“禁门之变”爆发后，幕府传令各地诸侯，以前尾张藩主德川庆胜为总督，越前藩主松平茂昭为副将，联军讨伐长州。然而此时幕府权威已堕，诸侯各抱观望之心，都不肯使出全力，担任讨伐军总参谋的萨摩重臣西乡吉之助遂提出一计，要“以长州人来处置长州人”这一计划取得了完美的成功。

且说讨伐军是元治元年（1864年）八月二日出动的，然而还没等走到长州，八月五日，英、美、法、荷四国联合舰队驶入关门海峡，对长州重镇下关展开了猛烈的炮击这是对去年长州藩攻击美、法等国船只而采取的报复行动。于是藩内保守派椋梨藤太等人趁机向毛利敬亲提出，只有排斥尊攘派，并且立刻向幕府谢罪，“纯一恭顺”，才能挽救毛利家濒临灭亡的命运。

在这些保守派，也被称为“俗论派”的打击下，周布政之助被迫自杀，激进攘夷派的代表井上闻多（馨）遭到保守的“选锋队”的袭击，伤重而遁。于是毛利敬亲勒令益田右卫门介、国司信浓、福原越后三家老自尽，同时破弃重镇山口城，交出落难的五位公卿（七卿或死或走，留在长州的还有五个），亲笔写信向幕府谢罪，用这些屈辱的条件劝退了讨伐军。

这就是第一次“征长之战”，在西乡吉之助的谋划下，长州藩不战而败，藩内尊攘势力几乎被扫荡一空。然后，就该轮到狂飙突进的高杉晋作出场了。

与绝大多数尊攘志士不同，高杉晋作出身于一个中上级武士家庭。因为高杉氏的家纹为“丸之四割菱”，所以有传说出自甲斐武田氏，先祖是战国时代的备后国高杉城主武田小四郎春时。晋作的父亲高杉小忠太领二百石俸禄，就其在长州藩内的身份来说，可比德川幕府的旗本。晋作初名和介，自小聪颖，在藩校“明伦馆”中取得了优异成绩，得到毛利敬亲、定广父子的称赞。

当时在“明伦馆”中还有一个高材生，同时也是高杉晋作的好友，那就是久坂玄瑞，经过玄瑞的介绍，晋作与其同时投拜在吉田松阴门下照理说，松下村塾所招收的大多是中下级武士学生，晋作本来是不可能想到要去那样一个乡下学校进修的。

在村下村塾的日子里，高杉晋作受到吉田松阴深刻的影响，同时他还四处游历，先后向思想家佐久间象山、横井小楠等人求教，思想倾向逐渐转变为尊王攘夷。而因为他的学习成绩良好，遂被与久坂玄瑞，入江久一并称为“松下三高足”。

文久元年（1861年），晋作被选为世嗣毛利定广的小姓役，也就是青年侍卫官，随即他获得许可，乘坐木船“千岁丸”渡海前往上海考察和学习。此时正值太平天国运动席卷中国东南半壁，西方列强协助清政府镇压这次运动，从而更进一步地把中国半殖民地化，上海是全中国苦难的最鲜明的缩影。在上海的这段日子里，晋作的思想开始发生转化，一方面产生严重的危机感，深知日本若不革新自强，结果必将比清朝更惨，另方面，他的对外倾向也逐渐转向开国。

回藩后，高杉晋作提出“大割据”策略，想要以长州藩为基地率先进行改革，从而逐渐向外影响整个日本。在他的建议下，毛利敬亲答应组建一支“奇兵队”，和旧有的藩兵不同，这支部队不论出身，其中既有武士，也有很多商人、城市平民和农民的子弟。高杉晋作成为“奇兵队”的总督，自号东行，毛利敬亲则名其为东一（东邦第一人）和谷潜藏（深谷潜龙）。

受到“奇兵队”的影响，长州藩内各种半军事性组织逐一被建立了起来，比如前面提到过的来岛右兵卫的“游击队”，以及伊藤俊辅（博文）的“力士队”、吉富藤兵卫的“鸣城队”、品川弥次郎的“御楯队”，还有“荻野队”、“膺惩队”、“第二奇兵队”，等等。其中就人数和军事实力来说，当然以“奇兵队”为其翘楚，落难长州的公卿三条实美就曾经欣然为“奇兵队”题词道：“忠义填骨髓”。

对于长州藩兵上洛申诉的鲁莽行动，高杉晋作持鲜明的反对态度，甚至不惜脱藩下狱，而他的好友久坂玄瑞虽然也表示反对，但态度不够坚决，最终被胁裹前往，血洒鹰司藩邸。消息传来，晋作悲恸不已，为了抵挡幕府军的攻击，挽救长州藩的危亡，他提出“武力恭顺”的主张，也即阳奉阴违，表面上向幕府低头，实际却秣兵厉马，寻机再举。

然而“武力恭顺”被“纯一恭顺”压倒，俗论派趁机上了台，开始残酷地镇压尊攘志士，晋作也被迫亡命北九州。元治元年（1864年）十二月，幕府军还没有退尽，他就悄悄地潜回了长州，前往下关去会见“松下村塾”的同学山县狂介，商讨起义计划。

山县狂介本名小辅，吉田松阴评价他“志向高远，可称一个‘狂’字”，因此赐名狂介也就是后来的日本陆军大将山县有朋。狂介本为“奇兵队”的军监，后来代替高杉晋作担任总督，当晋作前来和他商量“必须打倒俗论派，掌握藩政，否则就无法挽救长州，更无法挽救整个日本国”的时候，此人大违其“狂”名，在赤根武人等谨慎派的挟制下，竟然犹豫不决，不肯协同起义。晋作一怒之下拂袖而去，说：“就算只有我一个人，也必定会完成起义大事！”

虽然没能拉动“奇兵队”的老部下，但高杉晋作通过不懈努力，却终于说服了“力士队”队长伊藤俊辅（博文）、“游击队”新队长高桥熊太等六十余人（一说为八十人）。他们于十二月十六日冒雪在下关功山寺起义，随即袭击并攻占了附近的新地会所。

藩兵三千人前往镇压起义，高杉晋作身穿祖先传留下来的绀丝威铠甲，头戴乌帽子形兜，沉着应战。闻听起义的消息，尊攘派各队纷纷前来会合，就连山县狂介也坐不住了，率领“奇兵队”加入战斗，于是藩兵不敌败退。随即在短短三个月的时间内，晋作及其所领导的所谓“正义派”即横扫整个长州，清除俗论派，重新夺回了政权。

，