宇多天皇一度被降格为臣籍，无疑内心是存在着一定自卑感的。继位后他曾路过阳成院，被迫退位的阳成上皇竟然羞辱他说：“当今圣上，原来曾是我的家奴呀。”在这种心态影响下，宇多天皇当然不敢对扶他上台的藤原基经说半个不字，虽然登基时已经成年，依旧把政务全部委托给基经，说“万事巨细，百官已总，均关白太政大臣〔藤原基经〕，然后奏上”这就是关白称号的由来。

然而换个角度来观察，宇多天皇此举未必出于完全的心甘情愿。他在位第二年〔888年〕的六月，下诏请藤原基经“以阿衡之任为卿之任”，把他比作中国古代的贤相伊尹〔传说伊尹曾被尊为“阿衡”〕。然而藤原基经见了此诏却大为光火，他认为“阿衡”只是一个尊号，并无实权，表示说既然天皇心有此意，那我就干脆辞职，什么也不管好了。他这一撂挑子，宇多天皇可吓坏了，赶紧忏悔和解释，但是基经不依不饶，坚持要天皇罢免起草诏书的亲信橘广相。关于“阿衡”是否有权的争论持续了整整半年，藤原基经也就罢工整整半年。

宽平三年〔891年〕，藤原基经去世。宇多天皇立刻重用橘广相，以及当年敢为橘广相辩护的菅原道真，任命道真为藏人头，以与藤原基经之子藤原时平分庭抗礼。六年后，宇多天皇让位给年仅13岁的敦仁亲王，自己出家仁和寺潜心撰写回忆录《宽平遗诫》，自此以后，天皇退位出家，就被尊称为“法皇”，宇多法皇是日本历史上第一位法皇。

敦仁亲王登基后，史称醍醐天皇，他年岁还小，难免会受权臣的拨弄，已经升任右大臣的菅原道真就因此遭到藤原时平的诬陷，说道真打算拥立自己的女婿、宇多法皇的第三子齐世皇子为天皇，醍醐天皇于是右迁菅原道真为太宰权帅。作为太宰府的代理主官，其实这个职位也不算小了，但终究远离京都，远离开统治中心，这使得满腔报负，想要做一番轰轰烈烈大事业的菅原道真大为忧愤，遂于两年后〔903年〕客死在九州。

据说宇多法皇在听闻菅原道真被贬之事后，匆忙驱车前往内里，想要劝说醍醐天皇收回成命，然而内里各门都已被藤原时平的亲信守把住了，不放法皇进宫。宇多法皇怅然离去，从此专心研究佛学，再不管尘世之事藤原氏权势之盛，也由此可见一斑。

菅原道真是日本古代著名的书法家、诗人和学者，他曾跟随遣唐使团西渡，具有相当高的汉学素养。886年，他被任命为赞岐守，在偏远的南海道目睹了贫穷百姓的艰难生活，写下很多传诵后世的诗篇。也是在赞岐守任上，他写了《奉昭宣公书》，劝说藤原基经放下执念和恩怨，专心国事，据说藤原基经看了此文后有所觉悟，停止罢工，也不再坚持要宇多天皇严惩橘广相，使延续整整半年的朝廷风波暂时平息。

890年，菅原道真太守任满，回归都城，从此受到宇多天皇的重用。894年，朝议派发新的一轮遣唐使团，以菅原道真为大使这很可能是政敌想藉此机会把他排挤出权力中心于是道真写下《请令诸公卿议定遣唐使进止状》一文，明确指出唐朝正在发生内乱〔黄巢起义〕，形势复杂，路途危险，请求暂时停止派发遣唐使团。宇多天皇采纳了他的建议。

应该说从此以后，中日两国间的文化交流虽然并未停顿，但日本人已经不象奈良时代那样完全彻底地甘当小学生，处处以中国为师了，独具特色的日本本土文化重新抬头，混合土风和唐风的新的文化逐渐成型这也就是平安时代的日本贵族服饰虽有唐人之形，却兼本土之魂，非如奈良时代那样浑然唐装的重要原因。

菅原道真的权势逐渐成型，醍醐天皇登基后，他被任命为右大臣，与左大臣藤原时平共执朝纲，这当然会引起藤原家族的警惕和不满。于是藤原时平就造谣进谗，终于迫使菅原道真被赶去九州做太宰权帅。

菅原道真满腔忧愤，两年后〔903年〕就客死在九州。人民一方面怀念他的刚直不阿，另方面反感藤原氏专权，就传说菅原道真化为怨魂，降下种种灾异来惩罚政敌。说也奇怪，此后的几十年间还真是灾祸不断，909年正当壮年的藤原时平病死，923年时平的妹妹稳子所生的东宫保明亲王也夭折了，925年，时平的外孙庆赖王刚被立为东宫就猝然辞世，年仅五岁。此外公卿〔尤其是藤原家族及其党羽〕去世，时疫流行，种种不祥无可胜数……

最可怕的是延长八年〔930年〕六月二十六日，正逢干旱，群臣聚集在清凉殿上商议祈雨的事情，突然从西方爱宕山上飘来一片黑云，笼罩住平安京的上空，随即雷声大作，一道惊雷正巧劈中了殿柱，大纳言、民部卿藤原清贯〔南家〕当场被雷打死，另有数人重伤。醍醐天皇受此惊吓，一病不起，于九月份匆忙传位给东宫宽明亲王，自己迁出皇宫，然而这样做也无法挽救他的性命，没多久他就咽了气，享年仅四十六岁。

因为此事，菅原道真在民间传说中，从怨魂变成了雷神。到了十一、二世纪前后，他的形象再次转变，从怒目金刚般的雷神变成了慈眉善目的学问之神，也是各届考生的庇护神。他被供奉在北野天满宫中，称为“天满大自在天神”。

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