足利义政是个无能的将军，和他父祖全都没法比。就在他当政时期，室町幕府大走下坡路，并最终酿成了“应仁之乱”的爆发。说起“应仁之乱”，表面上看是因为将军继嗣问题所引发的动乱，然而实际上却是细川、山名两大家族及其党羽争夺幕府霸权的一次大规模冲突。这两个家族的矛盾由来已久，“嘉吉之乱”后逐渐激发，并因畠山家族的内乱而迈向顶点。

畠山氏本居奥州，南北朝开始的时候，畠山高国被幕府任命为奥州探题，挥师东下，支援足利尊氏，家族从此煊赫起来，最终成为三管之一。足利义政在位的时候，畠山家督乃是前幕府管领持国，老家伙没有嫡子，被迫立庶子义就为一门总领继承人，但他本人并不喜欢义就，同时又属意于异母兄弟也是他的养子持富。

老头子首鼠两端，引起了家中被官们的分裂。所谓“被官”，原本是古代官厅中表示上下级关系的用语，室町时代逐渐转化为代表武家主从关系之语，各守护大名承认在地国人领主的部分统治权力，将其收为家臣，却仍负责本地税收、治安等事务，这些国人领主即被称为“被官”。

畠山家族当时的主要领国为越中、纪伊和河内，因为一门总领继嗣问题，北陆被官与畿内被官各保其主，矛盾日益激化。畿内被官以游佐河内守为领袖，支持畠山义就，而北陆被官则以神保越中守为领袖，支持畠山持富。到了享德三年（1454年）四月三日晚，游佐河内守突然领兵袭击了神保越中守建在京都的宅邸，迫使神保父子自杀。这一事件导致洛中大火，混乱不堪。

北陆被官们因此实力大衰，而畠山持国在游佐等人的逼迫下，也不得不驱逐北陆派的土肥、椎名等被官，此时畠山持富已死，幕府下达了对其子弥三郎的治罚令。然而，畠山弥三郎并非无根之草，他是有后台的，那就是权倾一时的细川家族，于是在细川家督、管领胜元（细川持之之子）的暗中支持下，当年八月，畠山弥三郎杀入京都，赶走畠山义就。幕府立刻收回了对他的治罚令，并且正式承认他继承畠山氏家督之位。

山名氏正在和细川氏不对付，细川氏既然支持畠山弥三郎，那么山名氏也就支持被驱逐的畠山义就。两大家族之间的明争暗斗，使得畠山氏内乱不止，家督之位数度易主当年十二月，畠山义就卷土重来，亲率五六百骑杀入京都，弥三郎战败逃亡到大和国。

康正元年（1455年）三月，畠山义就出兵大和，追讨弥三郎。战争延续了整整四年，到了长禄三年（1459年），在细川胜元的努力下，幕府下达了对畠山弥三郎的赦免令。大和国内支持弥三郎的筒井氏等国人（在地武士领主）众受此鼓舞，发起全面反攻，把义就彻底赶出了大和国。当年秋天，弥三郎病逝，筒井氏拥其弟畠山政长为主。

宽正元年（1460年）九月，畠山义就被解除了幕职，随即就被迫逃离京都，进入河内笼城固守。畠山政长上洛，并且请得了义就追讨令。这次追讨，和前次的义就追讨弥三郎不同，幕府本身也调集了大军，以管领细川胜元为总大将，很快就击破义就军，游佐河内守等大批畿内被官战死。

畠山义就退往金刚山西北麓的岳山城。幕府大军团团围住岳山，却花费了整整三年的时间才将其攻克。畠山义就悍战岳山的事迹传遍了天下，山名前家督持丰也即入道宗全闻听后，据说还感动地流下了热泪。岳山城被攻克后，畠山义就逃往吉野，随即获得赦免。两年后（1465年），畠山政长接替细川胜元担任幕府管领。

畿内地区的连番恶战，一方面动摇了幕府统治的根基，另方面也给百姓带来了沉重的灾难。本来随着南北朝以降战争的频繁和规模扩大，农民们或被拉伕，或被征收沉重的年贡，或欠下高利债务，早就无法活下去了，他们纷纷自主结合起来，用消极的诸如“逃散”等方法对抗封建统治。到了正长年间以及嘉吉年间，加之天灾不断，遂激化了领主和农民间的矛盾，农民们开始揭竿而起，用不合作的或者暴力的手段拒交年贡、解除债务，甚至驱逐领主及其代官，这种行为即被称为“一揆”，因为主角是农民，根源是土地，故也称“土一揆”。

所谓“一揆”，最初是指在神前起誓，为完成某种诉求而共同进退的团体，这种诉求一般首先以谈判的手段开始，如果谈判不成功，则会演化为暴动。后来，一揆逐渐转化为暴动的同义词。

由于一揆很少有将矛头直指最高封建领主也即幕府的，所以往往在暴动的同时向幕府提出诉求，要求免除一切债务，即施行所谓“德政”，因此这些土一揆也被称为“德政一揆”。德政一揆的主体是底层农民即佃农，但其领导者却往往是自耕农也即小名主，他们组成了被称为“惣”（可写作总）的自治体，从一村乃至延伸到数郡，拒绝领主及其代官进入领地，但仍按谈判所商定的数额缴纳年贡，所以这种暴动其实颇为可笑，无法真正动摇封建根基。

不过，暴动却终究动摇了幕府根基，因为它频繁地在幕府统治的核心区域也即畿内和近畿地区出现，因此幕府和传统的守护大名往往受到最大程度的冲击，势力逐渐衰弱。偏远地区与此不同，所以我们即将看到，近畿地区新的豪强并起，而偏远地区则往往传统的豪族和守护大名仍能维持其统治，直接转化为新形式的封建领主战国大名。