平壤一役，明军以强攻弱，获得了辉煌的胜利，但从此李如松就滋长了骄傲情绪，认为日军不过如此而已，我天兵所到之处，他们全都会望风而逃，不堪一战。而日本方面因为损失惨重（据说小西行长所部减员接近七成），各路兵马遂都后退，齐会京城，无形中分散的主力凝聚起来，准备再打一次大规模会战。就当时在朝鲜的双方兵数来看，明军四万余，日军经过将近一年的战斗，还剩十余万，几乎是明军的三倍。

李如松对于日军的兵力聚合似乎毫无警觉，虽然经过激烈的攻城战，明军损失很大，但他在平壤才休整了十天就匆匆南进，朝鲜官兵和各路义军与明军配合，很快就收复了开城及其以北被侵占的领土。元月二十四日，明军先锋查大受所部三千精骑南下京城，在京城西北方突然遭遇日军，展开激战。

当时日军在京城聚集了五万余人，随即以宇喜多秀家为总大将，统率四万三千兵马北上，准备复夺开城。查大受所碰到的，乃是加藤光泰所率领的日军前锋，很快就被明军击败了。小早川隆景部两万余人闻讯而来，查大受撤退不及，被日军团团包围在一处名叫碧蹄馆的地方。

据说当时李如松正在勘查前往京城的道路，身边兵马本就不多，闻听查大受被围，竟然仅带着一千亲卫赶来救援真是一员悍将，他应该当先锋，不该当主帅。结果李如松所部也陷入了碧蹄馆之围，日军看到他的旗号，纷纷绕开查大受所部，直奔李如松而来。明军奋勇抵抗，但骑兵射出的火箭因为下雨的关系威力减小，相反日军的铁砲因为防雨装备而仍能反复鸣响。李如松且战且走，数度被日军冲到马前，禆将李有升为了保护他而英勇战死。

激战至夜，中军官杨元率一千步兵赶来增援。日军不知虚实，因为害怕明军主力将要陆续开到，所以停止追击，朝京城方向退却。从这场四千对两万还打了一整天的恶仗来看，明军的战斗力实在顽强，然而以少击多终究不是兵法的正道，将帅无能，轻敌冒进，这才导致援朝抗日战争旷日持久，竟然前后打了整整六年。

碧蹄馆之战双方的伤亡比率众说纷纭，但肯定明朝的精锐骑兵受到重挫，李如松被迫暂时放弃南进的打算，退到开城休整。不久后，他听说日军有绕路袭击平壤，切断明军后路的打算，就又匆匆退往平壤。正在各处收复失地的朝鲜官军闻听此讯，吓得也都驳马北逃，很多眼看即将收复的城池全部都被放弃了。

丰臣秀吉就曾经说过，朝鲜最麻烦的不是“大明奴们（指朝鲜官军）”而是一揆（指朝鲜义军）。然而不管是“一揆”还是明军，都没能彻底打垮日军，打垮日军的是粮草不继。本来因为李舜臣率领朝鲜水军骚扰日方的运输船团，已经使日军捉襟见肘了，当年二月间，京畿、庆尚等道又闹起了罕见的大饥荒。李如松撤退前也还玩了一招狠的，他探听到日军的军粮大都存放在龙山大仓，就派查大受和李如梅率军奇袭龙山大仓，将数十万石粮食烧了个干干净净。日军乏食，再也没有力量北进去夺取开城了。

日军军心涣散，很多人偷偷逃离前线，渡海回去日本老家，而国内也纷纷爆发一揆。尤以侵朝的急先锋岛津氏为最，早在去年（1592年），侵略战争开始后不久，岛津家臣海北国兼、田尻但马守、伊集院三河等人就率军两千，进攻肥后的八代城和佐敷城，叫嚷着要讨伐丰臣秀吉，史称“海北一揆”。虽然这次暴乱很快就被平息了，但使留在北九州名护屋的岛津义久和已经前往朝鲜的岛津义弘大为惊愕的是，两千一揆中竟然有三百名都是兄弟岁久的家臣！

丰臣秀吉因此下达了岁久讨伐令，岛津义久无奈之下，只得亲自领兵进攻岁久。七月十八日，岛津岁久战败，在龙之水自杀。岛津氏因为岁久之死，暂时避过了危机，但他们对丰臣氏的仇恨却更为强烈了。

就在这种背景下，丰臣秀吉被迫于1593年四月九日下令各军火速从京城后撤，为了确保仍然占有朝鲜南部领土，日军连新登陆增援的部队在内，总共集合了九万三千大军，进攻前此细川忠兴拿不下来的庆尚道重镇晋州。晋州守军包括朝鲜官兵和义军才不过七千人而已，守将金千镒急派使者，请求明军南下增援。然而远水难救近火，别说李如松此时根本没有实力快速南下，就算他真的派骑兵南下了，也是根本赶不及的。

六月二十二日，激烈的攻防战开始，一直打到二十九日，晋州城破，日军进行了野蛮的大屠杀，不管是官军、义军还是普通百姓，城内数万军民全都倒卧在血泊中……