应仁元年（1467年）十月四日，西军的畠山义就、大内政弘、一色义直、土岐成赖、六角高赖等部对花之御所及其东面的相国寺发起全面进攻。细川胜元派畠山政长统率三千兵马前往救护，并且明确表示无力再派后援。畠山政长大呼道：“我将独立杀破敌军百万雄兵，博取军功第一！”首先向一色军发起自杀性冲锋。一色军不敌溃败，被斩首八百余级。

西军的总攻击就此遭到挫败，双方再度进入长期对峙。这场战乱引发京都各处大火，从六月开始，陆续有公卿、守护的宅邸，以及名寺古刹被烧，然而足利义政将军却躲在花之御所里，照样每日饮宴作乐，观看猿乐（滑稽戏），吟诵连歌。据说他曾经讲过这样的话：“天下破败就让它破败吧，世间毁灭就让它毁灭吧，我之荣华富贵也不过云烟而已。”室町幕府倘若不灭，那真是没有天理了！

东西两军的对峙一直持续到文明元年（1469年）四月因此这场动乱也被称为“应仁?文明之乱”东军终于再也扛不下去了，各部陆续突出京都，逃往丹波等地。大内政弘等西军将领随后追赶，却没料到自己后院却燃起了熊熊烈火当年五月，丰后守护大友亲繁、筑前守少贰赖忠响应细川氏的号召，开始进攻大内氏在北九州的领地；十二月，大内教幸（政弘叔父）在长门掀起反旗，宣布加入东军。

第二年（1471年）五月，斯波义廉的重臣朝仓孝景归降东军，被授予越前守护之职这给西军造成了异常沉重的打击。连年战乱，守护大名们势穷力竭，财政状况也都濒临破产边缘，于是被迫于文明四年（1472年）元月开始和谈。次年（1473年）三月，山名宗全旧伤发作，撒手人寰，五月细川胜元病殁两个老对头同年归西，也算是巧中之巧了。

当年十二月，足利义政正式把征夷大将军的宝座传给儿子义尚。第二年是文明六年（1474年），四月，两军新的统帅山名政丰和细川政元正式讲和，因为幕府将军还捏在东军手里，所以算是山名政丰向东军投降。又三年，到文明九年（1477年），西军全部退出畿内归国，“应仁之乱”才算暂时打上一个句号。

“应仁之乱”是战国时代的开端，将全日本一分为二的大战乱虽然暂时停止了，但各地守护、豪族之间的战争从此再也停不下来，月月都起争端，处处燃起战火。考究战国时代，一般都称其为秩序颠倒的“下剋上”的时代，那么，何所谓下剋上呢？

可以分几个层次来说明这一独特的词汇。首先，昔日辉煌的京都在“应仁之乱”中被大片烧失，无数公卿为躲避战乱而逃亡远国，原本就残存不多的朝廷威信更加一落千丈。明应九年（1500年）九月，后土御门天皇去世，竟然无钱安葬，被迫通过幕府请求各寺院和豪商赞助，允许赞助者有权使用天皇家独享的菊、桐家纹。因为天气炎热，没等下葬，天皇的遗体就已经腐烂生蛆了。

朝廷实权被武士所夺非止一日，但从来没有这样凄惨过，甚至被迫要向卑贱的商人伸手要钱，这是第一重下剋上。第二重下剋上是指幕府权威丧尽。将军足利义尚（后改名义熙）于延德元年（1489年）三月死于讨伐近江守护六角高赖的阵中，足利义视之子义材继任为幕府将军。明应二年（1493年）二月，义材将军采纳了畠山政长的建议，领兵讨伐畠山义就之子基家，然而他才离开京都，立刻后院起火幕府管领细川胜元发动“明应政变”，改立堀越公方足利政知之子义遐为幕府将军，改名足利义高。闰四月，细川军击败并且俘虏了义材将军，畠山政长自杀。六月，义材将军在被流放的路上转逃往越中，依附当地豪强神保长诚。

明应七年（1498年）九月，义材将军更名为足利义尹，又去依势力更为庞大的越前守护朝仓贞景（孝景之孙）。次年（1499年）十一月，义尹将军在上洛途中被六角高赖战败，逃去西国依附大内义兴（政弘之子）。就这么跑来跑去，一直挨到细川政元的被杀。永正五年（1508年）四月，细川高国（政元养子）上洛，赶跑了幕府将军义澄（足利义高改名），当年六月，大内义兴进入洛中，拥义尹将军复位。

从此义尹将军就被控制在细川高国和大内义兴手中，纯属傀儡，受尽了欺压。他一怒之下逃出京都，流亡到近江甲贺郡，被劝回京后于大永元年（1521年）再度出走和泉。这回细川高国再也不劝他回来了，改立足利义澄的儿子义晴为幕府将军。

幕府将军成为守护们手中的傀儡，可以随意拨弄，可以随意废黜和改立，然而一直到末代将军足利义昭以前，并没有一个强大的守护势力能够拥着一位将军长居京都，他们总是和周边势力打来打去，时胜时败，一旦势力退出京都甚至消散，则所拥立的将军也就走到了末日，这真是可悲的现象。不过，这也确保了毫无能量的幕府将军可以继续存在下去，等到真有一个庞大势力能够久居京畿，纵横四方，无人能挡，则室町幕府的运数，也就接近尾声了。