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建久三年〔1192年〕七月，源赖朝受封为征夷大将军，正式开幕，史称源氏幕府或镰仓幕府。镰仓幕府具有相对独立的统治机构，以镰仓为中心，触角几乎延伸到日本社会的每个角落，是真正意义上的武家政权。

在武家政权的中央也即镰仓，设置有负责行政的“公文所”，负责司法的“问注所”和负责军警权力的“侍所”，都直接从属于幕府将军。而在地方上，各国都设置守护职，从朝廷派驻的国司手中褫夺了军警大权，守护平时维持治安，监督御家人轮流戍守京都和镰仓〔称京都大番役和镰仓大番役〕，战时则统率国内的御家人出征。

幕府的经济基础来源于“关东御成败地”，在这里“成败”是“处分”的意思，指幕府将军有权管理，可随意处分的领地。这些领地包括三个部分：一，“关东御领”，即朝廷赏赐给赖朝个人的五百多处庄园；二，“关东御分国”，指朝廷把伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总八国的国司任免权下发给赖朝，可由幕府推荐御家人担任，并可由幕府直接解职；三，“关东进止所领”，即北条时政争取来的，幕府可在很多庄园和公领中设置地头的权力。顺便提一句，各国守护没有俸禄，一般也都兼任地头，从土地上获得报酬。

既然得到了全国的军警大权和强盛的经济基础，那么政治权力也就等于是幕府将军的囊中之物了。为了加强对京都及边远地区的控制，源赖朝还额外设置了京都守护、镇西奉行和奥州总奉行等官职，完善了所谓的“幕政”。其实“幕府”一词正和“将军”一词相同，都来源于中国，不过中国的将军们开幕建府，一旦攫取了天下的权力，很快就会改朝换代，从未出现过朝廷仍在，实权却连续许多代都掌握在幕府手中的事情，因此中国虽有幕府，却没有幕政。

拉回话题，镰仓幕府初期的政治权力，其实是并不完善的，为了尽快稳定局面，源赖朝对旧势力作了相当大的妥协，朝廷仍能利用国司等官职行使部分权力，当时的日本，被称为是“公武两重政权”。既然没有一棒子把朝廷打趴下，那么朝廷和幕府之间的斗争也就难以避免

仅以京都来说，当时存在着三股大的势力，互相斗争也互相制约。一是幕府将军派驻的京都守护，二是关白九条兼实，三是后白河院的残党丹后局和源〔土御门〕通亲。一开始，九条兼实为了制约院权，主动向源赖朝靠拢，征夷大将军的头衔，就是他为赖朝争取得来的。然而在后白河院去世以后，赖朝却和实力渐弱的院的残党结合起来，准备向独霸朝廷的摄关家开刀了。

丹后局本是平业房的妻子，平业房被流放后，她主动接近已被平清盛架空了的后白河院，随即就被后白河院收为妾侍，她和源通亲并为后白河院的心腹，院的很多导致变乱的政策，都是出于此二人之手。

当时正是后鸟羽天皇在位，九条兼实和源通亲都把女儿嫁给天皇，但兼实的女儿任子虽然位居中宫，却只生下一名皇女，而通亲的养女虽为偏室，却生下了皇子为仁。于是，在幕府的支持下，建久七年〔1196年〕十一月，任子被赶出中宫，随即九条兼实被迫辞去关白之位这被称为“建久七年的政变”。

两年后〔1198年〕，后鸟羽天皇传位给年仅三岁的为仁亲王，是为土御门天皇，源通亲以天皇外祖父的身份执掌朝政。建仁二年〔1202年〕十月，源通亲去世，后鸟羽上皇趁机夺回了权力，重开院政。又过了八年〔1210年〕，后鸟羽院以两度出现彗星为由，勒令还没成年的土御门天皇退位，扶自己另外一个儿子、十二岁的守成亲王登基，称为顺德天皇。当时有两位上皇，就有两位院，后鸟羽院称“本院”，土御门院称“新院”，天皇和新院，都得看本院的脸色行事。