》还规定了全国的军事机构，中央设五卫府，地方上由各国国司掌控数个军团，此外在九州设太宰府管辖下的防人司，以防外国入侵，陆奥设镇守府，防备虾夷所谓虾夷，一说即指阿伊努人，是东北部地区的土著居民，另说是开化较晚的大和族的一个分支。

《大宝律令》规定了新的身份制度，全部日本人都被划分为良民和贱民两个等级。所谓良民，也称公民，包括皇族、贵族和广大自由平民，也包括半自由的农奴；而贱民则指改新以后仍未被解放的奴隶，包括世代守卫皇陵者，以及公私奴婢，等等。法律不允许良民和贱民通婚，一旦通婚生下子女，也都归为贱民一列。

文武天皇以《大宝律令》而著名，但他的统治时期却并不长，大宝二年〔702年〕，上皇〔指退位的天皇〕持统女帝去世，5年后文武天皇也咽了气。文武天皇的儿子首皇子年仅七岁和他老爹丧父时候一般大于是天皇的母亲，也就是草壁皇子的皇妃阿闭〔原字为门中一个下字〕皇女登基，改元和铜，是为元明女帝。有了持统女帝的先例，皇子年幼，由其母或祖母暂代为天皇，似乎已是顺理成章之事。

元明女帝继位后即下诏营建新的都城，地址选在大和北部的奈良地区，建设式样完全模仿唐都长安。和铜三年〔710年〕正式迁都，名平城京，号称“小长安”。这座都城东西约42公里，南北约48公里，居中铺设了南北向的宽阔的朱雀大街，将城市分为左京和右京两部分，每部分东西分为四块，每块又由九条大路隔开，形成数十个“坊”，布局相当规整。都城北部正中设有所谓“内里”，也即是皇宫。

迁都平城京以后，日本就此迈入了“奈良时代”，这是一个彻底崇尚唐风，无时无处不模仿和学习大陆文化的时代。