第三代室町幕府将军足利义满成功削弱了山名氏的庞大势力，并在不久后统一南北朝，当真是声威显赫，无人可比。他从此就抖了起来，连天皇、朝廷全都不放在眼里。应永元年（1394年），义满就任太政大臣，把征夷大将军的职务让给儿子义持。在第二年（1395年）元月的拜贺会上，太政大臣义满居于群臣之首，连关白一条经嗣都得毕恭毕敬地跟在他身后。

可是在当年六月，足利义满却又辞去了太政大臣一职，出家入道公、武双方的最高职位他都当过了，大概要以此向天下人宣告，他本身是超越于公、武双方之上的最高统治者吧。

足利义满一直想恢复和明朝的友好关系，应永九年（1402年）八月，他下令严禁边民入寇明朝，为此，明惠帝（建文）派使臣前往宣诏抚慰。足利义满在北山殿接见明使，跪接诏书，诏书上说：“尔日本国王源道义，心存王室，怀爱君之诚，逾越波涛，遣使来朝……”这位所谓的“日本国王源道义”究竟是谁呢？原来就是指的足利义满。

次年（1403年）明使归国，足利义满在回书中也老实不客气地自称“日本国王臣源”，这说明无论在日本国内，还是在国际上，室町将军都已经是日本国家权力的最高代表了，镰仓以来公武二重政权的性质逐渐开始转换，历史真正迈入了武家号令天下的时代。

为了建立真正的武家政权，同时制约各地守护的势力，足利义满设置了“三管四职”。所谓“三管”，是指将作为将军家总管的“执事”一职，上升为幕府总管的“管领”一职，由细川、畠山和斯波三个家族的成员轮流出任；“四职”则是指幕府要职侍所头人，由京极、一色、山名、赤松四个家族的成员轮流出任。

但是足利义满终究无法彻底解决各地守护坐大的问题，只能暂时遏止这种趋势的继续发展而已。应永六年（1399年），他又挑起了“应永之乱”，算是继削弱土岐、山名两家后的第三次也是最后一次大规模行动。

“应永之乱”的主角是大内氏。大内氏传说乃是百济圣明王的儿子琳圣太子的后代，当年琳圣太子渡来日本，在周防国的多多良浜登陆，此后就居住在同国的大内村，世代繁衍，自称姓多多良，氏名大内传说是否真实，已经完全不可考了。大内氏就这样在周防国内逐渐膨胀起来，镰仓时代乃是幕府的御家人。南北朝初期，一门总领大内弘幸从属于南朝，而其叔父大内（鹫头）长弘则跟随京方，发生严重对立。最终弘幸之子弘世获胜，完全统一周防、长门两国。

有大内氏这只老虎雄踞西方，阻断了中国通往九州的道路，这使足利幕府大为头疼。于是，在足利尊氏、义诠父子的不断策反下，正平十三年（北朝延文三年，1358年），大内弘世终于归属京方，并上洛谒见将军义诠。

其后大内弘世之子义弘跟随九州探题今川了俊，屡建奇勋，于“明德之乱”中更协助讨灭山名氏清，最终受封周防、长门、石见、丰前、和泉、纪伊六国守护职。他不仅领土广大，并且还有兵有钱，利用对明朝和朝鲜的贸易大发了几笔横财，这就引起了足利义满的侧目。

于是在幕府的蓄意挑衅下，大内义弘于应永六年（1399年）举兵谋反。义弘勾结仍在九州闹事的南朝残余菊池党，并且联合对足利义满不满的关东将军足利满兼，发兵进驻摄津的堺。早有准备的足利义满亲率大军出兵讨伐，包围了堺，在围攻四十余天后，终于将其攻克，大内义弘自杀。经此“应永之乱”，大内氏势力受到极大压制，守护领又退回到最初的周防、长门两国。

应永十五年（1408年），足利义满去世了，朝廷甚至一度打算给其上尊号为“太上天皇”。自此以后，各地守护势力继续膨胀，历代幕府将军仍想采用义满的分化、瓦解等策略逐渐削弱之，却因没有义满的才能而屡屡失手，甚至搞到最后，守护们的争斗结束了室町幕府本身的历史使命。