社会改革的首要表象是宗教改革。苏我氏希望利用从大陆和朝鲜半岛传入的佛教思想，构建新的宗教体系，以压制地方贵族势力，完成因应社会需要的中央集权。苏我氏本是葛城氏的分支，其先祖苏我满智宿弥据说曾统辖过东汉、西文、秦等氏族从这些氏族名称便可得知，他们大多源自于大陆移民。

与苏我氏相敌对，物部氏坚持倭国原有的纷繁复杂的氏神信仰，反对崇尚佛教。552年〔一说538年〕十月，百济的圣明王向大和国赠送了一尊释迦牟尼的鎏金佛像和若干经卷，在此佛像是否应由大和国王供奉的问题上，苏我、物部两氏展开了激烈的争论。当时的大和国王为钦明大王，苏我氏的首脑为大臣苏我稻目，而物部氏的首脑则是大连物部尾舆。

苏我稻目认为：“西方各国大都信奉佛教，我国怎能固步自封，拒不接受呢？”而物部尾與反驳说：“我国从来祭拜国神〔指各种本土氏神〕，如果改信外国神，恐怕会招致国神的愤怒。”钦明大王无从抉择，于是下令让苏我氏先尝试单独供奉佛像，看看效果如何，是最终外国神压倒国神，保佑苏我氏繁荣昌盛呢，还是国神压倒外国神，会使苏我氏遭逢灾祸呢？

崇佛和排佛的第一阶段斗争，以物部氏大获全胜而告终。就在苏我氏全族改变信仰后不久，大和国内突发瘟疫，死者无数，物部尾舆趁机跳出来煽动贵族们，说这都是因为佛教传入而招致国神的不满，降下疾病来警惕世人。因为苏我稻目曾将两个女儿都嫁给钦明大王，生下多位王子、王女，权势颇大，物部氏无法将其一朝扳倒，所以只能奉旨出兵，查封佛寺，烧毁佛像从此两族仇深似海。

571年，钦明大王去世，传位于敏达大王。577年十一月，百济再次来凑热闹，献上经论及造佛像和建寺的技术工人，佛教再度流行开来。苏我稻目之子苏我马子趁机重新掀起崇佛的舆论，在自己石川的宅邸内建造佛殿，却也再度遭到物部氏的破坏。流行病也赶巧，又一次发挥作用，不过这次不是在毁佛之前，而发生在毁佛以后，大和国内流行疮疥，连敏达大王也被感染到了，全身长满了癞疮。苏我马子于是进言，说这就是不尊佛教的结果，佛陀将召国王前往西方极乐世界去也。敏达大王害怕了，只好同意苏我一族继续供佛。

585年，敏达大王病逝，用明大王即位，崇敬佛法。用明大王在位仅两年就死了，苏我、物部两族围绕着王位继承人问题，重新又展开激烈的冲突，甚至发展到你死我活的地步。苏我马子原意立敏达大王的王后、自己的外甥女炊屋姬为女王，而物部尾舆之子物部守屋则打算拥立用明大王的异母弟穴穗部。587年七月，苏我马子奉炊屋姬之命处死穴穗部，随即发兵包围了物部守屋的住宅。经过顽强的抵抗，物部守屋众寡不敌，终于被杀，从此大和朝廷呈现出苏我氏一族独大的局面苏我马子可以说是日本史上的第一位权臣。

苏我马子最终拥戴用明大王的另一个弟弟泊濑部为王，即崇峻大王，他自己则飞扬跋扈，独霸朝纲。然而崇峻大王并非甘当傀儡的傻小子，他对苏我马子的专断十分反感，某次藉着有人进献野猪的机会感叹说：“何时能断朕所嫌恶之人，如同斩断此畜牲的脖子！”一语招祸，苏我马子听闻此事，就派亲信东汉直驹刺杀了崇峻大王，然后他又把东汉直驹杀了灭口。

大概苏我马子认为还是女人比较好控制一点，于是重提前议，擅自拥立炊屋姬为女王，即日本历史上鼎鼎大名的推古女王。