凑川合战，“军神”楠木正成永远地消失了，足利尊氏誊出手来，立刻调集所有部队进攻新田义贞。在尊氏绝对优势兵力的围攻下，新田军彻底瓦解，义贞的战马也被箭矢射杀，最后徒步退到一个名叫“求女冢”的坟冢上。已经突出敌围的义贞同族部将小山田高家见状，毫不犹豫地冲回敌阵，将自己的马匹让予义贞，然后徒步掩护突围直至战死。

延元元年〔1336年〕五月二十七日，新田义贞在五千残兵的保护下，带着战败的消息返回京都。后醍醐天皇此时再慨叹楠木正成的策略有多正确，后悔自己不用其人之计，也已经来不及了，只好携带着三种神器，率领皇族、公卿、武士数万人撤离京都，重上叡山给尊氏下过院宣的光严院在途中假称患病，转身折回京都。

足利尊氏于五月二十九日杀进京城，六月五日，他派足利直义率大军对叡山发动攻击，建武功臣千种忠显奋战而死。二十日，一队从宇治方向出现的官军突然袭击驻在东寺的足利尊氏本阵，正在围攻叡山的部队顿时陷入恐慌，在当日的大战中被全面击溃，狼狈退回京都。

三十日，各方向汇集来的官军在新田义贞的统领下，对京都展开反攻，尊氏军收缩防线，采取守势，形势再次倒向后醍醐天皇一边。然而，官军终究人数较少，在发动过几轮攻击后，由于因后援枯竭而被迫后退。撤退过程中，新田义贞主力遭到细川定禅的追击，大将名和长年战死。

八月二十八日，新田义贞调动全部兵力组织了最后一次京都攻击战，又被高师直击退。为了瓦解敌人，足利尊氏进呈了一份奏折，宣称这次战争完全是针对新田义贞的，只要后醍醐天皇下山并交出三种神器，幕府可以既往不咎，依然奉他为天皇。此时叡山上粮草将尽，士兵疲惫无助，后醍醐天皇万般无奈之下，只得答应了尊氏的要求。

然而他才一下山，就被足利直义率领重兵以“护送”为名，押解到京都的花山院软禁起来。跟随出行的公卿大臣全部被捕，只有新田义贞等武士保护着东宫恒良亲王与尊良亲王渡过琵琶湖，逃往越前敦贺。

经过反复协商，足利尊氏拥立光严上皇的弟弟丰仁亲王号令天下，就是光明天皇。后醍醐天皇答应退位，并将三种神器授予光明天皇，唯一的条件是，让自己的儿子成良亲王入主东宫。

当年十一月，足利尊氏开设幕府，为了稳固自己的统治，他编成新的武家法典《建武式目》，减轻“建武新政”以来压在农民身上的沉重负担，奖赏有功武士，惩治贪官污吏，打击贵族、寺院势力，禁止他们参与国政。在这一法典的约束下，政治开始走向清明，各地武士之心也逐渐安定下来。

可惜乱局并没有就此平定，在进入花山院隐居两个月后，不甘失败的后醍醐上皇再次施展出看家本领，化装成女人逃了出去。他跑到大和吉野地方，修建临时宫殿，再次即位，自称为“南朝”，而称京都政权为必须讨伐的“伪朝”。相应的，京都方面则自称“京方”，也骂后醍醐天皇的吉野政权为“伪朝”“一天两帝南北京”，日本从此进入了长达五十余年的南北朝时代。

南北朝直到明德三年〔1392年〕十月，才在足利尊氏的孙子义满的努力下，和平归于一统。此后的日本天皇，都是光严、光明天皇的子孙，自然坚持自己的正统地位，不过民间也有很多反对者因为后醍醐天皇当初交给光明天皇的三种神器竟然都是赝品，神器始终保存在南朝天皇手里，直到南北朝结束才交给北朝天皇，那些反对者们坚持认为，神器在谁手里，谁才算是正统。

数百年间的官方论调，北朝是正统，南朝是伪朝，既然如此，那么楠木正成、新田义贞等人也都是侍奉伪朝的“朝敌”了。然而到了十六世纪，德川光国编纂《大日本史》，为了宣扬楠木正成的所谓忠义精神，公然和官方大唱反调。德川光国是江户幕府德川氏将军的同门，是当时声名卓著的“贤侯”，他的论调因此受到了很多人的追捧。

因为民间百姓对楠木正成这一历史形象的喜爱，更因为日本官方大力宣扬武士道精神，宣扬以忠为主体的日式儒家思想，所以南北朝孰为正统的争论一直延续到近代，在军国主义抬头的明治天皇在位期间竟然引发了全社会的大争论和大动荡。最后明治天皇干脆连祖宗都不要了，正式宣告南朝为正统，他本人的祖先们都是叛逆，北朝天皇不再列入天皇系谱这真是世界各国都从来没有过的大笑话。