比企一族灭亡，幕府政权被彻底掌握在北条氏手中，然而其后不久，北条氏内部也开始了争权夺利的斗争。且说北条氏原本出自平氏，正因为如此，当年平清盛把源赖朝流放伊豆，才放心大胆地派北条氏家督时政去监管他。

然而北条时政不仅没有好好地监管赖朝，反而把女儿政子嫁给赖朝为妻，并且诸事都听从这个源氏出身的女婿的安排。到了治承四年〔1180年〕四月，源行家给赖朝送来了以仁王的令旨，要他起兵讨伐平氏。赖朝一开始还想先观望一段时间，不着急做出头鸟，但随即听说源赖政造反失败，赖政父子和以仁王全都被杀，平清盛下达了讨灭诸国源氏的命令。事到如此紧急关头，不由得赖朝不动手了，而北条时政也很清楚，一旦女婿被杀，自己也难免受到牵连，于是随同起兵。

因为起兵过于仓促，所以源赖朝才会在石桥山被平氏的大庭景亲杀得只身逃亡。当时北条时政带着儿子宗时和义时奋战断后，宗时英勇战死，直到确定赖朝已经逃得无影无踪以后，时政和义时才转身逃亡。

等到丈人、女婿、小舅子重新会合在一起，时政向赖朝建议说，不如渡海前往安房国，号召当地的三浦、和田、千叶等豪族一起举兵，那时卷土重來，胜利可期。赖朝听取了时政的建议，这才有了以后的富士川大胜，以及更以后的镰仓幕府。

等到比企氏灭亡，北条氏完全掌控了幕权以后，因为政见的不同，北条氏内部逐渐分裂成两个派系，一为“先妻派”，即北条时政元配所生的北条政子、北条义时，以及二人的妹夫畠山重忠，二为“后妻派”，即时政和其新妻牧之方，以及牧之方的女婿〔也是源赖朝的犹子〕平贺朝雅。其实后妻派的核心人物，应该说是平贺朝雅，源实朝还没有子嗣，如果他死去或退位的话，最具备继承人资格的就是朝雅，朝雅很想排除重臣合议，重振将军的权威。而相对的，先妻派代表了广大御家人的利益，希望共同支撑幕府这座大厦，而不让那些没经过战阵的二代目、三代目去胡作妄为。

两派争夺权势的导火索，就是畠山重忠的被杀。且说元久二年〔1205年〕，在牧之方的安排下，将军源实朝决定娶后鸟羽院的宠臣坊门信清之女为妻。北条时政派一族的北条政范进京迎亲，畠山重忠的嫡子重保作为护卫随行。当时平贺朝雅担任京都守护，他设宴款待政范一行，但在宴会上，朝雅和畠山重保却起了口角，几乎大打出手。

深究这次口角的根源，当时平贺朝雅的领地在武藏国的东南部，而畠山重忠任武藏守，领地在武藏国的西北部，本来两家中间隔着比企氏的领地，比企氏灭亡后就连在了一起。因领地纠纷而喧哗吵嚷，本在情理之中，然而此事被告到镰仓，牧之方想藉此削弱先妻派的势力，就以谋反的罪名处死了畠山重保。受此牵连，当年六月，畠山重忠也被北条时政下了追讨令，他在赶赴镰仓申辩的途中，在武藏二俣川遭到北条士兵的围攻，奋战不敌，自杀而死。

畠山重忠之死，使得政子、义政姐弟意识到，若不先下手将老爹击败，将会后患无穷。于是在两个月后〔当年闰七月〕，他们揭发出牧之方企图谋杀源实朝，拥立平贺朝雅为新将军的阴谋〔天晓得〕，逼老爹和老爹那个权力欲旺盛的新老婆回伊豆老家去隐居，然后将平贺朝雅于京都斩首。

其实作为女性来说，北条政子的权力欲丝毫也不逊色于牧之方，她从赖朝死后就出家为尼，但一直操控着幕政，担任将军的“后见”〔监护人〕，人称“尼将军”。在他的支持下，兄弟义时替代老爹成为政所别当，和大江广元同掌政务，不久后又消灭了从赖朝建基镰仓开始就一直担任侍所别当的和田义盛，兼管侍所。镰仓幕府中央的三大机构，北条义时把握住了两个，于是设立“执权”的名号，成为幕府实际上的统治者。