足利直义重整旗鼓后，于正平六年〔1351年〕十一月杀回关东老家，夺取了镰仓。足利尊氏与其子义诠匆忙调集大军征讨，于足柄山击破直义军，次年〔1352年〕元月收复了镰仓，直义被擒。关于足利直义的下场，有两种说法，一说是于本年二月被足利尊氏毒死，一说是次年〔1353年〕得急病而死。

足利尊氏一看干掉了兄弟直义，再度翻脸不买南朝的帐。南朝以宗良亲王为征夷大将军，率领新田义宗、新田义兴、胁屋义治等将东下，和尊氏反复争夺镰仓，鏖战不休。当年八月，弥仁王继立为北朝天皇，称后光严天皇，一天两帝局面重现。

足利幕府经过观应之乱后实力大损，相对的，南朝一度恢复统一号令，又得到足利直冬等直义残党的支持，开始逐渐占据上风，在山名时氏、楠木正仪、足利直冬、桃井直常等将统率下，南朝军队曾经先后两次攻入京都。

正平七年〔北朝文和四年，1355年〕三月，足利尊氏、义诠父子击败南朝军队，收复京都。从这一年开始，南朝军队节节败退，京方重新占据了优势地位。三年后〔1358年〕四月，足利尊氏死于京都二条的万里小路邸，享年五十四岁，结束了他播乱的生涯。

足利尊氏子义诠接任征夷大将军，继续展开对南朝的进攻。此后的战争，混乱得几乎无法理清脉络，更无法用语言来形容，反正南北双方都是外战和内乱不断既然连幕府将军都一会北朝一会南朝，那么地方武士朝秦暮楚、朝降暮叛，也都可以理解了。计南朝方先后叛变的主要将领有大内弘世、楠木正仪等等，幕府方先后叛变的主要将领有仁木义长、细川清氏等等。

战乱产生了大量失去土地和主家的武士，他们在日本再无立锥之地，遂沦为盗贼，甚至渡过苍茫大海，前往朝鲜半岛和中国大陆烧杀抢掠这就是所谓“倭寇”的开端。正平二十二年〔南朝贞治六年，1367年〕，高丽国王派遣使者来到京都，要求北朝和幕府恢复秩序，严禁倭寇。正平二十四年〔南朝应安二年，1369年〕，刚刚建国的明太祖朱元璋派遣使臣七人来到九州，向南朝的征西将军怀良亲王递上国书，国书内容主要是谴责倭寇，并希望通商友好。怀良亲王杀死了使臣中的五人，扣留杨载、吴文华三个月后，才写下一封言辞桀骜不训的回书，交予两人带回。

这大概是受了文永、弘安之役元军来袭的影响，一方面怀良亲王并不了解大陆局势，不知道这个明朝和以前蒙古人所建的元朝有什么关系，另方面也基于前车之鉴，坚决不能向外来“侵略者”低头服软。朱元璋看了那封回书，大概会哭笑不得吧，于是他于次年〔1370年〕再派赵轶出使日本，说明自己所代表的并非蒙古人而是汉人，怀良亲王这才恍然大悟，立刻好礼款待，并且上表称臣。

不过关于倭寇问题，日本内部还在打个不休，哪有闲功夫去处理？况且，倭寇的起因正是因为战乱，战乱不止，就算严剿倭寇，严禁船只下海，也是无法彻底解决这一问题的。倭寇对高丽和明朝的沿海骚扰日益严重，朱元璋大怒，遂于明洪武十六年〔1383年〕断绝了和日本的贸易关系。

南北朝谁都吃不了谁，第二代幕府将军足利义诠遂尝试用和平方式完成统一，派人多次赴南朝谈判。然而两朝要并合为一，存在着一个极大的前提，那就是只能剩下一位天皇，义诠当然支持北朝，而南朝的历代天皇也都不愿意让出宝座，因此谈判最终还是以破裂收场。

到了正平二十二年〔北朝贞治六年，1367年〕年底，足利义诠去世了，传位给其子义满，次年〔1368年〕十二月，足利义满正式补任征夷大将军。足利义满时代，京方在军事上又有了长足的进步，一度攻陷南朝的天野行宫，而南朝名将如宗良亲王、北畠显信等先后去世，楠木正仪降伏，已经日薄西山，再难复振了。

就在这种背景下，双方的谈判终于获得成功，元中九年〔北朝明德三年，1392年〕闰十月，南朝后龟山天皇离开吉野，在将神器交付给北朝的后小松天皇后，体面地迁往嵯峨大觉寺隐居南北朝时代就此终结。