织田信长灭亡武田氏，回归安土城以后，一方面让泷川一益继任关东管领，要他准备展开对后北条氏的进攻，一方面以三男信孝为主将、丹羽长秀为副将，准备渡海进攻四国的长宗我部氏，同时，他还命令柴田胜家继续经营北陆、羽柴秀吉继续攻略中国地区。天下即将底定，其后的战斗，似乎用不着信长亲自出马了。

然而到了当年五月，羽柴秀吉攻入备中国，包围了毛利方名将清水宗治守备的高松城，毛利氏当主毛利辉元亲率五万大军前来增援，双方隔城对峙。于是羽柴秀吉写信给织田信长，认为这是消灭毛利军主力的大好机会，如能得到“御势御合力”，则“将西国于当年中悉归于幕下之事，如在掌中”。

于是织田信长命令明智光秀、细川忠兴、池田恒兴、中川清秀、高山重友等将整备兵马，火速赶往中国地区，增援羽柴秀吉。而信长本人则先要上洛觐见天皇，回应朝廷想要任命他为太政大臣或者关白的意愿，然后再集合部队作为后援。五月二十九日，信长随同小姓（年轻侍卫）百余人上洛，六月一日晚，暂居四条坊门的本能寺，而其子织田信忠则先一步进京，住在相隔不远的妙觉寺中。

次日是六月二日，天还没亮，织田信长就听到寺外传来喧哗之声，他最初还以为是侍卫们吵架，才爬起身来准备斥责，忽听铁砲发射之声，阵阵鸣响，这才感觉不妙。这时候，信长最亲信的侍卫森兰丸入内禀报说：“有人谋叛，是桔梗旗印，象是惟任日向守的部队！”

惟任日向守就是明智光秀，织田信长曾经上奏朝廷，赐与其九州名门惟任氏，并官拜正六位下日向守。原来明智光秀本在安土城负责接待上洛游览的德川家康一行，突然受命远征中国地区增援羽柴秀吉后，他于五月二十六日回到本城丹波龟山，一面整合部队，一面前往爱宕山中参拜，祈祷获胜。估计就在参拜过程中，光秀下定了谋叛的决心，于是召来亲信将领明智左马助秀满（光春）、明智右卫门尉光忠、藤田传五、斋藤内藏助利三、沟口胜兵卫茂朝等五人，要他们递交誓书和人质，以表示支持自己的行动。

对于普通兵将，明智光秀并没有透露自己的真实想法，只是召集家中物头（小队长），告知说：“京都的森兰丸有信使来报，主公为了加强对中国地区用兵，要在京都检阅我家的军队。”于是大军向京都进发。

据说明智军总兵力为一万三千人，铁砲手全都点燃火绳，长枪兵也去掉枪鞘，做好了随时开战的准备。士兵们内心疑惑，普遍认为是织田信长下了密令，叫明智军前去袭击正在洛中游玩的德川家康。这可见即便最下层的兵卒，对于他们的领袖织田信长都报有一种怎样的观感信长公是强大的主君，但他毫无信义，诛杀甚至谋杀盟友，对他来说并非不可理解之事。

等到大军进至山城国桂川地方的时候，明智光秀终于下达了详细的命令：“敌人，就在本能寺中！从今日起，殿下即将成为天下人，即便如提鞋的低贱之辈亦当欢欣踊跃，竭尽忠勇，树立武勋便在今日！”

于是明智军把本能寺包围得水泄不通。织田信长身边的小姓众奋勇抵抗，陆续战死，连信长本人也提枪上阵，在连杀数人后肘部受伤，被迫退往内室，随即内室就燃起熊熊大火，估计信长先切腹，然后丧身于火海之中了。

得知父亲丧命本能寺的消息后，织田信忠匆忙逃出妙觉寺。他认为明智光秀既然发动叛乱，一定早就派人把守住了京都附近的各条通路，贸然出逃，凶多吉少，于是前往京都，据守二条御所这是信长所一力扶持的诚仁亲王的官邸，修建得相当坚固，信忠退守此地时，身旁从属大概有三到五百人。

明智军很快就包围了二条御所，经过谈判，诚仁亲王一家退出御所，以免遭受池鱼之殃。等亲王一离开，明智军立刻发动猛攻，激战数小时后，织田信忠也被迫在纵火后切腹自杀享年二十六岁。

就这样，织田信长与他所开创的“安土时代”，全都葬身于红莲烈火之中。