新政府军占领江户城，并不是战争的最后终结。且说大军一进城，立刻派尾张藩兵巡查城防，派肥后藩兵收缴武器和收容旧幕府军，但结果肥后藩兵一共才找到七百二十二梃各式火铳和收容了两百名旧幕府士兵。武器和人都到哪里去了呢？

原来德川庆喜跑去上野宽永寺“谨慎”的时候，幕臣十七人组成了“尊王恭顺有志会”，立誓要维护幕府的统治。二月底，这个组织扩大到两百余人，随即由涩泽成一郎和天野八郎将其改组为军队，固守宽永寺警护将军，起名为“彰义队”。江户无血开城，德川庆喜前往水户以后，“彰义队”仍然不肯散去，聚众两千余人，日夜骚扰江户城的安全。西乡隆盛数次派兵前往镇压，却始终无法将其剿灭。

闰四月，朝廷任命大村益次郎为军防事务局判事，单骑东下，前来解决上野“彰义队”的问题。于是西乡隆盛将军事指挥权交给大村益次郎，商定调动主力从西、南两面进攻宽永寺，于五月十五日晨展开猛烈进攻。

宽永寺防备严密，两千余“彰义队”固守西、南方向各门。新政府军总共三千人，大村益次郎安排战斗力最强的萨摩、肥后、因幡三藩兵马攻击南方的黑门，对战敌军主力，长州军则进攻西方的清水、谷中二门以为牵制，此外，肥前、尾张、备前等藩兵马在宽永寺西南方向构筑炮兵阵地，掩护前线部队的进攻。

三千攻，两千守，本来这仗是很难打的，然而因为肥后等藩的远程炮火支援，使得武器装备较差的“彰义队”很快就落在了下风。战斗从早晨七时打响，到了午后，长州军终于突破谷中门进入宽永寺，正在与萨摩军鏖战的“彰义队”腹背受敌，在下午五时左右扔下两百多具尸体，四散奔逃。

“彰义队”的首脑天野八郎逃进江户城中躲藏了起来，数日后被新政府军捜出关入监狱，不久后死于狱中。

前面提到过，“彰义队”的开创者本是涩泽成一郎，他因为受到天野八郎的排挤而被迫退出，另外组建了“振武军”。“彰义队”在五月十五日覆灭，余党很多都加入了“振武军”，数量激增到一千余。五月二十三日，大村益次郎率领三千新政府军猛攻“振武军”，将其击溃，涩泽成一郎逃亡东北地区。就这样，江户周边地区终于基本稳定了下来。

然而，就在大村益次郎横扫关东的时候，新政府军在北陆地区却陷入了苦战。且说当年的四月二十七日，新政府军北陆方面军占领了越后中西部的小千谷，传令附近诸侯迅速表明态度，是支持新政府，还是支持“朝敌”德川氏。

消息传到七万石的幕府谱代长冈牧野藩，家老河井继之助召集群臣商议对策，部分家臣倾向于新政府，部分倾向于旧幕府，互相攻讦不休。最终河井继之助敲定了“武装中立”的方针，并且亲自前往小千谷去和新政府军谈判。

河井继之助希望新政府军考虑长冈藩内舆论无法统一的矛盾处境，暂且绕过长冈藩东进，然而这个要求却被新政府军军监岩村精一郎一口回绝了。继之助劝说道：“德川氏已经表示恭顺，江户城也打开了城门，时至今日，战争已经毫无必要了。如果开战，只能导致生灵涂炭和国家疲弱，西方列强趁虚而入。贵军暂且绕路而行，以待本藩内部继续讨论对策，又有何不可？”

继之助所言很有道理，然而从新政府军的角度来看问题，是不能在长冈藩向背不明的情况下轻率东进的，那样等于在自己背后埋下了一颗定时炸弹。最终谈判破裂，恼羞成怒的河井继之助回到长冈，立刻秣兵厉马，准备和新政府军恶战一场。

当然，以区区长冈七万石，虽然经过河井继之助多年经营，兵强马壮，也终究是无法与新政府大军相抗衡的，于是继之助就加入了以北陆和东北地区旧幕府亲藩、谱代为主体所组成的“奥、羽、越列藩同盟”，求取援兵，共同拒敌。

同盟军北陆地区的主将就是河井继之助，而新政府军的实际指挥者是北陆道镇抚总督府参谋、长州重臣山县狂介。双方于五月十日首先在信浓川边交上了火，第一回合，因为尾张藩兵的临阵退缩，新政府军吃了个大败仗，随即山县狂介率领长州军于十一日展开全面反攻，占领朝日山制高点，扭转了败局。

十三日凌晨，同盟军对朝日山发动猛烈攻击，新政府军不敌败退。十九日，山县狂介率军绕道奇袭并且攻占了长冈城，给同盟军造成了心理上的沉重打击。

六月份，奥、羽、越各地同盟诸侯的援军纷纷开到前线，而解决了上野“彰义队”问题的新政府东海方面部队也陆续向北增援，双方实力同时壮大，新的激战一触即发。七月二十七日，河井继之助利用对附近地理非常熟悉的优势，派兵奇袭长冈，夺回了藩城。然而正当他想要乘胜追击，彻底击溃新政府军的时候，却发现战斗力闻名天下的萨摩军大举来援，并且已经逼降了长冈西面的新发田沟口藩。

在与萨摩军的恶战中，河井继之助腿部中弹，被迫退离战场。失去了主将的同盟军就此分崩离析，各藩逐一被新政府军或攻破，或逼降，二十九日，新政府军第二次攻占长冈城，宣布了“北越战争”的终结。

河井继之助在战败后逃到会津藩领内，八月十六日因伤势恶化而撒手尘寰，享年四十二岁。虽然被迫做了阻挡历史车轮前进的绊脚石，但作为一藩家老，继之助这种可悲的命运恐怕是无法随心改变的吧。