木曾义仲进入京都后并没有乘胜追击，这给了平家以喘息的机会。平氏一门逃到九州，逐步削平与之为敌的地方豪族，重新控制了九州、四国以及一部分的关西地区。闰十月一日，平家展开反攻，并在水岛等几次战役中，利用水军的优势大败木曾义仲的部队。义仲闻报大怒，一面命令驻防部队死守，一面率领主力离开京都，前往迎击。

义仲出击关西后，早就不满其所作所为的公卿们在后白河院的唆使下，立即控制了京都的驻防部队，并颁发院宣，宣布义仲为朝敌。得知后方大乱，身在关西的义仲立率一支偏师返京，平息了这场贵族复辟的闹剧。在动乱中，法皇和天皇全都逃离京都，正在气头上的义仲索性打算自己称帝。但是，这傻瓜以为法皇要剃光头，天皇要留茅盖〔最近几代天皇都还是孩子，所以才要剃这种发型〕，于是自作聪明的当了个***不类的法皇厩舍别当〔为法皇养马的马夫头，义仲见有“法皇”二字，以为是很大的官〕。

听说义仲在京都肆意妄为的源赖朝大喜过望，立刻点集兵马，于第二年〔1184年〕的正月十一日出兵十数万，以讨伐朝敌的名义向京都杀来。义仲万万没有想到这么快就大难临头，只好硬着头皮将手上仅有的五万部队撒开在宇治川岸，准备主力决战。

主持正面作战的是源赖朝的异母兄弟蒲将军范赖，配合从侧翼进攻的部队，则由他另一个异母兄弟、源九郎判官义经指挥。这位源义经是非常具有传奇色彩的人物，据说其母常盘御前本是天下知名的美人，父亲源义朝去世以后，常盘被清盛抢回家去，因此她所生的几个儿子也都逃得了一条小命。义经本是常盘最小的儿子，当时尚在襁褓之中，等他成长到七岁，清盛勒令将其送去鞍马寺出家。

平氏万万没有料到，他们对义经的这种处置，为源氏一族培养起一位无与伦比的军事天才、奇袭战术的大师。在鞍马寺，义经不仅得到了家传的《孙子兵法》珍本，还遇到了鞍马流兵法及剑术家鬼一法眼，于是从之修习武艺。

在十五岁时，义经终于得知了自己悲惨的家世，于是他逃离鞍马寺，云游四方，研修兵法武艺，寻机复仇。传说其人身材娇小，皮肤白晰，相貌如同漂亮的女孩一般美丽，在京都五条大桥上，他扮成美女，击败了拦阻旅客、为收集千把名刀而战的恶僧武藏坊弁庆。弁庆以及其他很多在“平治之乱”后失去主家和财产的源氏残党，比如伊势三郎义盛等人，纷纷聚拢在义经的身边。

义经后来流浪到了陆奥的平泉。此时统治日本东北广袤领土的乃是藤原秀衡，是藤原清衡的后代，他依靠新开发的金山扩充财力，在源平两家中左右摇摆，不肯明确站队。义经到了陆奥，据说得到藤原秀衡的热情款待，还把世代重臣佐藤兄弟〔三郎兵卫继信和四郎兵卫忠信〕都送了给他。

等听到兄长赖朝在伊豆举兵的消息，远在平泉的义经再也坐不住了，年轻人内心仿佛有热血在沸腾。于是他辞别了藤原秀衡，带着自己的十数名家臣，历经种种艰险，终于和赖朝在黄濑川会面这次会面成了后世津津乐道的盛事。

拉回来再说宇治川岸边的对战。虽说当日河流涨水，波涛汹涌，却挡不住士气高涨的东国武士，源义经麾下的关东名将佐佐木高纲和梶原景季率先纵名马“摺墨”、“生食”跳入冰冷刺骨的河水中。源氏大军受此鼓舞，也纷纷纵入激流，冒着如雨的箭矢，拼命向河对岸冲去。一时间，宇治川里蛹动着各种颜色的铠甲，好象花朵争奇斗艳的春天提前到来了。

面对士气如此高昂的敌军，在对岸防守的木曾军很快就被击溃了。经过恶战，木曾义仲率残兵退出京都，义经等六骑直奔皇宫，为皇室压惊。见到如此娇艳、又英资飒爽的义经，崇尚腐朽美学的皇室成员和公卿们都无比陶醉，尤其在承受过大老粗义仲的压迫后，他们对这名符合贵族审美观点的青年充满了好感。义经万万没有想到，这却使他日后死无葬身之地……

而从京都撤出的木曾义仲在遭到敌人反复围攻后，身边只剩下了巴御前、今井兼平在内的主从五骑。传说中，望着满身血污的巴，义仲的心软了，不忍让她也战死在这里，于是便声色俱厉的命令她自行突围。巴泪流满面地说道：“那就让我再为您战上一场吧！”于是，她顺手战败迎面冲来的武藏名将土御师重，一刀切下脑袋，然后突围而去从此这位奇女子便从历史上和传说中消失了踪影。

又杀了一阵，义仲手下的三骑从骑全部战死，只剩下了今井兼平一人。两个人背靠着背继续作战，终于精疲力竭。义仲最后决定自尽，于是在今井兼平的掩护下进入了旁边的栗津松林。今井兼平守护在外，大显神威，摸出八支羽箭一连射倒八名敌军的武士，敌人见到这如雄狮般威风凛凛的大将，谁也不敢再向前一步。然而在栗津松林中的义仲却非常倒霉地连人带马陷进了泥潭，结果被绕过今井的敌将石田为久射翻，切下了脑袋。还在外面力战的兼平见到主公首级，万念俱灰，于是也含恨自尽。

至此，叱咤一时，仿佛项羽般勇猛也仿佛项羽般以悲剧收场的木曾左马头义仲，就消失在了尘埃中，散布在各地的义仲军也做了鸟兽散，源赖朝的势力正式控制了京都。