原来浅井长政为了对抗六角氏，曾与朝仓义景结有盟约，两家的联系非常紧密。正因如此，织田信长本次越前讨伐战并没有强要长政出兵相助。在他想来，自己此次发兵，是打着幕府将军足利义昭的旗号，以责问朝仓义景为何不肯上京谒见为名，曾与自己并辔入京的长政即便不愿相助，也应该不会横加阻挠。

然而浅井长政此时却已可悲地无法控制家中舆论，被迫要背弃盟约，向信长挥舞刀剑了。浅井家本采取“重臣合议制”，家主不过合议的主席而已，并没有足够强大的独裁力量，家中重臣和麾下豪族多年来与朝仓氏并肩作战，早就培养起了牢不可破的感情，况且他们认为织田信长狼子野心，毫不可信，如果顺利灭亡朝仓氏，很可能掉过头来攻打浅井家。重臣们纷纷以“唇亡齿寒”之意游说长政，见长政不予采纳，干脆又把隐居的老头子浅井久政扛了出来。

不忍拂逆父亲之意，无力抗拒臣下要求，同时又怕失去家主宝座的浅井长政终于下定了决心，秘密发兵，准备与朝仓氏南北夹击织田信长的军队。织田信长得报，匆忙转身后撤，并派羽柴秀吉、蜂须贺正胜和德川家康为殿后，阻挡正从一乘谷汹涌杀来的朝仓援军。在西近江豪族朽木信浓守元纲的协助下，织田大军沿琵琶湖西岸，经朽木谷城折往西南，终于在三十日顺利回归京都这就是历史上著名的“金崎退兵”。

五月十九日，织田信长仅率从者十人离开京都，翻山越岭回归本城岐阜，途中遭遇刺客，几乎丧命。此时近江的局势一片混乱，朝仓、浅井联军分道南下，流亡伊贺的六角义贤、义治父子也煽动江南诸郡爆发国人一揆。京都东面急报频传，而西面的三好氏也大有混水摸鱼，卷土重来之势。

当年六月，织田信长整备浓尾势三国大军，动员了一万五千人马，并要求德川家康亲统五千三河兵赶来会合，浩浩荡荡重新杀入南部近江，以救援本方困守的几座孤城。叛乱陆续被平定，六月二十一日，信长到达浅井氏本城小谷南方

不远的虎御前山，他命令士兵放火焚烧附近村庄田地，意图诱出浅井军主力与自己决战。浅井长政固守不出，同时派快马前往一乘谷，要求朝仓氏出兵增援。

织田信长不敢遽攻坚城小谷，于是转道南下，攻击要隘横山城。横山位于小谷与浅井氏重镇佐和山城之间，只要攻克横山，就如同往敌人的心脏部位***一柄尖刀，浅井势即便不因此元气大伤，也无法再轻易南下骚扰京都附近地区了。六月二十三日，织田军团团包围了横山城，次日，越前八千援军终于赶到了小谷城北方，著名的姊川合战就此拉开序幕。

秭川发源于伊吹山地，迤逦向西，流过横山城的北面，最后注入琵琶湖。六月二十七日晨，浅井、朝仓联军伪作撤退之势，随即半途杀回，于次日凌晨突然向驻扎在龙之鼻地方的织田本阵展开猛烈进攻。织田、德川对浅井、朝仓，双方在秭川岸边爆发激战。织、德联军一开始处于劣势，但织田信长陆续将包围横山城的部队拉到前线，投入战斗，终于扭转了战局。

当时朝仓八千大军所面对的德川势，投入战斗的仅有三千人而已，但三河兵素以能耐苦战闻名，在大将酒井忠次的指挥下，连续数个小时阻遏敌军，使其不能前进。上午十时以后，浅井、织田两军也开始正面交锋，浅井方大将远藤直经一马当先，率八百骑直插信长本阵，猛将、佐和山城主矶野丹后守员昌随即跟进，织田军几乎濒临崩溃的边缘。

然而织田信长在危急关头保持着清醒的头脑，他让刚刚赶到战场的丹羽长秀等部不必前来加固本阵的防守，反而转向阵列最西面，攻击朝仓军侧翼，援护德川家康。于是得到生力增援的德川军开始反击，大将榊原康政突破朝仓军侧翼，杀死朝仓氏猛将真柄直隆父子，终于将敌军赶回姊川北岸。

朝仓军溃败后，浅井方不敢再孤军深入，也被迫缓缓后撤，在浅井长政几近完美的指挥下，很快就摆脱了追兵，安全撤到秭川以北。此战双方损失，一说浅井、朝仓方为五千人，织田、德川方为三千人，一说比例类似，但总数不超过三千。

虽然浅井、朝仓联军首先败退，但织田、德川联军也无隙可乘，无法追击以扩大战果，因此从战役层面来说，姊川合战可谓胜负难决。但从战略角度来考虑，朝仓、浅井联军主力战后向北退去，暂时不敢再来，织田信长遂得以调动全部兵力攻打横山城，并最终迫使其开城投降。

织田信长派羽柴秀吉守备横山城，然后南下攻击琵琶湖东岸的坚固要塞佐和山城，守备此城的，正是在姊川合战中曾给织田军以沉重打击的猛将矶野员昌。信长知道要攻克此城，绝非一朝一夕之功，于是命丹羽长秀在城东、市桥长利在城北、水野信元在城南、河尻秀隆在城西，构筑鹿砦，重重包围，做好长期战斗的准备，他自己则于七月四日进入京都，并于四日后离京回归岐阜城。