因为道路阻隔，武田信玄病重和退兵的消息并未能迅速传至洛中，足利义昭还在欢欣鼓舞，认为只等信玄杀到，织田势力就会土崩瓦解。他错误地判断了形势，于是四处煽风点火，要求畿内各豪族向织田信长掀起反旗。

元龟三年（1573年）八月，织田、朝仓两军在小谷城附近对峙，随即朝仓方大将前波九郎兵卫吉继父子被织田家策反，受他的影响，富田弥六郎长繁、户田与次、毛屋猪介等将也陆续投降。织田信长知道朝仓军已不足虑，于是留羽柴秀吉守备虎御前山本阵，自己退回岐阜。次年即天正元年（1573年）三月，得到武田军请和消息的信长离开岐阜，统率大军再度上洛，四月三日包围了二条城。足利义昭这才慌了手脚，急忙请朝廷出面调解，在保证绝不敢再悖逆信长旨意，同时双方交换誓书后，织田军暂时退兵。

织田信长知道足利义昭并非真心降伏，肯定还有后招，于是他缓缓退兵，掉头攻击占据鲶江城的老对手六角右卫门督义治。五月，他又进入琵琶湖岸边的佐和山城，随即命令在此地建造巨大的战船。

七月三日，以为信长已经回归岐阜，短时间内无法再上京都的足利义昭，果然又耐不住性子了，潜往槙岛城掀起反旗。于是织田信长就在大战船完工的翌日，乘风破浪横渡琵琶湖，于七月九日以迅雷不及掩耳之势攻入二条城，随即转往槙岛城。足利义昭没能抵抗多久，城池就被攻克，他也变成了阶下之囚。

战后，织田信长把足利义昭年仅两岁的儿子捉来当了人质，而把义昭本人流放到河内国若江城，派羽柴秀吉严密看守。就这样，室町幕府灭亡了，历史迈入了织田信长的“安土时代”。

当年八月，北近江豪族阿闭淡路守贞征密约投诚，织田信长整合大军再伐江北。织田军首先攻克月濑城，然后一边监视小谷城的动向，一边绕路行至大岳以北的山田山，意图截断浅井与朝仓两军的联系。匆匆从越前赶来增援的朝仓义景近两万人马因此无法靠近小谷城，只得在边境线上的余吴、木之本、田部山等地布阵。八月十二日夜晚，风雨大作，织田信长冒雨仰攻，大破朝仓义景，朝仓军被迫向越前方向退却。

织田军快速追击，终于在越前刀根山山顶附近一个称为刀弥坂的地方赶上了敌军。“刀弥坂合战”杀死朝仓军三千余人，包括朝仓治部少辅、朝仓扫部助、河合安艺守吉统等数十名越前名将都被取去了首级，从美浓稻叶山城逃出来后就辗转各地与信长对抗的斋藤龙兴也战死于此，朝仓氏主力丧失殆尽。

十八日，织田信长攻克朝仓氏本城一乘谷，并纵火将其焚毁。大火整整燃烧了三天，这座繁华了近百年的北陆名城就此烟消云散也代表着朝仓氏地方政权的覆灭。朝仓义景是十五日逃回一乘谷的，眼见大势已去，当即便欲自杀，结果被近臣劝止，遂弃城逃往大野郡山田庄的六坊贤松寺。二十日晨，一族的朝仓式部大辅景镜率二百余骑把贤松寺团团围住，并向寺中发射铁砲。义景知道再无生理，于是长叹一声，切腹自尽，享年四十一岁。他留下的辞世句是：“七颠八倒，四十年中，无他无自，四大本空。”

朝仓景镜等越前残余诸将在府中龙门寺向织田信长表示降伏，并献上故主朝仓义景的首级。于是信长任命去年主动归降的前波吉继为越前守护代，自己率得胜之师回归江北虎御前山，随即对浅井氏的主城小谷展开猛攻。

八月二十七日，羽柴秀吉包围京极丸，切断了浅井久政、长政父子的联系。织田信长派使者前往劝说长政投降，长政问使者：“我父如何？”使者编谎话说：“已降。”长政大笑：“我最清楚父亲的脾性，他或者仍然在生，或者已经殉难，是断不肯投降的。”于是把妻子市姬和三个女儿送到羽柴军中，以示当战至最后一兵一卒，绝不偷生。

其后不久，浅井久政由家臣鹤松大夫担任介错，切腹而死，浅井长政也在经过了英勇的抵抗后，与麾下名将赤尾美作守清纲一起自杀浅井氏就此灭亡，随即近江一国都很快被织田信长平定了。