元治元年（1864年）六月五日爆发的“池田屋事变”，使得长州激进尊攘派的活动从地下转入地上，毛利家三名尊攘派的家老益田右卫门介、福原越后和国司信浓在中下级武士的煽动下，决定指挥兵马进京，对“八月十八日的政变”提出申诉。这种轻率的举动受到了高杉晋作、久坂玄瑞等稳健派的反对，然而他们的努力劝说最终化成了泡影，长州军还是出动了，将领除三家老外，还包括“游击队”队长来岛又兵卫，以及被迫从征的久坂玄瑞等人。

长州藩最初的藩论是倾向于锁国佐幕的，就在“樱田门外之变”前后，长州藩内制定了三条基本纲领，那就是：一，尊王；二，佐幕；三，恪守藩祖（毛利辉元）以来的忠义之心。然而重臣长井雅乐却跳出来大唱反调，向藩主毛利敬亲提出了《航海远略策》，指出毁约攘夷是没有好结果的，只有公武一心，开国进取，才能挽救艰危的时局。长井思想的基调，对内是公武合体，对外是开国，在得到毛利敬亲的首肯后，他前往江户说服了老中安藤信正和久世广周，又进京说服了天皇和许多公卿，为把公武两家拉上同一辆战车而费尽了心机。

然而长井雅乐的“航海远略论”却遭到长州藩内尊攘派的激烈反对，以松阴门下弟子桂小五郎和久坂玄瑞等人为首，纷纷提出必须“先攘夷，后开国”，想在不先解决内部矛盾、改革政治以前就向西方列强敞开大门，根本就是开门揖盗。曾经支持过吉田松阴的重臣周布政之助也站在小五郎等人一边，于是众人齐心协力把长井雅乐赶下了台。

长井雅乐在文久三年（1863年）二月切腹自杀，从此长州藩论全面转向尊王攘夷，并最终发动兵马上洛，酿成了血腥的“禁门之变”。

且说长州军总计三千人，分海陆两道杀往大坂，随即以伏见的长州藩邸为据点，大举向京都进发。当时守卫京都的是包括萨摩、会津在内的共三十个藩的部队，就兵力来说，长州军完全落在下风。然而被热血冲昏了头脑的长州激进尊攘派却根本看不清形势，在他们想来，只要通过公卿上奏天皇，说明自己的尊攘大义，则天皇自然会站到自己一边，到了那个时候，萨摩、会津等藩的武士，难道还敢违逆天皇的旨意吗？

然而事实上当时的孝明天皇并无从幕府手中收归权力的野心，同时因为去年几场失败的攘夷战争，也已经很明确地表过态：“征服丑夷乃国家之大典……无谋之攘夷实不为朕之所望……”所以天皇是根本不会主动走出皇宫，接纳长州志士们的所谓忠心的。

皇宫四周布列着各藩军队，而长州军则分扎在嵯峨天龙寺、山崎天王山和伏见三处，与各藩遥遥相对。六月二十七日，松平容保命令各藩部队加强皇宫各门的警备，勿使长州一人一骑进入。七月三日，他又写信给福原越后，要求长州军尽快撤出京都附近地区，否则后果自负。

长州军不甘心就此退出洛中，可是面对数倍于己的兵力，也不敢贸然发动攻击。就这样，随着时间的流逝，形势对幕府方越来越有利，七月十八日夜晚，松平容保终于请到了幕府讨伐长州的敕命，随即带病出阵，指挥各藩军队向长州军发起猛攻。

长州军得到消息后，骑虎难下，被迫分道杀向皇宫，激烈的战斗就这样打响了。山崎方面屯扎着长州军的主力，主要将领有久坂玄瑞、益田右卫门介、真木和泉等人，首先遭到诸藩联军的进攻，被迫向后退却。为了掩护主力部队，同时扭转战场形势，另外两路长州军大踏步地向皇宫挺进，先锋来岛又兵卫亲率两百名部下直冲向蛤御门。

当时守备蛤御门的乃是八百名会津藩兵，看到长州军汹涌杀来，匆忙奋起迎战，双方就此在御门前展开了激斗。作为天龙寺方面主将的国司信浓紧跟在来岛又兵卫之后加入战团，高呼“杀败会奸，冲进皇宫去求见天皇陛下”等口号拼死奋战，会津军力不能敌，节节败退，眼看御门就要被长州军攻破了。

然而就在这个时候，一直驻扎在附近、守护乾御门的萨摩岛津军却开始行动了。岛津方主将正是前几年投海不死的西乡吉之助隆盛，在他的指挥下，两百余名萨摩藩兵救援蛤御门，奇qisuucom书突然出现在长州军的背后。遭到前后夹击的长州军瞬间崩溃，素有“鬼来岛”之称的勇士来岛又兵卫身中铳弹，自度不得幸免，于是含恨切腹而死。

就这样，长州军最后一线转败为胜的希望就此破灭，三路军队陆续都被击溃。久坂玄瑞被迫闯入公卿鹰司邸，想要负隅顽抗，结果被萨摩、会津、桑名等藩兵团团围住。恶战一场后，玄瑞和好友寺岛忠三郎一起含泪对刺而死。

最后毙命的长州军大将是真木和泉，他依靠天王山地势之险，一直固守到八月二十一日，掩护三位家老顺利撤退，然后也被迫自尽了。这就是著名的“蛤御门之变”，也称“禁门之变”，长州藩第一次明确地打出尊王倒幕的旗帜，但因为准备不够充分，敌我力量对比过于悬殊，最终以全面溃败而告终。据说经此一战，长州藩尊攘志士战死达三百余人，藩中舆论为之大变。