美国人并不以轻轻敲开日本大门为满足，安政三年（1856年），下田总领事哈里斯来到日本，要求幕府与之缔结新的条约。经过长时间谈判，最终议定的条款是对日本相当不利的，内容包括开放神奈川、长崎、新泻、兵库四港和江户、大坂二城，承认领事裁判权，日本关税需与各国协商决定，等等。

老中堀田正睦不敢在这样丧权辱国的条约上签字，于是把烫手山芋扔去了京都，请求朝廷“敕许”。这帮幕臣虽然僵化腐朽，倒也知道真打起仗来，自己不是洋人的对手，而朝廷公卿却全都没有见过大世面，只知道国体不能更改，国威不能降低，坚持传统的“攘夷”思想，毫无转寰余地地坚决不肯同意。

一直拖到安政五年（1858年），第二次鸦片战争以清朝再次惨败而告终，哈里斯趁机恐吓说：“如果不答应我们的条件，等到英国人以武力攻来要求开港，日本就危险了。”于是幕府吓得不再管什么“敕许”了，匆匆忙忙地就在协议上签了字。此举立刻引发了轩然大波，本来幕府执掌国柄，你爱怎么干就怎么干，不必要朝廷点头，可是既然已经请求朝廷“敕许”了，却又违背朝廷的命令，在没有得到“敕许”的情况下就签订了条约，这根本是悖逆之举。一时间，群情汹涌，所有矛头都指向了江户幕府。

吉田松阴为此愤怒地斥责幕府，说：“不思国患，不顾国辱，不奉天敕，将军之罪天地不容，神人皆愤！”他的尊攘思想因此而产生了决定性的改变，即从尊奉天皇而并不反对幕府，转化为想要依靠天皇的权威来打倒幕府。作为尊攘派的祖师爷，松阴的思想立刻成为尊攘派的主流思想，幕府就此变成众矢之的。从此日本国内的思潮，从单纯的“开国”和“攘夷”之争，添加了更为复杂的“佐幕”和“倒幕”的对立因素。

不过指示在条约上签字的并不是幕府老中堀田正睦，而是刚刚被任命为大老的井伊直弼。大老比首席老中还有权力，向来就由德川家的世代重臣来担任，比如首任大老土井利胜、宽永年间权倾一时的酒井忠胜，等等。

且说这位井伊直弼大老，出自德川氏谱代的彦根藩，前藩主、兄长井伊直亮去世后继承了藩主之位井伊直亮也曾经担任过幕府大老。黑船来航的时候，井伊直弼是少数开国派之一，等他当上大老之位，立刻就和尊攘派发生了严重冲突。

攘夷派的首脑乃是御三家之一的水户藩主德川齐昭，正好家定将军体弱多病，看着随时都可能咽气，又没有子嗣，德川齐昭就联合越前藩主松平庆永、萨摩藩主岛津齐彬、土佐藩主山内丰信、宇和岛藩主伊达宗城等人，企图靠着把一桥家的德川庆喜推上将军宝座而掌握幕政这些人就被称为“一桥派”。对于德川齐昭的这种图谋，井伊直弼当然不会坐视不理，他针锋相对地推举血统更近的纪州藩主德川庆福为将军继承人。就这样，幕府一分为二，表面上是因为将军继嗣问题产生了分歧，实际上是开国与尊攘两种思潮展开了激烈的斗争。

或许井伊直弼是为了提升幕府威信，也为了贯彻自己的理念，他不等朝廷“敕许”就匆忙地和美国人签订了《日美友好通商条约》，不仅如此，同一年还和荷兰、俄国、英国、法国缔结了内容相近的条约，史称“安政五国条约”。他的这一举动更加触怒了尊攘派，两派的冲突已如箭在弦上，“安政大狱”就此爆发。

且说德川家定将军于安政五年（1858年）七月去世，井伊直弼立刻派遣使者前往京都，请求朝廷“宣下”，任命德川庆福为新的将军。然而孝明天皇因为不满幕府签订开国的条约，迟迟不肯颁发正式诏命，“一桥派”趁虚而入，萨摩、水户等藩驻在京都的藩士，如梅田云滨、赖三树三郎、西乡吉之助（隆盛）等人大搞串联，并且游说朝廷公卿，想要让朝廷下诏罢免井伊直弼，任命德川庆喜为幕府将军，德川齐昭为副将军。

为了说明自己签订条约的理由和苦衷，也为了催促朝廷尽快“宣下”，井伊直弼委派老中间部诠盛前往游说，又派亲信长野主膳去京都监视尊攘派的动向。到了八月十日，尊攘派请到了朝廷谴责井伊大老的“敕掟”，并将此公文交给主子德川齐昭。齐昭皇命在手，变得更加不可一世，想要集合各地雄藩一起对幕府施压。虽说从黑船首次来航的时候起朝廷就开始插手政治，但越过幕府直接向诸侯下令，这还是第一次，朝廷的这种举动使得尊攘派士气高昂，而尊王倒幕的思想也开始甚嚣尘上。

井伊直弼得知此事后，要求德川齐昭交出天皇“敕掟”，并且惩处为了获得此公文而在京都大搞游说串联的各藩志士。此举激怒了尊攘派，水户藩士一千多人，尾张藩士近两千人浩浩荡荡前往江户城请命，另有二百多人增援京都，倒幕内战似乎一触即发。

面对如此险恶的局势，井伊直弼决定痛下狠手，严惩这批尊攘派。当年九月，在长野主膳、酒井忠义等幕臣的策划下，幕府全面反攻，兴起大狱。朝廷方面，支持尊攘派的尊融亲王被勒令永年蛰居（终身闭门反省），包括前关白鹰司政通在内的十六名公卿也先后遭到惩处。大名方面，德川齐昭永年蛰居，德川庆喜被勒令隐居，山内丰信、德川庆笃（现水户藩主，齐昭的继承人）等人都受到不同程度的处分。幕臣方面遭到处置的则有“一桥派”的岩濑忠震、永井尚志、川路圣谟等人。

受到最严重惩罚的还是各藩尊攘志士，安岛带刀、鹈饲吉左卫门、赖三树三郎、桥本左内等人均被判以死罪，梅田云滨死于狱中，其余受牵连者不计其数。至于那位精神领袖吉田松阴，据说他曾策划过刺杀老中间部诠盛的阴谋，所以也遭逮捕，于安政六年（1859年）十月二十七日在小塚原被处斩。松阴临终前作诗道：“吾今为国死，死不负君亲。悠悠天地事，鉴照在明神！”

当然，也有很多志士东躲西藏，暂时逃过了大难，其中就包括萨摩藩的西乡吉之助。据说吉之助慨叹国家多难，壮志难酬，和京都清水寺成就院的住持月照相约跳海自杀，幸运的是，月照就此葬身洪涛，吉之助却奇迹般地被救了上来。

这一年，被杀的吉田松阴和获救的西乡吉之助都是三十岁，死者已矣，生者却还有很漫长而坎坷的道路要走。