小御所会议召开后，德川庆喜拒不接受命令，不肯“辞官纳地”，他反过来还指斥倒幕派为“奸”，从二条城退至大坂，聚集兵马，打算“清君侧”。在幕府武力威胁和山内容堂等人的内部破坏下，朝廷态度趋软，决定将“辞官”之官改为“前内大臣”，“纳地”之地改为“政务费用”。眼看小御所会议所取得的成果即将全面流产，西乡隆盛就指示尊攘志士在江户城内引发暴动，逼迫幕府抢先开战。

庆应四年（1868年）元旦，幕府发布“讨萨表”，命令诸藩联合出兵，把萨摩藩的势力从京都驱逐出去。一月三日，幕府军一万五千人经鸟羽街道北上进攻京都。此时守卫京都的倒幕方只有长州一千五百人和萨摩三千五百人，兵力对比为三比一。

在鸟羽口四塚关门，包括会津藩兵、新选组在内的幕府军遭到萨摩藩士椎原小弥太所部的阻拦，战斗在一月三日下午五时正式打响。几乎同时，守备伏见御宫的长州军也和幕府部队交上了火，是为“伏见·鸟羽之战”。

虽然武器精良，组织严密，终究众寡悬殊，萨、长两军打得极为艰苦，西乡隆盛已经做好了让明治天皇乔装成女官逃出京都，退往长州的准备天皇男扮女装逃亡，似乎也是日本历史上的惯例。

正在危急之时，大久保利通向新政府方面的总大将仁和宫嘉彰亲王献上一捆“御旗”这是他和岩仓具视早就准备好的，上绣有日、月或者皇家纹章十六瓣菊的十二面旗帜。据说当年后鸟羽上皇发动“承久之乱”，谋划打倒镰仓幕府的时候，就曾向部队颁发过“御旗”，其后后醍醐天皇也玩过这一招，历史真是惊人的相似，现在萨、长联军也打出了这些旗帜。

新政府下令，宣布德川氏为“朝敌”，幕府军为“贼军”，相对的，打着御旗的新政府主力萨、长联军自然就是“官军”了。“御旗”在前线高高举起，受过多年朱子学尊王思想洗脑的幕府军见之大惊失色，士气瞬间崩溃，于是乎狼狈后撤。

一月六日晚间，知道大势已去的德川庆喜、松平容保等人秘密潜出大坂城，乘坐军舰“开阳丸”逃往江户。主帅临阵脱逃，幕府军更无复振的希望，将士们纷纷议论：“大树（指幕府将军）已去，咱们还怎么打仗？”于是四散逃离。

就这样，仅仅经过了四天的激战，“伏见·鸟羽之战”以新政府军大获全胜而告终，随即西国、近畿各藩全都声明拥护新政府。在一月七日的小御所会议上，商议追讨幕府之事，山内容堂还想顽抗，高叫说：“庆喜不是贼臣，这是萨、长引发的私斗！”结果遭到岩仓具视的怒斥，最终被迫俯首认输。

新政府决定剥夺德川庆喜、松平容保、松平定敬等二十六人的官职，将旧幕府“天领”直接划归朝廷直辖你既然不肯“辞官纳地”，那我就直接剥夺好了。同时新政府还下令以炽仁亲王为东征大总督，发兵分东山、东海、北陆三道讨伐江户幕府。

且说德川庆喜是一月十一日回到江户城的，他立刻召集群臣商议对策。经过去年的幕府改革，此时那些世袭老中、重臣已经没有什么发言权了，掌握幕府军队权力的分别是勘定奉行小栗忠顺、步兵奉行大鸟圭介、海军副总裁榎本武扬，以及军舰奉行胜海舟。前三人主战，只有胜海舟主和，最终德川庆喜采纳了海舟的建议，自动离开江户城，前往上野的宽永寺“谨慎”。

二月十五日，新政府五万大军离开京都，三月五日进入骏府城，把此处作为进攻江户的大本营。幕府先后派了多批包括僧侣在内的社会人士前往骏府，请求议和退兵，都被东征大总督炽仁亲王严辞拒绝了。留在江户主持大局的胜海舟无耐之下，只得搬出了“精锐队”头领山冈铁舟。

胜海舟、山冈铁舟与另外一位高桥泥舟，并称为“幕末三舟”。且说这位山冈铁舟奉命前去和东征军参谋西乡隆盛交涉，态度不卑不亢，时人都称“朝敌德川庆喜有家臣山冈铁舟盛风凛凛。”在山冈铁舟的努力下，西乡隆盛答应维持德川家系，并且留下德川庆喜一条小命，送他去水户藩待罪，而幕府方则答应打开江户城门，把包括军舰在内的所有武器都移交给新政府军。

三月十四日，胜海舟亲往江户城下萨摩藩邸会见西乡隆盛，最后敲定了“江户无血开城”本来次日就是新政府军对江户展开全面进攻的日子。思想开放，曾经暗中支持过尊攘派，同时也是幕府海军的缔造者的胜麟太郎海舟，因为此举挽救了无数人的性命而得以垂名青史。