第一次木津川口海战结束后，为了重组对本愿寺的包围，天正五年（1577年）二月，织田信长亲统大军南下征讨纪伊的杂贺党。杂贺地区聚集着许多闻名遐迩的忍者武装集团，同时也是日本三大铁砲产地之一，长年来与石山本愿寺互通声气。织田军数次进攻本愿寺，都在杂贺党的铁砲面前吃过大亏。织田信长希望可以通过征服杂贺，斩断本愿寺显如的一条臂膀。

杂贺的根来寺暗中与织田信长联系，愿为内应，信长于是整军前往。经过一个多月的激战，土桥平次、铃木重意（杂贺孙一）、冈崎三郎大夫、松田源三大夫、宫本兵大夫、岛本左卫门大夫和栗村二郎大夫等七名杂贺首领联名签署誓书，表示臣服于织田氏。

天正六年（1578年）十一月六日，爆发了第二次木津川口海战。为了重组对石山本愿寺的包围圈，为了击败毛利水军，控制濑户内海，其实在去年第一次木津川口海战败退后，织田信长就下令九鬼嘉隆在伊势湾建造六艘巨大的新式战船。九鬼氏本是志摩国豪族，拥有强大的海军力量，还曾经作为倭寇的一部分，侵扰过我国东南沿海，因为船上习惯打着“八幡大菩萨”的旗帜而被称为“八幡水贼”。九鬼嘉隆是在遭到伊势国司北畠氏进攻时，经泷川一益介绍臣服于织田信长的。

本年六月，这六艘巨大无比，外包铁皮，配有摇橹六十支，内置大筒（火炮）三门、中筒（大火枪）二十四支、小筒（火枪）六十八支的战船终于完工了，被称为“铁甲船”。由泷川一益的一艘大安宅船为向导，七舰组成的船团顺风离开熊野浦，驶向濑户内海，首先在和泉淡路冲击败本愿寺的水军，然后在堺港停泊。

堺在战国时代的日本，是一个极为特殊的存在。堺港位于濑户内海西岸，最初重要性远不及尼崎、兵库等港口，但应仁之乱以后，细川氏统治此地，将它作为勘合贸易的基地，这才逐渐繁荣起来。除对外贸易外，堺也以刀剑、绢织物、漆器和铁砲生产闻名全日本，成为周边封建大名垂涎的一块肥肉。

在反抗封建大名的横征暴敛过程中，堺逐渐由门阀豪商组织起独立的管理机构，征召雇佣兵保卫城市，并且统一向封建大名交涉和缴纳赋税，变成了一座自由都市。耶稣会士伽斯巴尔在参观过堺以后，曾称其“富庶而和平，象意大利的威尼斯那样实行自治”。

这般自由都市，在战乱中的日本，并非独堺一座。永禄十一年（1568年），织田信长击败名义上统治堺的三好氏，为了将此地纳入自己的管辖范围，下令堺的管理机构交出矢钱（军用金）三万贯，遭到拒绝。信长准备动用武力征服，堺遂联合另一享有自治权的都市摄津的平野，合兵抵抗织田军的进攻。

经过武力压迫和政治威胁，到永禄二十年（1569年），织田信长终于迫使堺屈服，承认他的唯一宗主权地位，并按一定数额缴纳赋税。控制堺市与堺港，大大充实了织田氏的军费和武器来源，而深通谈判之道的堺的豪商们，比如千宗易、今井宗久等人，也为信长和平统一许多地区，作出了不可磨灭的贡献。

因此，铁甲船团就以堺港为据点，频繁出击，配合陆军再度把本愿寺团团包围起来。十一月六日，毛利水军再度向本愿寺运送军粮，组织了由六百余艘大小舰船组成的大船团，来到木津川口。得到消息的九鬼嘉隆急忙率铁甲船团迎战，两军从早晨六时一直恶战到近午这就是第二次木津川口海战。

虽然铁甲船规模巨大、防护严密，又配有相当数量的新式火器，但终究数量有限，要直接面对数百艘敌船，胜算是相当渺茫的。九鬼嘉隆看清了这一点，指挥船团尽量不与敌船靠近，而只远远地以大筒和铁砲轰击。毛利水军火箭如雨，却根本无法射穿覆盖在敌船体外的厚厚铁甲，而因为距离不够，手抛焙烙玉也根本无法伤敌。就这样，嘉隆顺利地将毛利水军击败，血洗了第一次木津川口海战败战之耻。

纵横濑户内海十数年的毛利水军大败亏输，这对毛利氏和本愿寺两方都产生了巨大的心理压力，对织田信长威信之上升，也起了相当重要的推波助澜作用。从此本愿寺外援断绝，困守孤城，支撑到天正八年（1580年）四月，终于被迫答应织田信长提出的屈辱的和议。在朝廷特使近卫前久、劝修寺晴丰等人的安排下，显如上人写下誓书，宣布停止对织田信长的抵抗，净土真宗放弃根据地摄津石山，以及北陆的加贺，前往它处和平传教。

显如上人随即离开本愿寺，遁往纪伊的鹭森隐居，其子本愿寺光寿（教如）仍然不舍这座本寺，但坚持到当年八月，终于还是被迫离开。名虽和睦，其实本愿寺势力等于彻底向织田信长缴枪，表示臣服，持续十一年的石山战争就此落下帷幕。