关原合战的导火索是会津征伐，且说德川家康在小山会议后即折返江户，留下次子结城秀康监视上杉军的动静。家康共有九子，嫡长子信康于天正七年（1579年）被织田信长下令处死，次子秀康因是庶出，过继给下总大名结城氏，三子为德川秀忠，四子是关原合战中立过大功的松平忠吉，此外还有信吉、忠辉、义直、赖宣和赖房。

结城秀康坐镇下野，号召奥州伊达氏、羽州最上氏和越后堀氏围攻会津。七月二十二日，伊达政宗听闻上杉方的白石城主甘粕清长侵入自己领地，就派重臣片仓景纲前往讨伐。双方小小接触了一仗，随即和谈，各自退兵。

此时奥羽诸侯纷纷传信上杉氏，要求罢兵言和，上杉景胜多从所请，可是唯独拒绝了最上义光的和睦请求。九月八日，他派重臣直江兼续统领两万四千大军进攻最上氏的本城山形著名的长谷堂合战就此爆发了。

九月十三日，直江兼续攻克畑谷城。两天后，决定天下大局的关原合战结束，同时，最上义光以其子义康为人质向伊达政宗求援。十八日，兼续将本阵设于菅泽山上，包围了坚固的长谷堂城。城将志春高治奋勇抵抗，上杉军进展甚微。

然而包围长谷堂城，并非直江兼续谋略的全部。他同时派出两支别动队，分别从南北两个方向钳形包抄，试图隔断最上义光向其它奥羽诸侯的求救之路。北路军渡过最上川，势如破竹，先后攻克寒河江、谷地和白岩诸城；南路军却遭到上山城主里见民部的奇袭，损失惨重。但志春和里见的奋战仍然不能扭转战局，长谷堂指日可下，只要此城一破，山形城就完全被孤立了最上义光迎来了一生中最大的危机。

还好，二十一日，伊达（留守）政景越过笹谷峠来援，二十四日进入山形城，与义光商议拒敌策略。十月一日，听闻援军即将到来的长谷堂城守军士气大振，发动奇袭，斩杀上杉氏大将上泉泰纲。此时直江兼续也得到了西军在关原大败的战报，被迫撤围退走。最上、伊达两军于后追击，不但将上杉军完全逐出最上领，最上义光还重新进入庄内地区，攻陷尾浦城，伊达政宗则攻陷了白石城。

与此同时，在日本的另一端，也有一场不得不提的大战爆发了。且说丰前中津城主黑田长政的父亲黑田孝高，本是播磨国人小寺氏的家臣，后来归属丰臣秀吉，成为秀吉倚为左膀右臂的军师。孝高出家隐居后，法名如水圆清，通称黑田如水，他在得知东西两军开战的消息以后，立刻驰入中津，代替出征在外的儿子长政守城。

黑田如水所面临的局面和细川幽斋差相仿佛，但九州之地并无西军主力，大名们各自为战。如水趁机掏出城中所有储金，招募了三千五百人，同时胁迫周边倾向东军的大名们和自己共同行动。此时，在毛利辉元的指示下，大友吉统在丰后复国，率军包围了细川氏的飞地丰后臼杵城。

大友吉统原名义统，乃是大友宗麟的继承人，因为在侵朝战争中临阵脱逃而被丰臣秀吉剥夺了领地，被迫四处流浪。为了打击在九州的东军势力，毛利辉元把大友吉统送回丰后，吉统随即就招募旧部，在立石城举旗再兴。

黑田如水率领诸侯联军救援臼杵，大友吉统被迫退回立石城。如水紧追不舍，两军在石垣原展开激战，大友方虽然兵力较弱，却个个奋勇，人人争先，始终不落后手。于是如水将策略从硬攻转为劝降，终于在九月十五日，也就是关原合战的当日说服了吉统，吉统以剃发出家为条件，保全了麾下将兵的性命。

黑田如水随即攻打周边各西军大名的领地，一路势如破竹，等到关原合战胜利的消息传来的时候，他已经横扫整个北九州，把丰前、丰后两国尽数握入掌中了。然而这都是无益之举，天下形势已定，领地的获得要靠德川家康的恩赐，而不能靠自己亲手去攫取。其后老军师黑田如水又活了四个年头，直到五十九岁的时候才安然辞世。