1271年十一月，忽必烈正式称帝，建立大元帝国，一方面以摧枯拉朽之势攻打南宋，一方面也做好了渡海侵略日本的准备。到了文永十一年〔1274年〕，忽必烈在朝鲜建立征东行省，征发高丽船工、民伕三万五千人，建造了九百艘大战舰。当年十月，他以忻都为都元帅，洪荼丘、刘复亨为左右元帅，率领大军四万，从朝鲜的合浦出发，浩浩荡荡远征日本。

十月四日，元军在对马岛附近出现，守护代〔守护的代理人〕宗助国父子率八十骑拦阻，诘问上陆理由，却被毫不留情地歼灭了。十五日，元军又占领了壹岐岛，守护代平经高以下百余人战死。二十日，四万元军在九州的博多登陆，日本幕府方面则聚集了少贰经资、大友赖泰、菊池武房、岛津久经、竹崎季长等九州诸国兵马，甚至寺院僧兵，总计十万两千人，前往迎战。

上午时分，在百海原地区，激烈的战斗打响了。日本骑马武士分别在家主的率领下，首先以许多个数百人的小队，向排列成密集方阵的元军步兵阵地展开突袭。面对这种蒙古人初起家时候的古老战法，元军摆开了各种火器应对，据日本方面记载，一种名叫“震天雷”的火药球不断在日军阵中爆炸，爆炸时发出如同百雷落地般的巨响，使得日方的骑马武士和战马全都惊恐不知所措，烟雾中，铁屑、瓷片四下纷飞，给队形密集的日本武士集团造成了非常严重的杀伤。

双方的武器装备和战争技术实在相差太远了，六百多年以来，大陆的武器配备已经从纯冷兵器进化到冷热兵器并用的阶段，战术也有了长足的进步，而日本方面几乎和白村江水战时候相差不远。仅以弓箭而论，元军使用的复合弓射程较远，射击周期也比较短，而日方的缠藤弓大多只是单体弓，射程近，过长的箭支也使射击周期延长，再加上元军的箭支上浸过毒药，日军中者无不肌肤糜烂。元军在作战时击鼓鸣金，也使得日军的马匹惊跃狂奔，无法控制。另外，习惯于“一骑打”战术的日本武士在和使用先进集团战术的元军进行短兵作战时，付出的损失更为巨大。

尽管在武器上日方要落后许多，但是为了保卫自己的家乡，他们在作战时表现出了非常顽强的斗志。尤其少贰经资、菊池武房、竹崎季长等人，率领手持薙刀、身披薄弱铠甲的骑马队，不断顽强地向元军阵地发动突击，使得元军的远程武器失去作用。混战中，元军副元帅刘复亨中流箭落马，从而士气大衰，损失惨重的日军趁机撤退，凭藉水城〔白村江战后建筑的一座巨大水坝〕重新布阵。元军害怕遭到日军的夜袭，不敢在陆地上扎营，退回船上进行休整。

不料当天晚上海面上突然刮起了猛烈的台风，元军船只被倾覆二百余艘，落水淹死者不可胜数。当二十一日晨光熹微，日军来到海岸边时，却发现海面上不见敌军，只剩下了一些破碎的木片。幕府的武士们不敢相信自己已经胜利了，直至抓到了元军的俘虏后才派遣快马进京报捷。此战元军战死、溺死大半，最后辗转回到大陆的只剩下一万三千五百人史称“文永之役”。

朝廷得报后大喜若狂，龟山上皇巡回各大寺庙神社，到处做“异国降伏”的祈祷。然而年轻的北条时宗却并没有被胜利冲昏头脑，在冷静分析了形势之后，他认为元是大过日本百倍的大国，不会因为一次战役就受到重大损失，停兵罢战。于是，他命令各国守护回国征发全国六十五岁以下的男子充当预备役士兵，各寺院的僧兵也被动员起来保卫国家，加强军备建设，并组织民夫修建环绕博多湾的坚固石堤。同时，他对各国武士也作出了细致的分工：四国、九州地方的武士在本地加强防御；中国地方的武士防守堪称西门锁钥的周防、长门，并随时准备支援四国、九州的抗战；京畿、关东地方的武士驰援京都；奥羽地方的武士也要随时做好战斗准备。

初战失利，忽必烈恼羞成怒，一方面重整旗鼓，准备二度入侵日本，另方面也继续派遣使臣，想要说服日本投降。然而北条时宗的态度更为强硬，建治元年〔1275年〕九月，他在龙之口处斩了元使杜世忠，弘安二年〔1279年〕七月，又在博多处斩了元使周福和栾忠。

看这些可怜的掉了脑袋的使臣的名字就可知道，他们不是汉人就是高丽人，而根本不是蒙古人。事实上，忽必烈先后两次派遣大军进攻日本，主力部队都是南宋的降人和高丽人，真正安插在其中的蒙古兵寥寥无几想想也是，要蒙古兵横渡大海，那还不直接要了他们的命吗？