孝明天皇庆应二年（1866年）六到八月间爆发的第二次“征长战争”，以十五万幕府军被四千长州军击败而告终。从此幕府威望直落谷底，家茂将军去世后，其后见人德川庆喜被迫下令终止战争，全线撤退。十二月五日，德川庆喜继任为第十五代征夷大将军，也是江户幕府的末代将军。

长州之所以能够在“四境战争”中取得胜利，原因是多方面的，最主要在于幕府的腐朽、诸藩联军的装备既差，配合度又不高，而长州则经过军制改革，装备精良，同时上下一心，士气高涨。此外，萨摩以及英国对长州的暗中支持也起了很大的作用。

当时英、法两国争夺对日本的控制权，英国认为幕府已经彻底腐朽，无法利用它来统治整个日本，因此转而支持藩政开明，并且逐渐打开国门的萨摩、长州等藩，希望实现以天皇为中心的雄藩联合体制也就是坂本龙马所设想的那一套。而法国看到英国这种态度，反倒加强了支持幕府的力度。可以说，如果没有英国人掺和，长州未必能够轻松打赢“四境战争”，而如果法国人不在其中搅事，大概高杉晋作在战胜后会趁胜追击，直薄京都去吧。

且说这位志气冲天的高杉晋作，在“四境战争”结束后不久就呕血卧床，随即在第二年也就是庆应三年（1867年）四月十四日永远闭上了眼睛，享年仅二十九岁查其病因，乃是慢性的肺结核。

而另一方面，末代幕府将军德川庆喜在继位前不久就开始了一系列幕政改革，内容包括购买武器，改革军制，改组幕府，以五位老中分掌五局，等等，在法国人的帮助下，颇有振作自雄，重新建立以幕府为中心的统一国家的意愿。这次改革能否最终成功暂且不论，但很明显的，一旦幕府统治稍有起色，庆喜将军很可能再开征长之役。

正因如此，萨摩、长州等藩丝毫也不敢因为幕府军被击退而大松一口气，他们计划着乘胜追击，从政治和武力两个方面彻底颠覆幕府的统治。说来也巧，就在家茂将军去世后不到半年，当年十二月二十五日，孝明天皇也猝然驾崩了，终年三十六岁。

孝明天皇是坚定的攘夷论者，但同时也是佐幕派，他仍想维持传统的幕藩体制，只不过希望幕府对朝廷的态度更为恭顺，自己对政治有更大的发言权而已。尊攘派数次遭到迫害驱逐甚至杀戮，除了幕府在挥舞屠刀外，孝明天皇其实也“功不可没”。因此从某种意义上来说，这位天皇才是倒幕派的最大敌人，所以也有天皇实际是被倒幕派暗杀的说法流传至今。

继承天皇宝座的乃是孝明之子睦仁亲王，继位一年零九个月后改年号为明治，故称明治天皇，而所谓的“明治维新”也正是由此得名的。这位天皇继位时年仅十六岁，说不上幼小无知，可也并没有明确的政治倾向，这使得倒幕派大为欢喜，认为这才是自己应该夺取的一块良“玉”。

明治天皇才一继位，倒幕派公卿立刻行动了起来，其核心人物乃是蛰居在家的下级公家岩仓具视。岩仓具视本是中纳言堀河康亲的次子，后来过继给岩仓家，因为受到关白鹰司政通的器重而担任朝官。他原本是支持公武合体论的，因为推动“和宫降嫁”而成为尊攘派的眼中钉，被剥夺官位，勒令蛰居。大概遭此大难后，具视终于看清了天下大势，认识到公武合体断不能行，而尊攘派势力庞大，并且日益倾向颠覆幕府，这是历史潮流，根本无法阻遏，于是思想逐渐转向尊王倒幕。

庆应三年（1867年）元月，明治天皇登基，有栖川宫炽仁亲王掌握了朝政。这位炽仁亲王曾与和宫有过婚约，但被幕府横插一刀，搞了个“和宫降嫁”，把未婚妻掳到江户去了，亲王当时是敢怒而不敢言，等到孝明天皇一咽气，立刻就跳了出来，把矛头直指幕府。在炽仁亲王的努力下，朝廷颁下诏旨，赦免了从前被处罚和放逐的大批公卿，岩仓具视以及流亡在外的三条实美等人得以重归政治舞台。

且说当年“七卿落难”，逃离京都，往依长州毛利氏，但随即因为第一次“征长战争”，幕府命令长州交出剩下的五卿，把他们流放去了北九州。庆应三年（1867年）三月，在炽仁亲王和静宫清保亲王（晃亲王）的奏议下，这五卿终于重归朝廷，三条实美和岩仓具视等人就和萨、长势力联起手来，准备收拾残局，推翻幕府统治这一派人被称为“王政复古派”。

所谓“王政复古”，表面上的意思是恢复古代的天皇制，在天皇朝廷和百姓之间不再插进一个武家的幕府，天皇成为实至名归的国家最高首脑，然而实际上，他们只不过打着天皇的旗号来倒幕，想要建立一个近代化的、西式的君主立宪国家而已。

在朝廷的支持下，上下两股势力开始积极活动。在上，岛津久光、伊达宗城、松平庆永等藩主先后率兵上洛，尊攘派基本控制了京都及其附近地区；在下，萨摩、长州、土佐、安艺等藩的实权人物先后达成联兵倒幕的密约。眼看全国性倒幕大势将成，倒幕派就要动手，突然间，三不知跳出一个山内容堂来，几乎坏了大事。